瑤族崇奉各種自然神、圖騰神和祖先神。
自然神：同其他民族一樣，瑤族認為自然界中的萬物都有神靈，因此他們祈求萬物神靈，能驅除自然災害，給予他們平安富足的日子。
圖騰神：瑤族對氏族圖騰極為崇拜，認為它具有莫大的神力。盤瓠，亦稱盤王、盤護、盤古等，是神話傳說中龍犬的名字。瑤族的盤瓠崇拜，實際上是一種圖騰崇拜。很多瑤族人都認為盤瓠是瑤族的始祖，把他當作始祖神加以崇拜、祭祀與供奉，瑤族的先民每逢遷徙，必攜帶祖先偶像，每到一處，必先立盤王廟，以進行祭祀。祭祀分為大祭和小祭。大祭每隔三四年或數十年進行一次，規模宏大，以宗族或連村的方式進行，祭期為三至五天，要進行隆重的祭祀儀式。唱盤王歌，擊黃泥鼓，以歌頌祖宗的豐功偉績，歡慶是年的五穀豐收。除集體儀式外，各家各戶還要殺雞宰豬，賓朋好友會聚一堂。小祭是以戶為單位進行的，每年或每兩年進行一次，主要的活動是本戶的男女老少一起拜祭盤王供像，祈求全家人平安，來年糧食豐收。
祖先神：由於瑤族人相信人死亡後有鬼魂存在，為了表示對死者的懷念和對先輩的尊敬，在死者的墓中放置工具、用具和食物，同時祈求得到祖先神的庇護。瑤族在氏族部落中還要祭拜共同的祖先：盤瓠、伏羲兄妹神、社王神、神農神等。隨著社會的確立，一家一戶的祖先崇拜日益盛行，把祖先的神龕放於正堂中，在神龕的上面是祖先的畫像或神名，後人跪拜祖先，祈禱人丁興旺、五穀豐登。
宋、元以來，道教和佛教相繼傳入瑤區。道教的傳入，對瑤區影響頗大，瑤人的喪葬祭祀儀式，開始按照道教的法旨進行。同時使得。瑤區的祭祀儀式變得多樣性和複雜性