自然崇拜在形式上是直接對自然物體進行崇拜，實質上是對各種各樣的自然「鬼神」進行祭拜，以保持其自然宗教的原始特徵。天崇拜。黎族地區不少地方春旱夏澇，人們靠天吃飯。為了收穫，黎族的先民拜天求雨。他們認為，雲、霧、雷、風、雨等天體現象都有一種不滅的「靈性」。其中，比較普遍而且認為最可怕的是雷公鬼、太陽鬼、風鬼等。人頭痛發燒生病時，認為是因為觸犯了雷公鬼和太陽鬼;患瘧疾病，是因為觸犯了風鬼;莊稼遭受蟲害、風災是雷公鬼作祟;打雷閃電要閉目，否則留下痕跡的話那就大病將至了。雷公鬼(天神)威力強大無比。因此，黎族人對天十分敬畏和崇拜。
祭拜儀式多種多樣。每當天鬼發怒，使人肚痛、腰痛、發冷發熱、眼病、腳腫等，要備羊、牛各一頭，由常與天鬼打交道的道公、娘母祭天鬼;下種的前一天，同一宗族的人家請「鬼公」祭天鬼，殺一隻小豬求天鬼保佑;山欄稻苗長到一寸高時，要進行雞卜。殺雞前，先在山欄地旁邊搭一小木架，作為祭壇，上放五碗飯，五碗酒，五張白色紙錢，一隻小公雞。道公作法事，並念著「天呀，請你下雨吧!」。美孚方言的黎族結婚時，用大豬兩頭置於門口兩旁，飯團15個，門外放1頭小豬，道公口念著：「天呀!保佑新郎膝下發財」。若婚後無子，就將男女衣服排放在門口外，念著天鬼，並殺黃牛或豬，求天賜子。合畝制地區的黎族認為未長牙齒的嬰兒如上身發熱，下身冷、不吃乳、哭而不睡，就叫道公娘母做「天狗鬼」保佑平安。
地崇拜。黎族先人認為農作物的豐收是「地母」的恩賜，祭祀地母以表示期望和感謝。合畝制地區祭祀「地母(鬼)」盛行。例如在犁田開始時畝頭夫婦先到河裡洗澡更衣，然後回到家裡靜坐，等到太陽西下，畝頭才去「犁第一道田」，並反覆念道：「大雨降臨如傾盆，點點滴滴落田中」。在播種那天，畝頭獨身到秧地做些象徵性的播種動作，並小心翼翼，以防雞、狗亂叫，見熟人也不吭聲，怕驚動「地鬼」。插秧前，畝頭先插幾株稱為「谷魂」的秧苗。到谷熟時，畝頭又把數株稻穀捆在一起，中間放著小飯團，奉給「地鬼」以感謝地鬼的恩賜，婦女到田間捻稻接「谷魂」時，畝頭的妻子念道：「谷魂回來，雞犬避開，安回穀倉」。到吃新稻米時，也要舉行祭祀，全合畝的人都到畝頭家飲酒，唱歌。
水崇拜。「水鬼」在黎族諸神崇拜中居於重要的地位，它主宰田地不受旱澇之災。有水浮神、落水神等。祭祀品有雞蛋、豬頭等。
石崇拜。黎族崇拜石頭，是因為他們認為石頭神能促進人的生育，也能防禦莊稼不被鳥獸吃掉。「有石之細潤者，黎人謂之石精，大如棗栗，五色皆有之，黎中珍而藏之以為寶，謂可鎮家，獵者藏儲身邊，獲禽獸獨多」。「有大如拳者，另為一種，用水磨之以食犬，則有力而能追逐山獸，可以捷獲。石即考於黎內，幸者無心輒得之，否則尋之不能一遇也。」
山崇拜。過去黎族認為村中的飛禽走獸都受「山鬼」的統轄，要捕捉獵物，只有得到「山鬼」授意的狩獵首領——「俄巴」同意才能捕捉到。狩獵之前，「俄巴」要進行雞卜和蛋卜，以定吉凶，並用獵物舉行祭祀儀式，把獵物的下顎掛在家裡屋門頂下，俗稱為「獸魂」。
「山鬼」是黎族人的保護神，人們上山砍山欄園或上山打野豬時，都要先祭山鬼，黎語叫做「開寨」，即開寨門之意。每年正月初二(有的山寨是正月初五)開展祭祀山鬼活動。開寨時，村中的長者在寨門口立住，左手持箭，右手拿青杖。他揮動青杖連呼三聲後打開寨門，然後用青杖象徵性地掃周圍空間，邊掃邊朝山裡走去。在山腳的岔口處早有人備好祭山鬼的酒肉，長者走到那裡就脆下，唱詩歌頌山鬼，祈求山鬼保佑人們進山順利，回歸平安，搞完儀式後，人們就可以放心進山了。
火崇拜。火在黎族古代社會中佔有極其重要的地位。因為它能把大片的山欄地焚燒，燒火煮飯，冬天人們又用它御寒。但是，火又能把森林和村莊燒掉。火成了有靈性的怪物。因此，人們對火由敬畏發展到崇拜，各方言黎族都崇拜火。集中體現在祭祀「灶鬼」的活動中，即任何跨過、敲擊和亂動用三塊石頭砌成的「品」字形的爐灶，都認為是對「灶鬼」的冒犯，將會受到「灶鬼」的懲罰，使人生病，後果不堪設想。
送「灶鬼」儀式多種多樣，其中，每當農曆十二月二十日這一天，都有類似漢人「送灶公(神)上天」的祀神習俗。原意是說，為使人間一年四季煙火不斷，灶神能守護灶口，而當除夕將臨近之時，家家戶戶的信民都得為它備上「快馬」(紙馬)送它進天宮去，向玉帝述職待命。於是，每戶黎家都得請「道公」代畫兩張紙馬，其中拿一張貼於灶壁，另一張祭後燒掉，並供上4個飯團，1塊豬肉，3杯水酒等祭品，點燒香爐，燃放一串鞭炮，以示送灶神歸天去了。
日、月崇拜。黎族先人對日、月循行一無所知，故崇拜日月。合畝制地區人們正月選擇山欄地，三月初八為牛節。東方、白沙一帶人們頭痛發熱的時候殺雞來祭祀「太陽鬼」。
風崇拜。昌江、白沙、東方、樂東以及三亞等地的哈方言黎族對「風神」很是迷信。走在路上，突然被「黑旋風」劈頭蓋腦的包抄襲來，十分懼怕。他們認為，黑旋風是有「來頭」的，是「風鬼」在作怪!因此，無論是大人或小孩碰到「黑旋風」，回到家後都要請「鬼公」查鬼，然後殺小雞祭祀，並將小雞丟到庭院前的牛、豬欄外面。
樹崇拜。昔日黎族村莊周圍都有刺竹密密地包圍，村中間或村門都有一株上百年甚至上千年的大榕樹或者是酸梅樹、芒果樹。樹上晝夜都掛著一個大皮鼓。老人常在樹下向孩子們講述族人的故事。發生械鬥時，頭人就擊響掛在樹上的大皮鼓，召集全村的人向來犯者進行決鬥。久而久之，該樹就成了人們崇拜的神樹，不能隨便用刀砍伐，不能攀登，更不能拴牛，神樹下邊的「鬼台」即村莊之神，不能亂摸和移動。
鬼魂崇拜。鬼魂觀念是原始人類普遍存在的一種觀念，世界上各個民族的宗教信仰中都有它的遺跡。前面介紹了黎族先民的自然崇拜，其中就包括對鬼魂的崇拜，如祭「山鬼」、「地鬼」、「灶鬼」、「雷公鬼」、「水鬼」等等，與自然崇拜交叉、融合。另外，在海南島等地的考古發現，證明在新石器時代黎族地區已有巖葬、船棺葬等葬式，從另一方面反映了黎族人民的鬼魂觀念。