由於苗族沒有本民族文字記載的醫籍，這同苗族社會歷史發展的各個時期很難確定一樣，苗族醫藥發展無明顯的分期。但苗醫發展史上確實存在一段較長的「巫醫合一」的時期，《說苑辨物》上所說的「苗父」屬於這種情況，《宋史‧蠻夷列傳》載：「西南諸夷，漢(yangke)地，……，疾病無醫藥，但擊銅鼓、銅沙鑼以祀神。」苗族人民喜用銅鼓，用它祀鬼神以治病，是較早時期的情況。
我國漢族地區在春秋時期，巫與醫已經完全分離，但經濟科學文化落後的苗族，卻比較完全地保存了「巫醫合一」的特點。道光《鳳凰廳志‧風俗篇》載：苗族民間「疾病延醫服藥之外，惟祈禱是務，父母病則延老者，十八人牲牢為請命於神，謂之打十保護。童子病則延巫為之解煞，名曰楊關。」這種「巫醫合一」的方式，用苗族的俗語來講，叫做「巫醫一家，神藥兩解」，到清代還很盛行，民國《劍河縣志》載：「民知尚稚，篤信鬼神，患病者不事醫藥治療，惟氣靈於巫祝，有跳神走陰諸名色」。
民國《興仁縣志》載：「黑苗巫曰密那，遇病延之，殺犬而禳，名曰打老魔。」上述記載很多，除方志外，清‧田雯《黔書》載：「苗人……病不服藥，惟禱於鬼，謂巫為鬼師，鬼師乘以愚人」。清‧梁雪繩《黔苗詞》中曰：「寨旁石巖屋湄邊，手攜力弩作嬉嬉，病來不解神農藥，殺犬屠牛事鬼師。」可見苗族醫藥中，巫師治療疾病並非個別現象，而是一個歷史現象。有的地方延續至今，呈現了十分複雜的情況。
苗族的巫師，在湘西稱「巴對雄」，在黔東南稱「相孬嘎」，在川滇黔交界區稱「篤能」，女巫又稱「迷婆」或「迷那」。苗族在歷史上由於苗巫文化的影響而篤信鬼神，日常生活中婚、喪、疾病、節日，都要請巫師主持祭祀儀式。許多村寨都有1～3名巫師、巫師必須熟習各種鬼神的名稱、性質和祭祀的方法，會背誦咒語。
人生病時，苗巫師對病人施行巫術，稱「過陰術」或「望鬼術」，有一套完整的方法。單純以巫術治病，除了有心理治療作用外，一般與醫學無關。但巫師是苗族早期社會的一種分工，他們又是本民族最早的知識分子，由於醫藥經驗的積累，有一部分巫師掌握了一些醫療技術，施行巫術的同時，還兼用草藥和其它方法治病，後來巫師由於社會地位的下降而衰落了，他們當中一部分人分化為職業苗醫，但在行醫過程中，程度不同地包含著巫術的內容和形式。
苗醫外治法還有很大一部分是起源於巫術，雖然它們已完全脫離了巫術的內容與形式，如苗醫的滾蛋療法，最早是巫師敲蛋占卜望鬼時，為加強其法術的神秘性，將煮熱的蛋滾動全身而形成。滾蛋療法在苗醫中廣為流傳。操作簡便，療效較好。更為獨特的是，苗醫應用滾蛋後蛋壁和蛋黃的顏色變化以診斷並預後疾病，這同巫師敲蛋占卜有著某種聯繫，構成了苗醫的診法特點。其它如化水療法、踩鏵口療法等，也有類似情況。
另外，在臨床治療中，一些苗醫(或病人自己)主張神、藥結合，一方面用藥治療，一方面求神請祖。由於對許多疾病的發生無法解釋，對危重病的發展死亡無法理解，只好求助於鬼神而與巫「合作」，既彼此利用，又互相對峙，形成「巫醫一家、神藥兩解」的局面，據黔東南10個縣的調查統計，巫與醫並用的現象至今在某些局部地方仍然存在著。
「巫醫合一」是苗族醫學發展史中的一種特殊的歷史現象，是由於缺乏科學知識，社會發展緩慢而又極不平衡的歷史原因造成的，說明了苗族醫藥的形成過程，脫離巫術的不徹底性和複雜性。
但對「巫醫合一」情況應作具體的分析，不可一概而論，雖然巫術阻礙了醫學的發展，但並未吞噬醫學的精華，從而阻止醫學的破土而出，這是由於苗族醫藥扎根於山區的群眾之中，又有幾千年的實踐經驗作為基礎的緣故，不能以此作為否定苗族醫藥存在的理由。今天，由於苗族文化知識的提高，這種「巫醫一家」的狀況已逐步解體。
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