除了維吾爾族的民居外，還有最具民族特色的維吾爾族建築——伊斯蘭建築。而這種建築在維吾爾族建築中成就最大。伊斯蘭教發源於阿拉伯，10世紀時從陸路傳入到中國新疆，在維吾爾人中得到普及，維吾爾伊斯蘭建築主要包括禮拜寺和聖者陵墓，造型方式與漢族建築有很大的不同。宰維吾爾的伊斯蘭建築中有幾個最具典型性的建築：喀什艾提卡爾大清真寺、吐魯番額敏寺和喀什阿巴和加陵。
吐魯番額敏寺
吐魯番額敏寺建於清代初年，在城南郊一片開闊台地上。每年慕名而來的遊客不計其數，全寺最引人注目的是緊貼寺的一角聳起的一座高大的磚塔，被稱為額敏塔。這座塔呈圓形，高達44米、下大上小，全部用磚砌成，輪廓通體渾圓，非常樸素，塔頂有一座穹隆頂小亭，在簡樸的塔身表面，十分精細地砌著凹凸有毀的磚花，呈環狀分佈，圖案多達十餘種，簡練而自然。寺院正面立著高大門牆，構圖與一般禮拜導相似，也是在正中間砌大龕周圍砌小龕，只是上面的一排小龕透空，龕內的陰影和露出的外面的天空，給它增加了一點靈氣。包括大塔和門牆在內，全寺都用同一種米黃色磚砌築，十分樸素莊重。
喀什阿巴和加陵
阿巴和加陵的陵堂非常美麗，四圍都是磚牆。平面中央的大空間為陵室，平面方形，四面砌著大尖拱、在拱背四角砌轉角拱合成八角形，牆面在此弧轉為劇彤，在圓筒形的鼓座上接建大穹頂，頂尖再加穹頂小亭。大穹頂四面各接出一個半穹頂，全部內部平面呈十字形。由於中央穹頂頗大，下面又以一段鼓座將其抬高，所以從各個角度看去都得以充分顯現。
門牆在南面中央，呈豎高矩形，高聳在四牆以上，又前突於南牆以外，形象突出，強調了入口。在門牆正中開人尖拱、構圖與阿提卡爾大寺的寺門差不多，但左右各立有一根塔柱，柱形同於宣禮塔而很細。這樣的門塔組合構圖，在新疆各地禮拜寺寺門經常可見。
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