按傳統，祖宗聖靈的神龕要設在二樓的中柱腳。苗族人民認為在吊腳樓裡有祖先的聖靈日夜庇蔭，闔家方能興旺發達，人人皆可健康平安。樓的板壁用刨光的杉木板封裝。每間的窗欞子用木條拼成形狀不同的圖案。各間的房門均為獨扇，惟有堂屋大門為兩扇。富裕人家還在大門上刻有龍鳳浮雕。大門上方，兩頭安裝有兩個門當木雕，門當的另一頭成牛角，俗稱「打門錘」。大多數吊腳樓在二樓地基外架上懸空的走廊，作為進大門的通道。堂屋外的懸空走廊，安裝有獨特的s形曲欄靠椅，苗語叫「嘎息」(ghab xil),民間有一美稱叫「美人靠」，這是因為姑娘們常在此挑花刺繡，向外展示風姿而得名。
其實「嘎息」還用作一家人勞累過後休閒小憩、納涼觀景、講述傳承苗族神話和遷徙歷史，以及演唱《苗族古歌》、「嘎百福歌」的多功能涼台。吊腳樓一般以三間四立帖或三間兩偏廈為基礎，一般分為三層，底層都用作家畜和家禽的欄圈，以及用來擱置農具雜物等東西。
中層住人，正中間為堂屋，堂屋兩側的立帖要加柱，樓板加厚;因為這是家庭的主要活動空間，也是宴會賓客笙歌舞蹈的場所。有少數人家在正對大門的板壁上安放有祖宗聖靈的神龕。
神聖的家庭祭祖活動就在堂屋進行，一般情況下，左右側房作為臥室和客房。三樓多用半存放糧食和種子，是一家人的倉庫;如果人口多，也裝隔出住人的臥室。廚房安置在偏廈裡。建築的空間分割組合，以祖宗聖靈神龕所在的房間為核心，再向外延伸輻射。家庭成員在這樣的空間組合下生活，無形中便被祖宗聖靈所在的堂屋的空間引力所凝聚，從而為家庭的團結增強了親和力。祖先崇拜的苗族傳統宗教，在吊腳樓的民居建築上被充分完美的體現出來了。
吊腳樓具有深刻的文化內涵。吊腳樓除了具有其本身的特點、形式外，還有其深刻的文化內涵，即空間宇宙觀念。這在苗族吊腳樓正梁中央的普遍存在的那一神秘象徵符號可見一斑。符號呈圓形，分內外兩層，外圈為朱紅或墨汁繪就，中心則用紅色，如一「卵」形，整個符號形狀十分古拙。
符號一般請具有一定巫術的「掌墨師」或土家巫師用鑿在黃色圓心處鑿一圓洞，新樓主人則要跪下用衣服將木渣全部接著，最後再在梁木兩端分別寫上「乾」、「坤」二字。這種神秘古拙的符號乃是宇宙起源的象徵符號，它包含著土家人對天地開闢、人類發祥的古遠追憶。
苗族吊腳樓不僅是處於宇宙自然的環抱之中，同時，宇宙也處於吊腳樓的環抱之中。這種容納宇宙的空間觀念在苗族儀式歌中表現得十分明顯：「上一步，望寶梁，一輪太陽在中央，一元行始呈祥瑞。上二步喜洋洋，乾坤二字在兩旁，日月成雙享……」這裡的「乾坤」「日月」代表著宇宙。
人們把它寫在樑上，唱在口上，不僅是對天地日月的祭祀、祈福，寫「乾坤」於樑上，而梁木又置於房屋中，房屋可以包含宇宙，容納天地。從某種意義上說，苗族吊腳樓在其主觀上與宇宙變得接近，更為親密，使房屋、人與宇宙渾然一體。
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