相傳，早在聶赤贊普時代(約公元前4世紀)，門隅地區已有土著居民活動，門隅人與雅隆人就有密切的文化往來。聶赤贊普在前往雅隆地區時，曾遊覽「二十九地」，在他抵達「二十九地」之一普吉昌時，遇到了3位門地童子，他便帶領這3位童子一起前行。這3名童子就是「珞氏」、「雅氏」、「娘氏」三姓的童子。古「門地」或稱「門隅」，包括現今門巴、珞巴居住的廣大的地區。
從這些傳說中可見，當時門隅已有土著居民活動，並與北部的先民有密切往來。《西藏王臣記》亦紀載，在吐番建國之後，人們就把門隅人稱計「黑門朱」。「門巴族曾有三族」門巴嫡系、漢藏交界處之西夏、工布等三族也」。
這些傳說和史科記載，大致廓清了門巴族的族源：門巴族自古就是門隅土著群體和外部群體互相融合的後裔。「此一雪域南方門隅地，自古逐漸形成之人類。」
「門巴」是門巴族的自稱。「門」指的是西藏東南部的門隅地方。「巴」是人的意思。「門巴」即門隅地方的人。藏族對居住在這裡的人，亦稱門巴。
各地的門巴族，由於居住地域不同，還有不同的自稱。如住在門隅邦金一帶的稱「學增」，住在達巴一帶的稱「達巴」，住在珞瑜北部雅魯藏布江谷地的稱「主巴」。1964年，根據該民族的意願，國務院正式批准門巴族為單一民族，統稱門巴。