清朝對新疆實施統治後，對新疆境內採取三種不同的政治制度：１在南疆維吾爾族聚居地區仍然沿用伯克制，只是廢除了世襲制，規定各級伯克佔有不同數量的土地以及附屬於這些土地上的農戶，各級伯克對依附的農民擁有進行勞役制剝削的封建特權;２在烏魯木齊附近及以東的地區，除哈密以外，實行同於內地的府縣制;３對於蒙古貴族和歸附清朝較早的哈密、魯克沁等地的維吾爾族頭目則實行札薩克制與封以親王之類的爵號，擁有世襲領地。這個時期維吾爾族地區處於封建地主經濟發展階段。有些地區還保留著農奴莊園制度。
在新疆南部地區，佔人口8%以地主、富農，卻佔有40～50%的土地，而佔人口92%的農民，只有少量土地或沒有土地。主要剝削形式為伙種對分。農民種地主土地，只能分得產量的30～50%，還要替地主交納田賦雜稅，每年必須為地主作無償勞役。靠近城鎮的地主，用實物地租剝削農民。南疆的墨玉、庫車、阿克蘇有完整的農奴莊園。農奴主被稱為「和加」(意為聖人後裔)，佔有大量土地和各種農奴。他們可以隨便買賣農奴或把農奴作為禮物贈送。
按等級給份地，每戶要有2至4個勞動力為農奴主服勞役。一些喪失土地和其他生產資料的農民紛紛淪為雇工，受到殘酷的剝削和壓迫，並出現了養子長工、贅婿長工。由於南疆地區的絕大部分耕地靠崑崙山、喀喇崑崙山和天山雪水灌溉，地主則壟斷水源，利用掌握水權對農民進行水租剝削，或收取苛捐雜稅，甚至有意破壞水源以達到兼併農民土地的目的。
維吾爾族地區的地主經濟，又往往和宗教統治相結合。宗教上層佔有大量土地、房產、水磨，通稱「瓦合甫」。他們利用掌握的「瓦合甫」，與世俗地主相勾結，進行封建剝削。宗教稅有「吾守爾」糧，稅率為收穫物的十分之一;「扎卡特』』稅，稅率為全年產品四十分之一。買賣房屋、田產、典押、借貸、繼承、遺囑、宰牲、訴訟等都要交稅，名目繁多，使廣大勞動人民過著十分貧窮、落後和悲慘的生活。生產工具十分簡陋，生產力低下，很多農村瀕於破產的邊緣，而國民黨的反動統治和橫徵暴斂，更加速了這種進程。
維吾爾族有經營農業的悠久傳統，對於植棉和園藝尤其具有豐富經驗。新疆最遲在南北朝(420～589)時代就已大量種植棉花，內地大量種植棉花是在元朝(1279～1368)以後，而植棉技術傳入內地的道路之一就是新疆。在新疆由於有發達的園藝業，很多地區都出產大量的、品種繁多的瓜果，獲得了瓜果之鄉的美譽。其中特別著名的有和田地區的核桃、水蜜桃，皮山縣的石榴。英吉沙縣的巴丹杏仁，阿圖什縣的無花果，伽師縣、麥蓋提縣和鄯善縣的甜瓜，庫爾勒縣的番梨，庫車縣的杏干和包仁杏，吐魯番縣的無核葡萄和葡萄乾，伊犁地區的蘋果以及呼圖壁縣的西瓜，等等。特別是吐魯番的無核葡萄和葡萄乾、庫爾勒的香梨以及鄯善等地的甜瓜近些年來遠銷國外，在國際上贏得了美好的聲譽。
維吾爾族的手工業有悠久的歷史傳統和精湛的技藝。特別著名的有和田地區的地毯和絲綢，莎車縣的巴克衫綢，喀什市的繡花小帽，伊寧市的莫合煙和長筒皮靴。
庫車縣的「砍土曼」(一種鐵製農具)，烏魯木齊市的烏修爾鐮刀等。尤其是和田至若羌一帶素以出產美玉而著稱。和田玉種類甚多，以「白如截脂、黃如蒸粟、紅如雞冠、紫如胭脂、墨如點漆」者為上品。歷史悠久的玉雕造型別緻，製作精美，是中國民族工藝美術品中的一支鮮花。和田的地毯圖案精美，色澤鮮明，作工精細，經久耐用，暢銷國內外。英吉沙縣和庫車縣製作的小刀，刀刃鋒利，刀柄和刀鞘鑲嵌精美，深受人們的喜愛。
1949年9月，中國人民解放軍第一野戰軍向甘肅河西地區勝利進軍。同年9月25日和26日，駐新疆的國民黨軍隊將領陶峙岳和新疆省政府主席包爾漢宣佈起義，新疆和平解放。
同年10月，中國人民解放軍一兵團在司令員的率領下進駐新疆，與三區革命軍會合。三區革命軍改編為第五軍。同年12月，成立了新疆省人民政府，根據《中國人民政治協商會議共同綱領》，結合新疆的具體情況，制定了施政方針。1952年夏季，在農村完成了減租反惡霸運動;1953年底完成了土地改革。從1953年起先後建立9個民族鄉、7個民族區、6個自治縣和5個自治州，於1955年10月1日建立了新疆維吾爾自治區。1957年，全區完成了社會主義改造。
40多年來，國家在人力、財力、物力等方面給新疆地區以巨大支援，雖然經歷過曲折的道路，但經過維吾爾族和各族人民一道辛勤勞動，各方面發生了巨大的變化，特別是十一屆三中全會以來，生產迅速發展，維吾爾族和各族人民的生活有了顯著改善。
1950—1988年新疆用於基本建設的投資累計330億元。其中60 %來自中央。經過投資建設，初步形成了相對獨立的國民經濟體系。經濟格局發生了歷史性的變化。單一的農牧經濟結構正在向綜合經濟結構轉變;封閉型經濟開始向外向型經濟轉變;自然經濟與計劃經濟正在向商品經濟的市場經濟轉變。1990年新疆維吾爾自治區工農業總產值達207.6億元。
鋼鐵、煤炭、石油、電力、有色金屬、汽車、農牧業機械、紡織、制革、制糖、木材加工等現代工業崛起於天山南北。農、林、牧、副、漁、鄉鎮企業連續發展。商業流通、對外貿易出現了新局面。新疆利用沿邊優勢、其對外開放的步伐在內陸省份中最快。隨著新疆對外開放步伐的加快，一個高速發展的現代地區將在亞州大陸腹地崛起。
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