評漢學
訓詁治學
錢大昕著有《二十二史考異》，遠受顧炎武「讀《九經》自考文始，考文自知音始」的治經方法論的影響，近受惠棟「五經出於屋壁，多古字古言，非經師不能辨。經之義存乎訓，識字審音，乃知其義。是故古訓不可改也，經師不可廢也」的治經宗旨的啟發，遵循由訓詁以明義理的原則。在他看來，文字是《六經》的載體，只有先識字審音，才能真正弄懂經書所蘊涵的義理，訓詁明，義理才能明。他說：「《六經》皆載於文字者也，非聲音則經之文不正，非訓詁則經之義不明。」又說：「有文字而後有訓詁，有訓詁而後有義理，訓詁者，義理之所有出，非別有義理出乎訓詁之外者也。」因為重視音韻訓詁在獲取經書義理中的重要作用，錢大昕對漢儒的訓詁考訂之學有極大的興趣，對漢儒的治學非常欣賞，給漢學以較高的評價。
錢大昕云：《六經》者，聖人之言，因其言以求其義，則必自訓詁始;謂訓詁之外別有義理，如桑門以不立文字為最上乘者，非吾儒之學也。訓詁必依漢儒，以其去古未遠，家法相承，七十子之大義猶有存者，異於後人之不知而作也。三代以前，文字、聲音與訓詁相通，漢儒猶能識之。
夫窮經者必通訓詁，訓詁明而後知義理之趣，後儒不知訓詁，欲以鄉壁虛造之說求義理所在，夫是以支離而失其宗。漢之經師，其訓詁皆有家法，以其去聖人未遠。魏、晉以降，儒生好異求新，註解日多，而經益晦。
推崇漢儒
錢大昕在治經的理念和方法上，是推崇漢儒的。其推崇漢儒的理由，不外三個方面，一是漢儒以小學訓詁和名物考辨為自身學術特質，言必有據;二是漢儒去古未遠，文字音韻訓詁與經典相通;三是漢儒治經，訓詁皆有家法師承，不失經典本旨。也正是認識到漢儒治經去古未遠、家法師承的情況，錢大昕在遇到後儒與漢儒訓釋有矛盾時，多數情況下是傾向於漢儒之說的。
錢大昕所
言「漢儒」，為東漢諸儒，許慎、鄭玄、賈逵、馬融、服虔、盧植等人是其代表。東漢時期，古文經學興盛，異字異音與經師傳授之本各有不同，又《詩》、《禮》等經籍多名物典制，故以上諸儒解經，極重小學訓詁。他們在小學方面有很深的修養。王國維就認為東漢古文學家精通小學，所謂：「後漢之末，視古文學家與小學家為一……原古文學家之所以兼小學家者，當緣所傳經本多用古文，其解經須得小學之助，其異字亦足供小學之資，故小學家多出其中。」東漢古文經學興盛的重要原因正是由於這些學者有較好的小學素養。這一優良傳統為錢大昕所繼承並發揚光大，自覺取法漢儒重小學訓詁與名物典制的治學傳統，豐富自身的學術素養。
錢大昕雖然推崇治古文經的東漢儒者，但對於治今文經的西漢學者也不排斥。對於古文經與今文經，他有開明的看法，他說：「漢儒傳經，各有師承，文字訓詁多有互異者」，「伏(生)、鄭(玄)所傳，有古今文之別，要未必鄭是而伏非也」。錢大昕在評論漢代學術時，沒有預設一個所謂今古文門戶之見。這與他的治經目的是一致的。錢大昕治經，目的是要求得儒學本真，即剔除後儒附會在經書上的謬說，以得聖人微言大義之真面目。換言之，在錢大昕看來，聖人經典在流傳的過程中，由於文字的錯訛，音讀的遺失以及後儒主觀的附會，使經典本義日晦於世。這不僅影響到人們對經典的正確理解，甚至影響到政治統治的理論基礎。因此，「刊落浮詞，獨求真解」，是錢大昕，同時也是乾嘉時期多數學者的共同的觀念。本著這樣的觀念，凡能求得儒學真解的學術，錢大昕都給以讚揚。不論是今文派的伏生、董仲舒，還是古文派的鄭玄等人，他們的學說只要對揭示儒學真諦有意義，錢大昕都是推挹有加的。錢氏之所以屢次提及東漢諸儒，是因為東漢以前之說，傳世者罕有，求之漢以前人之說則大不易，故退而求之東漢。東漢諸儒，學有本原，去古未遠，和後世無知妄作者大不相同，故錢大昕極為重視。
錢大昕評論漢儒經學，主要在方法層面上，換言之，主要在工具層面上。對於漢儒治經的思想，錢氏鮮有涉及，這也是要注意的。
以肯定漢儒治經重訓詁考訂為基準，錢大昕對清以前學術發展的狀況進行了研究，錢大昕說：
漢儒說經，遵守家法，詁訓傳箋，不失先民之旨。自晉代尚空談，宋賢喜頓悟，笑問學為支離，棄註疏為糟粕，談經之家，師心自用，乃以俚俗之言詮說經典。若歐陽永叔解「吉士誘之」為「挑誘」，後儒遂有詆《召南》為淫奔而刪之者。古訓之不講，其貽害於聖經甚矣。
錢大昕認為漢儒學術醇正，魏晉直到宋明，治學以闡發義理為主，不講訓詁註疏，學風空虛。到清代，人們開始對宋明空疏之習進行反撥，學風丕變，學術研究始又走向敦實之途。錢大昕對魏晉至宋明學術特徵的分析，失之籠統，也存在偏頗，尤其是他以漢儒治經的方法為標準衡評後世學術，未能結合時代背景、學術發展的內在理路來認識問題，充分顯示出他漢學家的立場。當然，也應看到，錢大昕在論述學術發展時，也貫穿著一個明確的意旨，那就是反對空談，崇尚實學，反對師心自用，崇尚立論有本。
批宋學
對於宋、明學術，錢大昕從兩個層面上進行了駁難：在工具層面上，錢大昕對宋明人研究學術的方法進行了抨擊，他說：「自宋、元以經義取士，守一先生之說，敷衍傅會，並為一談，而空疏不學者，皆得自名經師。間有讀漢、唐註疏者，不以為俗，即以為異，其弊至明季而極矣。」又說：「宋儒說經，好為新說，棄古注如土苴。」在錢大昕看來，宋人治經，不通訓詁，率意改經，重視發揮，喜與前人立異，好為驚世駭俗之論，實際上流於空談，沒有根柢。這也是錢大昕往往以漢學與宋學對舉，揚漢學而抑宋學的原因。
在思想層面上，錢大昕對宋、明理學中的很多範疇都進行了駁難。如他論「性即理」云：宋儒謂性即理，是也。謂天即理，恐未然。「獲罪於天，無所禱」，謂禱於天也，豈禱於理乎?《詩》云：「敬天之怒，畏天之威。」理豈有怒與威乎?又云：「敬天之渝。」理不可言渝也。謂理出於天則可，謂天即理則不可。
「性即理」是程朱理學關於人性的一個重要範疇，由程頤提出，朱熹進行了完善。在二程的哲學邏輯結構中，「理」與「道」、「天」為相同的範疇，「理」成之在人為「性」，則「天道」亦然。「性與天道，一也。天道降而在人，故謂之性。性者，生生之所固有也」
由於歷史條件的變化，錢大昕批判宋明理學末流的空談，與顧炎武有所不同。顧炎武的目的是為了總結明亡的歷史教訓，提倡經世實學，而錢大昕更關注辯明學術是非，恢復儒家忠孝節義的倫理學說。很清楚，錢大昕對宋明理學一套哲理化的理論是不滿的，他所極力傾向的，是把理學家大力鼓吹的儒家倫理綱常的說教，具體化為人們日常生活的準則。可以說，他對理學「性」、「道」等範疇的駁難，貫穿的都是這樣的思想。從積極意義上講，錢大昕是為了進一步扭轉學風偏向，改玄遠為淺近，變空虛為敦實，號召人們真正去接觸儒家原典，體會聖人思想的真實涵義;從消極方面看，錢大昕對理學的哲理性思辨不甚瞭解，他以日常倫理批駁理學的思辨，在某種意義上限制了理學在理論上的進一步發展。
錢大昕抨擊宋明理學，還因為宋儒引佛入儒。理學本來就是儒、釋、道三者結合的產物，學者既修儒籍又歸心釋道也是平常之事。錢大昕由於從小受到祖父錢王炯影響，對佛道沒有好感，在日常生活中，他反對信從釋道，為仙為幻，勸說人們「佛仙都虛幻，休尋不死方」。在理論上，他認為佛教六業輪迴說敗壞人倫，佛教徒拋棄父母兄弟而出家，更是有違人倫。他說：「人之所以異於禽獸者，以其有五倫也。唯人皆有孝弟之心，故其性無不善……釋氏棄其父母昆弟而不知養，雖日談心性何益?」宋儒將佛教與儒學結合起來，破壞了儒學的精蘊，錢大昕說：「釋子之語錄始於唐，儒家之語錄始於宋。儒其行而釋其言，非所以垂教也。君子之『出辭氣必遠鄙倍』。語錄行，而儒家有鄙倍之詞矣。」
也應看到，儘管錢大昕與宋、明理學在很多問題上認識不同，但他對宋、明儒者正心誠意、躬行自修十分推崇，且樹為楷模。