拉祜族的宗教信仰有原始宗教、大乘佛教、基督教和天主教。其中，原始宗教在拉祜族的信仰體系中占主導地位。
萬物有靈論
拉祜族認為，世間萬物均有靈魂，而靈魂大體可分為兩類，一類是保護人的，一類是害人的。由於拉祜族尚未形成「鬼」、「神」區分的觀念，因而不管是佑人的神還是害人的鬼都可混稱。例如，寨神亦叫寨鬼，家神又叫做家堂鬼等等。在拉祜族的鬼神觀念中，除了自然物和自然現象鬼外，還有諸多反映社會現象的鬼，如頭痛鬼、肚痛鬼、冤死鬼及傣族的「娃哈尼」、「琵琶尼」等。在眾多的鬼神中，天神厄莎被認為最大的神，世界萬物都是它創造的。然而，正如「鬼」「神」區分的觀念尚未形成一樣，厄莎雖是最高神靈，其他鬼神對它並沒有明確的隸屬關係。基於萬物有靈的思想，拉祜族把一切自然災害和人生的祝福疾病都看作是鬼神的意志，為了祈福消災，生產生活中了對鬼神的祭祀活動。
圖騰財崇拜葫蘆
在拉祜族民間廣泛流傳著葫蘆孕育人種和人類源自葫蘆的傳說。至今仍將葫蘆視為吉祥、神聖之物，人們喜將葫蘆籽縫在小孩的衣領或帕子上，而婦女的服裝及圍巾、包頭上也多有彩線繡制的葫蘆和葫蘆花圖案，拉祜族認為穿了這種服裝魔鬼便無法近身，孩子能健康成長，婦女能終年平安。
在拉祜族看來，如果姑娘的胸部、腹部和臀部外形與葫蘆相似，那麼，不僅姑娘健康美麗，將來還會多子多女。情人們相互贈送的信物上也繡有葫蘆花和葫蘆的圖案，以此象徵愛情的純潔與神聖。
巫師「魔巴」
拉祜族巫師稱為「魔巴」。魔巴主持各種原始宗教儀式，為人驅鬼、治病、合婚、安靈。魔巴主要由男性擔任，也有極少數女魔巴，可世襲，但大多數是跟著老魔巴慢慢學會的。魔巴不脫離生產，沒有法衣法器，靠占卜、唸咒語和殺牲來驅鬼祭神。其占卜種類有雞骨卜、羊肝卜、草卜等，經占卜確認鬼的種類及殺牲的大小、數量和時間。魔巴除占卜、唸經外，還兼行草醫，並熟知本民族的歷史文化，在社會上有一定威望。
大乘佛教
拉祜族地區的大乘佛教是清初由大理白族僧侶傳入的。佛教在拉祜族地區傳播期間，漢族的天文曆法、醫藥學、農業生產技術及父系意識等也相繼傳入拉祜族地區，對拉祜族經濟文化的發展起到了積極作用。
基督教
1920年基督教傳入拉祜族地區。首先傳教士先入駐瀾滄。隨後逐漸發展到雙江、滄源、耿馬等地。
到20世紀30年代，僅瀾滄縣教堂學校就有上百所，教徒達20000多人。繼基督教之後，天主教也於20世紀20年代傳入拉祜族地區，但其傳播範圍不及基督教，信者不多。