苗族是農業為主體的民族，生活在長江以南溫帶亞熱帶氣候濕潤的山區，這些地方藥物資源十分豐富。苗族應用藥物的歷史悠久，歷代本草書均有很多記載。從歷代醫籍中，可以看到苗族先民對藥物命名的痕跡。如長沙馬王堆三號墓出土的《五十二病方》中，就有用來治病的「答」，這個「答」，漢語無法解釋，而苗語卻很瞭然，現在苗語仍稱豆為「答」，可見「答」是豆類植物，是漢語記音詞。據新近的統計，《湖南農村常用中草藥手冊》中，中草藥借用苗語記音的藥物，藥名直譯(記音)的佔有30%左右，苗名意譯的占40%，這說明苗藥在歷史上的重要地位。
由於苗族地區盛產藥物，是歷代地方官上貢朝庭的主要貢品。《宋史‧蠻夷列傳》載：「鹹平元年，古州刺史向通展以芙蓉硃砂二器，馬十匹，水銀千兩來獻。上溪州刺史彭文慶來貢水銀、黃蠟。」「鹹平五年，漢(王旁加堯)(西南夷王龍漢(王旁加堯))又牙校率部蠻千六百人，馬四百六十匹並藥物布帛等來貢。」歷代本草如《本草綱目》菖蒲條引宋代蘇頌的記載說：「黔蜀蠻人常將(菖蒲)隨行，以治卒患心痛，其生蠻谷中者尤佳。
人家移種者亦堪用，但干後辛香堅實不及蠻人持來者，此皆醫方所用石菖蒲也。」這段記載說明了苗族用菖蒲治病的情況，也說明了產地與藥品質量的關係。《滇南本草》(於懷清本)有燈盞花主治「左癱右瘓，風濕疼痛」的記載，是據雲南邱北縣苗醫的經驗收載的。《植物名實圖考》也收載了不少苗藥，如白及條有「白及根苗婦取以浣衣，甚潔白，白及為補肺要藥」的記載。
改土歸流後，苗族的藥物得到較大的發展，曾有過較為興盛的時期，這是由於對藥物需要的增加，使得藥市得以繁榮，19世紀末20世紀初，當時黔東南和湘西等地大批藥材經湖南洪江、常德轉銷武漢等地，刺激了藥物的生產經營及藥市的產生。如號稱「滇黔鎖鑰」的關嶺縣，據《關嶺縣志》記載商品類藥物已達200餘種，其境內的關索、坡貢、永寧、花江等地形成了繁榮的「場期藥市」，許多苗醫一方面售藥，一方面看病，還進行民族醫藥的交流。
其它如黔東北的《松桃廳志》就記有苗藥52種，湘西《鳳凰廳志》也記有苗族常用藥物100多種，並進入市場銷售。苗藥的藥市，使種植生產苗藥的藥園發展起來，促進了苗藥的發展。
如湘西風凰縣禾庫村老苗醫吳忠玉家藥園有近200年的歷史，貴州安龍縣酒垤村老苗醫楊明珍、熊德芬，關嶺縣老苗醫楊少堂家都有祖傳幾代的藥園。
苗醫藥物品種繁多，包括植物、動物和礦物等1000多種。所用藥物，療效很高，且和中醫有許多不同。「藥色詭異，非方書所載，統稱草藥。」(光緒《鳳凰通志‧風俗》)有些藥雖為中醫本草書所載，運用也有很大不同，具有自己苗藥的特點。苗醫對藥物應用的原則來源於生活的實踐和幾千年的用藥經驗，具有鮮明的民族特色。
苗藥命名，有的突出藥物的特殊形貌，有的反映藥物的特殊氣味，有的則根據藥物的特殊功效……，總之，命名形象而具體，注意實際，易懂易記。苗醫很重視藥物的功效，為此還編出許多口訣，各地均有，生動易記。
苗藥在加工炮製及劑型方面，苗族醫師除多數主張用生藥外，還懂得將藥物通過曬、炒、浸、酒制、醋制、茶制、尿漬等加工方法，使藥物減低毒性，提高藥性。在用藥上主張「立方簡要，「一方一病」，「對症(病)下藥」，以單驗方治病為主。民間有「三千苗藥，八百單方」之說，事實上不止如此，僅湘西一帶，單方達1000多個。
由於苗族歷史上無文字，對其醫藥的發展，歷代文獻記載甚少，但經過近年的實際調查，發現了苗族醫藥歷史悠久，特色鮮明。雖然苗族在歷史上倍受壓迫和摧殘，但卻以自己的創造精神和民族形式，形成創造了自己的傳統醫藥，是我國各民族傳統醫藥的重要組成部分，今後必將繼續存在和發展下去，為苗族的健康繁衍作出自己的貢獻。
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