歷史上，柯爾克孜人最早信仰薩滿教。約在公元10世紀柯爾克孜人的意識中還充滿著崇拜自然神的宗教觀念，主要是水神和草神。這跟當時柯爾克孜人(時稱黠戛斯)以游動的畜牧業經濟為生有密切關係。
由於當時生產發展水平低下，人們對自然界的種種自發現象(如天旱缺水、牧草枯萎等)無法理解而又無力抗拒，於是相信在這些現象後面有超自然的力量，即有神靈在主宰著。因為水和草對於人和牲畜來說太重要了，所以柯爾克孜人對主宰著這兩者的神最為崇拜。同時，他們還崇拜大自然的其他現象。
柯爾克孜人最初是崇拜圖騰。有名的圖騰是雪豹和鹿，柯爾克孜族世界著名作家艾特瑪托夫的小說《白輪船》講述的也是跟母鹿有關)。除此，還信仰「烏買」女神信奉祖先和天神，他們朝南方禱告，崇拜太陽，認為火星不吉利。
到了清代，才轉信伊斯蘭教，屬於正統的遜尼派。柯爾克孜族絕大部分人信仰伊斯蘭教。他們早在16世紀中葉就已經開始信奉伊斯蘭教了。他們信仰伊斯蘭教遜尼派的哈納菲派。禮拜寺是教徒活動的主要場所。禮拜寺多數建在城市。教規五功：「念功」、「拜功」、「課功」、「齋功」、「朝功」。
宗教禁忌
忌踩鹽和食物。鹽和食物自古被族人視為神聖物品，故認為踩踏鹽與食物為極大罪過。此外，古代柯爾克孜人還忌跨越像征食物寶藏的餐布，忌坐由牲畜絨毛搓成的毛繩，忌跨越花繩(據傳該族視狼為圖騰，而狼跨越花繩)等原始宗教性禁忌習俗。
忌對月亮、星星訴苦。該族先民認為星代表人的生命，是人的命星，月是冷神，向其訴苦是一種罪過。
忌傍晚睡覺，易被妖魔纏身。
忌晚上往外拿白色的東西。因奶為白色，是該族主要食品，故視白為財富、為幸運、為神聖色。晚上從家裡往外拿白色的東西，這等於拿走財富與幸福。
忌黑，認為黑色可引起恐懼，帶來災難，為邪惡、黑暗、絕望之象徵，故除喪禮中穿黑色衣服外，日常生活中忌諱黑色。