奇異的宗教
門巴人既崇信跳神送鬼的原始宗教，又信仰藏傳佛教。門巴人認為，人的衣食住行，生與死，生產的豐欠和禽畜的興衰都與鬼神有著密切的聯繫，眾多的鬼神都在影響著他們的生產和生活，人們為尋求鬼的寬恕，神的賜福，而使自己祛危求安免災受益。因而出現了人與鬼神之間的特殊使者巫師;「覺母」、「把奠」、「把寓」、「登龍坎」、「本波」……
原始宗教
門巴人認為天有天神，地有地神，山有山神，水有水神;青蛙、蛇類、昆蟲、螞蟻、奇樹怪石也是神。神靈無所不在，所有病痛和災禍都歸結為鬼神對人的怪罪。巫師中的疊龍坎、把窩、本波是男巫，主要是送鬼;覺母、把莫是女巫，專事請神。
「登龍坎」 「登」，即鬼，「龍坎」，送走之意，「登龍坎」即送鬼走的意思。後來習慣上把從事送鬼的巫師稱為登龍坎。有人生病即請登龍坎殺牲送鬼除病。門巴人認為，人的病痛是鬼怪把病人的靈魂抓走了引起的。因此登龍坎在為病人送鬼時，要殺雞或豬作祭。殺牲之前，要將禽畜給病人過目，表示是病人送的。祭祀時，將煮熟的肉、米飯、煎雞蛋，用「邦穹」或芭蕉葉裝好，連同手搖轉經筒、佛珠、長刀、衣物……擺在村外面，登龍坎指著地上的食物說：「我們為你準備了這麼多東西，供你享用，望你釋放病人的靈魂。」邊說邊將事先捉到的一隻蜘蛛包好放在病人耳後，表示被「鬼」掏去的病人的「魂」找回來了。
「把窩」 藏語意為「英雄」。頭纏紅布，面部掛串珠，斜披白布帶。屋裡擺神案，擺玉米面做的偶像，供大米、雞蛋、酒和清水，法器為鼓。把窩擊鼓，全身顫抖似瘋癲病人，嘴裡叨念道：「請坎主、松馬、把窩和把莫諸神把病人的枷鎖去掉，把他的靈魂放回來……」然後將燒紅的石塊投進開水鍋中，用樹枝蘸沸水酒在自己和病人身上，表示將病人身上的「鬼」驅走。
「苯教」 漢語稱為苯教。除有一般巫師的本領外，還會唸咒語。傳說能置人於死地。苯波有咒經，如果他與人有隙，就設法弄到對方的一點毛髮，塞進牛角里，再埋人土中，被咒的人據說就會「生瘡流膿而亡」。作法時，苯波親自動手殺雞、豬或牛，把肉和心臟的各個部位取一點煮熟，放上佐料，端來米飯，送到有鬼的地方給鬼吃。然後祈求鬼不要讓人生病了，吃了這些食物就離開這裡。
「覺母」 自稱是女神的化身，傳說有九姐妹，還有母親。作法時，雙肩披紅布，額前戴「冗浪」的圓形銀飾物，屋中鋪竹蓆，席上擺九個竹盒和九口小鍋，盛滿大米、養麥、生薑、香蕉、甘蔗、桃、野花……掛長刀、串珠、弓箭和格烏(藏族用的護身符)。請神時，覺母雙手抹臉，全身顫抖，用拖長的聲調唱道：「阿麥……拉所……拉所……』然後自問自答，有如夢囈，表示靈魂飛昇，到神的境界去詢問病因和治病的方法，在眾神的幫助下找到了病人的靈魂，把靈魂「還」給病人。
「把莫」 藏語意為「女傑」，自稱是坎主神的化身。有五姐妹，稱為「坎主得安」，即五個坎主：多吉坎主、仁欽坎主、白瑪坎主、勒客坎主和肯達坎主。傳說他們是苯教主神滾獨藏布的女兒，母親叫仁艾傑姆。把莫作法時，襄紅，白頭布，戴扇形紙帽，屋裡供食物和用具。五指分別拴紅、黃、藍、白、黑五彩線，分別代表一個坎主神。然後用火燒斷，看線斷處是否整齊，若有不整齊的就認為是坎主神發怒，而懊人生病的。為了冶好病人的病，把典手搖小鼓和鈴鐺，全身顫抖，在屋內轉圈，請眾坎主神「趕宴」，讓病人恢復健康。
藏傳佛教
門巴人原來信奉白教(指噶舉派)，他們遷入墨脫後便把白教帶到了墨脫，後因墨脫受波密土王轄屑，門巴人被迫改奉紅教寧瑪派。相傳為貢布喇嘛谷學干布傳到墨脫，井建仁欽崩寺，1950年毀於墨脫大地震。到解放前夕，墨脫有寺廟35座。寺廟僧人中，根據社會地位、技能、宗教知識和尊卑分為：
直姑 即活佛，是死者靈魂皆升天堂享天福的意思。直姑是寺廟的最高領導者寺務，他們通曉經書。
帕久 僅次於直姑，通曉經書，宗教知識較豐富，主持寺廟的各種宗教儀式活動或分管某一方面的事務。其中，有主持法會的「多吉羅本」，有檢查僧紀、收納佈施的「曲寸巴」，有專攻經書的「格隆」，有負責擊鈸的「翁則」，有負寅擊蚊搖鈴的「烏糾」、吹長號的「敦巴」、吹喇叭的·加另巴」、保管祭神供晶的「曲本」、寺廟門衛的「曲香巴」……。
涅巴 寺廟管家，掌管寺廟經濟收支。
果聶 專門看管寺廟、背水、送信、打掃烴堂，擦洗法器，倒水供佛，還負責炊事、制酒、保管肉類和糧食
扎巴 普通僧人，在大型宗教活動中擔任演員或吹打樂器，平時還要在寺廟土地上耕種、收割以及干廟內的一些雜活、學經文等。
寺廟僧人除直姑外，其餘的大多數喇嘛則住在自己家中，參加勞動，娶妻生於，只是參加法會才到寺廟唸經。
定期的唸經活動有：
一月念嘎索經，祈禱萬事如意；二月念衣措經，為喇嘛唸經供佛日；三月念嘎桑經，祈禱人們不患眼病；四月念覺莫經，防止息麻風病，以防眼瞎；七月念窮莫下巴經，祝願家家吉樣平安；八月念坎主下巴經，向坎主神贖罪；九月念那睡經，殺牲敬神，祈求全家不生病；十月念朱和佯朱經，祈求生活美好；十一月念朱巴經，祈求生活富裕；十二月念古朵經，祈求來年豐收。
不定期的唸經括動有：達奪目經，祈求糧食豐收；卡久經，祈求病人早日康復；才久經，紀念古如仁狡欽神的生日；干久經，祈求死後早升天堂。
此外，還有朵措經、貴榮經等。以上所念的經，大多是希望身體健康、萬事如意、糧食豐收、生活富裕……這是門巴人的美好願望，他們把實現這些美好的願望寄托在神佛的保佑上。