維吾爾族在歷史上信仰過原始宗教、薩滿教、祆教、摩尼教、景教、佛教等，後來又改信奉了伊斯蘭教。
維吾爾族在對大自然的認識過程中，最初出現了對自然崇拜、祖先崇拜和圖騰崇拜。他們崇拜太陽、月亮、星星、大樹、天、山、海、火。現在還保留了不少原始宗教的遺風。如鄯善維吾爾族不准朝著太陽、月亮吐唾沫，大小便，不准在崇為「聖樹」的樹下做穢行之事。視鹽為聖物，結婚婚禮，新娘坐車要越過一個火堆，或由新娘圍著火堆繞行三圈等習俗。這些都是原始宗教的遺跡。
眾所周知，維吾爾族是以狼為圖騰的，但對其成因卻很少有人探討。或認為突厥「大柢犬狼之族，繁於北方，故渾沌草昧者引以為徵，是固不足深求，亦無可置信」——乾脆不予重視;或簡單從狼與遊牧民族生活的關係方面加以解釋——這亦未免有此牽強，因為生活在同一區域的遊牧民族並非全是以狼為圖騰的。如黠戛斯人曾以雪豹和牛為圖騰，哈薩克人的先祖則曾以白天鵝為圖騰。維吾爾族以狼為圖騰。
維吾爾族的諸宗教文化尤其是伊斯蘭文化的衝擊下，仍未能改變其衰落的命運。這種衰落是由諸多方面的因素所決定的，是歷史發展的必然趨向。雖則如此，其用作團結民眾、激勵鬥志及崇尚勇猛的文化精華卻作為文化遺產被保留在歷史傳說和人民的記憶乃至日常生活習俗之中。作為一種文化現象，狼圖騰不可能也並未因維吾爾諸宗教文化的衰落、消亡而消失，相反，卻一直保留了下來。
經過數百年的社會遺傳，以至於最終形成了如《周書》等所錄之神話。同樣的神話亦保留在匈奴方面的傳說之中。據載，匈奴單于曾生有二女，姿容甚美，單于欲「將以與天」，乃築一高台，將二女置其上，「請天自迎之」，四年後，有一老狼晝夜守在台下嚎叫，並在台下掘一洞穴。
其小女從台上下來後，「為狼妻而產子，後遂滋繁成國」，稱為高車。故而謂高車「其先匈奴之甥也」所謂「侍衛之士謂之附離」正蘊含了獵驕靡曾為狼所哺養、護衛之深刻內涵;而「置附鄰可汗」，顯然是對可汗的美稱，比喻其勇猛如狼。至於「牙門樹金狼頭纛」，回鶻「可汗恃其強，陳兵引子儀拜狼頭纛而後見」等記載則是對其狼圖騰崇拜的真實寫照。狼並非為所有操突厥語部落的圖騰。在一個被稱作貝格列的默戛斯葉尼塞如尼文碑上刻有如下兩句話：「我打死七隻狼，我沒有打雪豹和鹿。」
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