赫哲族早年信仰薩滿教。他們崇拜鬼神、崇拜自然界，相信「萬物有靈」，萬物都是神在主宰，天、地、日、月、星、辰、山川、河流、岩石、草木、水、火、風、雷、閃電都由神來主管。「火」有火神爺爺「佛架瑪瑪」，並供有使用火的「都熱馬林」神。赫哲族對火愛護備至，並有許多禁忌。「風」有風神，稱「臥杜瑪瑪」，雨有龍神，「雷」有雷公，「閃」有閃娘娘，「山」有山峽神，「房」有房山神。
赫哲族認為每種動物都有神在主宰，因而崇拜動物。因為「動物是人不可缺少的必要的東西;人之所以為人，要依靠動物;而人的生命和存在所依靠的東西，對人類來說就是神。」從事漁獵業生產的赫哲族崇拜各種動物是必然的。這些動物有「闊裡」(鷹神、鳩神)、「克庫」(杜鵑鳥形)、「雅日格」(金錢豹神)、「塔斯和」(虎神)、「布雲」(狼形)、「僧格」(刺蝟神)、「蹲特」、「阿都」神(形如貓)、「珠昆」神(水獺形)、「依那奇」神(形如狗)、「黑額恩木熱」神(鯨魚形)、「珠日翟力阿金」神(鰉魚形)、「穆依嘎」神(蛇形)、「依斯額嫩」神(四腳蛇形)。此外還有馬神、野豬神、豬神、龜神、鱉神、蝦蟆神等動物之神。
薩滿教的諸神約有十九種，普通人家供奉的神約有十五種，共三十四種：鳥類二、獸類十三、人形偶十一、爬蟲二、器物四、魚類二。有的人說赫哲人知道多少動物和爬蟲，就有多少個神。此說雖不盡然，但有一定的道理。他們相信萬物有靈，這是原始宗教信仰的特徵。
赫哲人相信靈魂不死。認為人有三個靈魂：第一個靈魂稱「奧任」，所謂生命的靈魂，人與動物都有，人死後它就離開了肉體;第二個靈魂稱「哈尼」，所謂思想的靈魂，它能暫時離開肉體，如人在睡覺時，它能與別的靈魂發生關係;第三個靈魂稱「法揚庫」，所謂轉生的靈魂，人死後它即離開肉體，它有創造來生的能力。
人死後第一個靈魂(生命的靈魂)消滅了。第二個靈魂(思想的靈魂)不滅，它仍然存在，到死者週年或一百天時，請薩滿將其送入陰間，即所謂「撂檔子」(送魂)。這樣，它在天堂、人間、地獄的鬼神之間，就變成一個新鬼。第三個靈魂(轉生的靈魂)在人死後把生前走過的路再走一遍，男子必須走七天，女子要走九天再回到死處。在「出魂」之日隨勾魂鬼「呼圖」回到它的來處去，再轉新生的人或動物。他們相信輪迴說，以為好人死後仍變為人，父子相互更替不絕，次者變成家畜，惡人則成蒿桿上的疙瘩，永遠不能再投胎為人。
赫哲人崇拜祖先。他們相信人與動物都有靈魂，靈魂不死，於是也就相信自己祖先的靈魂不死。他們稱祖先三代為「別布瑪法」，每逢春節時，把祖先供在西屋的桌上，以豬頭、饅頭等為供品，焚「僧其勒」香草，以示悼念。
赫哲人早先還存在著圖騰崇拜、靈物崇拜、偶像崇拜。靈物崇拜是原始宗教發展到相當階段，較後期的產物。「在許多較原始的部族中，人們身上帶著許多個靈物，有防這種病的靈物，有防那種病的靈物，有防猛獸的靈物，有狩獵時能多捕獲野獸的靈物等等。」薩滿對靈物和偶像的崇拜便是如此。如信避邪神、癆病神、肚痛神「木哈索」、頭痛神「烏什卡」、打圍大神(管理狩獵的一切事宜)、司皮神(專司獵皮之事)、漁獵兼管之神「卡日嘎瑪」、門神「珠林」等。
薩滿教從對自然物、自然界的崇拜發展到對靈物、偶像的崇拜，進而發展到每個村落、每一氏族、甚至每戶，都有供奉土地、河神、山神、蟲王、龍王等神位的小廟。赫哲族由於受漢族的影響，逐漸用畫像和紙馬，把諸神供奉於廟中。狩獵時把主司狩獵的諸神畫像帶至山中供奉，把祖先的畫像或紙馬供在西屋牆上。
這是二十世紀三十年代松花江沿岸赫哲族對諸神信奉的情況，也是人們在一定的社會物質條件下，受自然界沉重的壓力，而得不到科學解釋，歪曲的歸之於神的結果。赫哲族的宗教信仰方式，是從原始宗教信仰到現代宗教信仰方式的過渡時期。薩滿教在赫哲族中具有歷史性、社會性和群眾性，其影響是深遠的。
薩滿最初是女性，在赫哲族故事中有多起反映：如《南達布故事》中的「竹爾杭阿」老祖師、《阿爾奇五故事》中的「高米爾金媽媽」聖母、《杜布秀》故事中「紫熱格尼媽媽」能末卜先知等等。這一切表明，薩滿教中最初只有女薩滿，其後才有男薩滿並逐漸增多。
薩滿一般是繼承的，但不是父傳子、子傳孫的絕對世襲。有的是祖、父輩薩滿的神找上子、孫輩來領神;有的隔一代或兩代找上來的;有的薩滿無後代，他的神找其近親領神。當薩滿要學會神詞、神術、跳神、唸咒、施魔法等等，方能「領神」。
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