裕固族信仰喇嘛教，是屬於喇嘛教格魯派(黃教)。但是，裕固族的祖先在歷史上曾信過別的宗教。在公元8世紀中以前，回紇人就曾信仰薩滿教。他們崇拜精靈，崇拜祖先，害怕雷霆。還應時而產生了能預卜吉凶、呼風喚雨的男女巫師。後來，裕固族的祖先又先後信仰過摩尼教和佛教。
到了8世紀中葉，回紇政權建立後，隨著封建制度的日益發展，本來崇拜精靈的原始薩滿教已經不能滿足新興封建主階級的需要了，為了維護各部落的統一，加強君主的威望，這就需要產生一個能夠庇護唯我獨尊的君主地位的神，於是在公元762年，回紇第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定「安史之亂」後，帶回四個摩尼僧，牟羽可汗宣佈摩尼教為國教。從這時起，回紇人信仰了摩尼教。
11世紀初的甘州回鶻在裕固族歷史上處於重要階段。在這個時期裡，信仰摩尼教的回鶻人從漠北來到佛教興盛的河西地區，由於受當地文化和宗教的影響，裕固族的祖先拋棄了摩尼教，改信佛教。並為佛教的傳播作出了貢獻，對河西地區乃至周圍其他民族，都有過一定的影響。
到了元代，元朝統治者崇尚喇嘛教薩迦派，這樣，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。
喇嘛教的組織非常嚴密，設有喇嘛(有的寺院稱堪布或活佛)、法台、僧官、提經、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高統治者，以轉世來繼承。喇嘛、法台、僧官有打罰僧人和班弟的權力，一般僧人很難升為法台和僧官，即使有個別的，也要付出大量的錢財。班弟大多數是貧苦牧民的子弟，他們為喇嘛或傳經的師傅長期服無償勞動。
喇嘛教對裕固族人民的經濟生活有著很嚴重的滲入和影響。各個寺院每年通過部落或直接由寺院借放會、唸經的名義，向牧民強派佈施。如每年每個寺院都有定期的正月大會、四月大會、六月大會、十月(或九月) 大會，每月十五還有一次小會。這樣，寺院上層不僅佔有大量牲畜和草場，還通過這些名目繁多的放會、唸經、算卦向牧民收取佈施。
如今，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始薩滿教信仰的成分。裕固族薩滿教的巫師稱「也赫哲」或「喀目」。在從前，由也赫哲所主持的儀式活動主要有每年農曆正月舉行的祭「汗騰格爾」(祭天神)儀式、農曆六月舉行祭鄂博(敖包)儀式以及各種治病求福的巫術活動。另外，現代裕固人對火的崇拜現象、火葬習俗、許多驅邪禳災活動等，都與古老的薩滿教信仰有關。在上述各種儀式活動中，80年代以後恢復的主要是祭鄂博儀式。此儀式的恢復可能與藏傳佛教中的類似的宗教活動有關。現在裕固族地區的祭鄂博儀式多以行政村為單位舉辦或輪流舉辦。有的地方已經開始將這類活動與當地的旅遊接待活動相結合，使原來的祭鄂博活動在內容和形式上越來越具有現代民族文化傳播意義。