南京城西有座幽靜之所，名曰清涼山。這裡也是龔賢晚年的隱居之地。清涼山風景獨好，虎踞龍盤盡收眼底，成了慰藉這個這個漂泊者的棲居地。在這裡，龔賢自畫小像，穿僧服，手持掃帚，作掃葉狀，懸於樓堂，以示與清朝統治者格格不入，後人因此將他的舊居稱為「掃葉樓」。在這裡，龔賢從「白龔」走向「黑龔」，在水汽淋漓的墨色中找到了內心的清涼世界，也會中國古代畫史留下了渾厚華滋的一筆。
半生飄零：百苦到老尚謀生
龔賢身處的年代正值明亡清興，作為一個沒有背景的下層知識分子，他身世漂泊，幾乎大半生都是在避難和艱難謀生中渡過的。「百苦不一樂，到老尚謀生」。是對他對自己一生遭遇的歎惋。
明萬曆四十六年(1618)，龔賢出生於江蘇昆山官宦之家，他出生時，其實已然家道中落。幼年起隨家遷居南京，十歲前，母親便已去世。
蕭平老師談到：「到南京不久，他父親另娶。他祖父和父親一起到四川去公幹，從此一去不復返，而且沒有任何消息，不知是在路上遇害了，還是如何，這個問題到現在都是一個謎。所以龔賢的少年時代是很不幸的。」
十三歲時，龔賢開始習畫，與楊文驄同師董其昌。明崇禎末年，復社成員在南京秦淮河畔結社賦詩，講學論藝，挽救民族的危機。青年時的龔賢也懷著建功立業的熱血，參加了復社的活動。由於人品正直，以及在詩、書、畫上均有造詣，龔賢在南京士大夫中漸露頭角。
然而好景不長，南明弘光元年(1645)，清兵攻陷南京，年輕的龔賢因野居北郊而倖免於難。戰爭將他的生活拖入貧困之境。當時，北方已被清軍佔領，相對比較安定，清廷為復興農事，圈地復耕，招募流民前來墾荒。為了謀生和躲避戰亂，龔賢無奈開始了北漂。但生長在江南的他，長於吟詩作對，卻不善於經營，加之身體羸弱，無法長期適應北方的清苦生活，不久後只好南歸。
龔賢回到南京以後，早年娶的妻子和孩子都已經在貧病中死去。他孑然一身，煢煢獨立，難以生存下去。他在《之廣陵留別南中諸子》中寫道：「壯游雖我志，此去實悲辛。八口早辭世，一身猶傍人。」字裡行間包含著傷感。
迫於生計，他又不得不渡江來到揚州，再次續娶，並以賣畫鬻字餬口。後來，龔賢應了泰州府海安鎮徐逸的招請，前往濱海小鎮海安，當徐逸兒子的家庭教師。在海安，龔賢得到東家的禮遇和關照，賓主相處融洽，總算有了一席安身之地。他一度產生定居海安的想法，說「愛此將添隱者扉」。
大概是難以忍受內心的孤獨，龔賢寫下「短衣曾去國，自首尚飄蓬。不讀荊軻傳，羞為一劍雄」的詩句。35歲時，龔賢又離開小城海安，回揚州生活。在揚州的十多年，他看了許多富商巨賈收藏的古代名畫，每有看畫的機會則不放過，盡力要對方把所有的收藏都拿來觀瞻。遇上喜歡的畫作，便探究畫理，憑記憶反覆摹寫，得其精髓才肯罷休，大量的觀摩使他的詩歌與繪畫都走向成熟。
1666年，將近半百的龔賢又覺得在揚州生活沒有安全感，他曾言「避賊還避兵，奔騰如驚禽」，於是決心遷回家鄉南京。但回南京沒多久，又遭到權勢者的迫害。
如果說青年時代的龔賢還有一腔政治抱負，經過多年的漂泊，遍嘗世事悲欣，他不免產生了歸隱的想法，為了再次避禍，龔賢最後決定隱居於南京城西的清涼山。
他在山上購置數間房屋，屋旁有半畝地可以種竹栽花，所以他將住所取名為「半畝園」。「半畝園」的地點非常好，可以登高遠眺、縱覽故國江山，也可以親近自然，安心繪畫。龔賢曾請王翬畫了《半畝園圖》，並題了長跋來描寫「半畝園」的景色：「清涼山上有台，亦名清涼台。登台而觀，大江橫於前，鍾阜橫於後。左有莫愁，勾水如鏡;右有獅嶺，撮土若眉;余家即在此台之下。轉身東北，引客視之，則柴門犬吠，彷彿見之。」
清涼隱居：課徒授業 窮造化之理
龔賢在清涼山隱居以後，潛心繪畫，研究畫理，除了與周亮工、方文等同道故交有所來往，幾乎斷絕了一般的應酬交往。龔賢晚年不僅賣畫、賣字，還招收學生教畫，教導學生不要「奉師說為上智」，而是將「師造化」的重要性傳遞給學生。
在教學方法上，龔賢做到了切實具體，有針對性。他為學生們作演示，把山水畫中的樹木山石、江河流水、房屋橋樑等逐一加以分析和講解，指明畫法的程度、應注意的方面以及初學者所最容易犯的毛病。他以淺顯的詞句，將自己的繪畫思想明確切實地表達出來，平易近人，深入淺出。
例如，龔賢向學生指出：「橋有面背。面見於西上，則背見於東下，往往有畫反者，大謬也。」「畫屋要設身以處其地，令人見之皆可入也。」「畫屋固不宜板，然須端正。若欹斜使人望之不安。看者不安，則畫亦不靜。樹石安置尚宜妥貼，況屋子乎?」「凡畫風帆，或其下有水草蘆葦楊柳之屬，皆宜順風，若帆向東而草頭樹枝皆向西，謂之背戾，乃畫家大忌。」
龔賢不厭其煩地向學生強調這些細節的真實，一絲不苟，注意引導學生觀察和體驗自然，通過對自然的認識去理解前人畫法。
龔賢有好幾種山水畫課徒稿傳世，圖旁有關於各種畫法的批注。後人把他的課徒畫稿上的解說彙編而成冊，即是《畫訣》，是為初學者講解山水畫的一些基本技法。
蕭平老師指出：「龔賢有一個重要的學生王概，李漁編寫《芥子園畫譜》，就是由王概執筆畫的。」可見龔賢的教學成就。
南京藝術學院教授商勇指出：「龔賢的藝術思想的核心就是認定繪畫藝術的本源在於自然。他反對當時畫壇上一味摹仿古人，泥古不化的風氣。與石濤一樣，他認為畫家應該面對自然進行創作。」
龔賢曾說：「古人之書畫與造化同根，陰陽同候，非若今人泥粉本為先天，奉師說為上智也。然則今之學畫者當奈何?曰：『心窮萬物之原，目盡山川之勢，取證於晉、唐、宋人，則得之矣。』」龔賢指出，那些盲目仿古而不能有所創造的人的病根在於「泥粉本為先天，奉師說為上智」。龔賢認為繪畫創作的真正的源泉在於自然，而不是古人，提倡到自然中去理解前人的畫理。古人和傳統只應作為「取證」，學畫首先應直接觀察自然。古人傳統不是「源頭」，真正的「源頭」是自然。
龔賢曾向他的學生說，「至理無古今，造化安知董與黃?」龔賢受到程朱理學的影響，他認為，「理」是宇宙的本體，自然的「理」從古至今都是一樣的，是一種永恆的客觀存在，對於古人和對於今人並無什麼不同，為何人們不能面向自然去進行獨立創造呢?自然並不知道有一個畫家叫董源或黃子久。
隔溪山色圖軸
龔賢的「庸手」與「生手」的理論也極為精闢。「安而不奇」的畫家，只知道機械如實地複製自然，而這種照搬與複製往往會使得本來鮮活的自然變得更加呆板。他們被稱之為「庸手」。龔賢指出，與其做一個「庸手」還不如做一個「生手」。因為「生手」雖技巧不夠，不能把對像描繪得盡善盡美，但往往能保持藝術的風采以及心靈的真誠。
「白龔」走向「黑龔」 畫出心中的氤氳山色
龔賢之所以能獨立成家，他的一個引人注目的特點便是用墨與同時代的畫家不同。同時代的四王是當時的主流，他們在案頭臨摹倣傚黃公望和倪雲林，追求的是筆墨的「天真幽淡」，體現的是學者型的書卷氣。龔賢則學習宋人師法自然，所推崇的是董源、米芾、吳鎮以及離自己最近的沈周，結合自己對自然山水的觀察和感受，形成了渾樸中見秀逸的積墨法，不同於「四王」所倡導的筆筆有古意的創作格法。商勇教授談到。
龔賢晚年繪畫渾厚華滋、墨氣淋漓，被稱為「黑龔」，而早期枯筆簡淡的風格則被稱為「白龔」。蕭平老師說：「龔賢創造的第一個符號就是他的『白龔』，在他四十歲前後完成了這種創造。明末清初崇尚枯筆，中國山水畫中多是崇尚枯和簡。」
「龔賢在看到米芾的作品之後，他好像是驚心動魄一樣，因為米芾畫得非常黑。他在心中思索，怎麼才能把畫變白為黑?」
「氣宜渾厚，色宜蒼秀」，這是龔賢對山水畫整個畫面視覺效果的要求。江南的丘陵河川以及廣袤的平原是龔賢的視覺經驗。但凡見過江南豐饒明麗山川者，都會感到「渾厚」與「蒼秀」確是眼前之景最精到的概括。如何表現這「渾厚」「蒼秀」?龔賢放棄了中國畫法中常用的「破墨」技法，這種技法在元明清文入畫中非常普遍，就是利用水墨在生宣紙上的一次性滲透達到表現效果。
龔賢運用的是宋人的「積墨」法。他畫的山石樹木總是經過多次的皴擦渲染，墨色極其濃重，而濃重裡卻隱含著豐富細微的明暗變化，通過層層積效的對比關係來傳達山水的「渾厚」與「蒼秀」。他畫的石頭，輪廓中大部分為筆跡嚴整渾成的多次皴擦渲染，而僅在合「理」的地方留下空白的受光部分。石頭的厚重體積，堅硬的面的轉折，以及在濕潤的空氣中被浸潤的質感都得到了恰當的體現。
夏山過雨圖軸
龔賢用墨擅長利用黑白對比的效果，他曾說：「非墨無以顯其白，非白無以判其黑。」他畫中的空白處雖然不著一筆，卻能使人感覺到空朦瀰漫的霧氣或是清澈透明的汪洋湖泊與河流。他用墨最基本的要求就是「潤」。他畫的樹能達到蒼翠欲滴的效果就在於用墨之「潤」。龔賢認為要把「潤」和「濕」區分開來。「墨言潤，明其非濕也」。「潤墨鮮，濕墨死」。「鮮」就是有光澤和勃勃生機，但「濕」而不「潤」的用墨，下筆之後不能恰當地掌握墨與對像表現要求相適應的濃淡乾濕的變化，最後使墨只能浮於紙上，或是一片糊塗而成為一團死墨。
「從四十歲前後，到五十歲完成「黑龔」，中間相距十年時間。這十年中有一個過程，就是『灰龔』階段。這是不斷加深的過程。當他完成『黑龔』時，實際上帶有反潮流風格，因為那個時代作品大部分都是偏白、偏枯而簡，這是那個時代的風尚。所以，中國繪畫史上，山水畫史上，最黑的面孔，就是龔賢。龔賢是非常自得，他講自己前無古人後無來者。他前面雖然學的是米家，大米、小米到高克恭，但是工筆米家山是他創造的，沒有誰能夠積墨到七遍八遍十遍，只有龔賢做到了。」蕭平指出。
另一方面，龔賢將山水畫藝術的表現技巧概括為四個根本的元素：筆法、墨氣、丘壑、氣韻。他認為「必筆法、墨氣、丘壑、氣韻全而後始可稱畫。」在筆、墨、丘壑三者之間，龔賢認為丘壑十分重要。他說：「丘壑雖雲在畫最為末著，恐筆墨真而丘壑尋常，無以引游之興。」龔賢在審美上秉承了晉唐北宋士大夫畫家描繪「可游可居之境」的精神，認為山水畫的首務在於畫出自然的美景，即那些不「尋常」的「丘壑」，以引動人們的「臥游之興」。
龔賢認為，徒有筆墨技巧而沒有引人人勝的丘壑，這樣的山水畫並不能傳達自然真實的精神，是不成功的。龔賢在當時已經認識到了藝術不能違反現實的真實，但又必須高於現實的真實。在一則題跋裡，龔資曾說到過山水畫中的丘壑看去好像是「幻境」，但「雖曰幻景，然自有道觀之，同一實境」。這裡同樣是說明了畫中的丘壑既是完全真實的「實境」，卻又不等同於現實中的丘壑，而是現實真實的提煉與昇華，以致使人看去覺得好像是一個美妙的「幻境」。
對於用筆，龔賢認為「欲秀而老」。「秀而老」就是準確而簡練，流暢而有變化。龔賢早年用筆稍有鈍滯，但到了晚年則大膽潑辣而蒼勁活潑。他在勾勒一些房屋橋樑以及枯樹峭壁時，隨意數筆便表現各自的精神，真正顯示了他用筆的「秀而老」。龔賢的好友、畫家程正樓曾在贈詩中這樣評價他：「鐵干銀鉤老筆翻，力能從簡意能繁。」這句話準確地道出了龔賢用筆的特點與成就。
龔賢的山水畫非常重視構圖。他的畫視野開闊，氣象萬千。他吧「三遠」構圖發發揮地極為巧妙，往往提高視線的角度，「平遠」構圖，多採取俯視角度，這樣視野開闊，平淡中倍增飄渺的感覺。尺幅之中，山河無盡。作「高遠」構圖，先俯視，爾後眼光往上作仰視，真有下攬深谷、上突危峰的氣概。他十分注重上下的位置。他的山水畫一般很「滿」，但「滿」而不塞，常常用雲帶、流水作為空白透氣。從整個畫面來說，構成了龔賢筆、墨、丘壑渾然一體的氣韻。
商勇教授表示：今天看來，龔賢是一位具有現代意義的山水畫大師，他對現代山水畫大師如黃賓虹、李可染等人都有較深的影響。
康熙二十八年(1689)，龔賢年約七十歲「死於豪強索書之手」。據記載，在龔賢去世前，有一個頗有權勢的「豪橫」向龔賢強索書畫，龔賢貧病交加，再逢精神磨難，致使臥床不起，不久便含恨長逝。死後因貧不能具棺葬，喪事全憑好友孔尚任料理，並幫其撫養遺子。龔賢遺柩後歸葬祖籍江蘇昆山。
十年後，孔尚任完成名劇《桃花扇》，其中許多內容就是龔賢在南京的親身經歷。孔尚任曾作《哭龔半千》詩四首，其三曰：「尺素忽相投，自言罹大病。緣有索書人，數來肆其橫。問我御暴方，我有奚權柄?哀哉末俗人，見賢不知敬!鬱鬱聽其亡，誰辨邪與正?」孔尚任認為是無賴小人不知敬畏，所以造成了一位賢者的不幸。