獨龍族的宗教信仰尚處於較原始的自然崇拜和萬物有靈階段。萬物有靈的靈魂觀念是獨龍族宗教的核心。獨龍族認為，自然界的一切都有精靈、靈魂，或鬼神，它們主宰著人們的吉凶安危。正是基於這種認識，沒有足夠的力量瞭解和戰勝自然災害和抵制疾病的獨龍族，為了祈求鬼靈的庇護，消災免禍，而崇拜著自然界的山川、河流、大樹、怪石等等，並有了自己較具體的信仰對象，出現了祭祀人員，形成了一系列宗教活動，從而構成了富有本民族特色的宗教文化。
(一)生靈「卜拉」和亡魂「阿細」
在獨龍族宗教意識裡，人和動物都有兩個靈魂，即生靈「卜拉」和亡魂「阿細」。無論是人還是動物，其肌體賴以存活的生靈「卜拉」，只有在肌體活著的時候才存在。
「卜拉」消失後，人的另一個靈魂，即亡魂「阿細」接踵而至。除巫師外，一般人看不見「阿細」。「阿細」不同於鬼、精靈，它只是住在另一個世界的人。在「阿細」生活的世界裡，有山、有水、有村寨，還有眾「阿細」生前曾養過的豬、雞、牛、羊。
(二)地上的鬼「布蘭」和天界的鬼「南木」
獨龍族沒有神的概念，他們只是籠統地把鬼、精靈、神祇等稱為鬼，並把鬼分為住在地上的鬼和天界的鬼，認為地上的鬼是兇惡的、可怕的，對人畜危害極大，而天上的鬼卻是主宰人間生死，庇佑人類的。實際上，天鬼已是獨龍族的人神。
居住在地上的鬼，獨龍語稱「布蘭」。「布蘭」的種類很多。在獨龍族的意識裡，大自然中的鬼都是作祟於人，危害於人的都是惡鬼、壞鬼、貪婪鬼。且不同的鬼，對人有不同的危害。
天界上的鬼，獨龍語稱「南木」。
(三)信仰對像——「格蒙」、「布蘭」、「南木」
獨龍族信仰的對象便是格蒙、南木、布蘭。格蒙是獨龍族信奉的最高鬼靈，又譯「木別」、「姆朋」。獨龍族認為，格蒙居住在九層天的第二層，其職責是掌管人間的男女匹配及人的生死，能庇佑、賜福於人類，因此，人們必須祭祀它，以求人畜平安。
南木是天界鬼靈，居住在九層天第二層以下的各層。南木有多種，都是受格蒙派遣到人間司不同職責的，既可以解除人的痛苦或災難，也可害於人，南木又能通過巫師中介與人相通，它較布蘭已具有某種神聖性及權威性。
布蘭居於地上，則是被視作對人畜危害極大，而又無時不在、無所不在的地界鬼精靈。人們或請巫師祭祀它，或請巫師驅逐或砍殺它。在獨龍族神話中，就有不少表現人類與布蘭作鬥爭的內容。
(四)巫師
獨龍族巫師分「南木薩」、「龍薩」兩種。南木薩社會地位較高，有的即是頭人。無論是南木薩還是龍薩，都不是專門的職業宗教者，其宗教活動的收入也甚微，平時須參加一定的勞動。巫師傳承也未形成相應的制度和習慣，並且南木薩和龍薩在傳承上也有所不同。龍薩多由父傳其子，個別還有傳給女兒的。也有在日常宗教活動中逐漸觀摩、模仿而成的。充當龍薩者都須是已婚的成年人。而南木薩並非父子要相，也不能傳給外氏族的人，它是氏族保衛神的象徵，系自然形成。
南木薩和龍薩職責不同。南木薩主持祭祀、打卦兼治病，不搞殺生驅鬼活動，治病的方式也很獨特，不用中草藥，而是採取一種類似魔術的醫療方法。龍薩則專門替病人殺生驅鬼。
(五)占卜
獨龍族預測吉凶的巫術活動很多。占卜除巫師外，也可由當事人自己進行。占卜的的種類和方式很多，有水卜、酒卜、刀卜、蛋卜、雞卜、谷卜、竹卜、葉卜等，其中以葉卜最為複雜。
(六)基督教
1935年，美籍傳教士莫爾斯進入怒江地區，在茨開、丹當等地設立基督教教堂，並多次派人進入獨龍江地區傳教布道，自此，基督教傳入獨龍族地區。基督教在獨龍族中培養了不少教徒，並對獨龍文化產生了一定的影響。