學說宗旨
「慎獨」說是劉宗周學說的宗旨。他在自己的著作中反覆強調「慎獨」之重要。他說：
慎獨是學問的第一義。言慎獨而身、心、意、知、家、廁、天下一齊俱到。故在《大學》為格物下手處，在《中庸》為上達天德統宗、徹上徹下之道也。
又說：《大學》之道，一言以蔽之，曰慎獨而已矣。
《大學》言慎獨，《中庸》亦言慎獨。慎獨之外，別無學也。
可見劉宗周把「慎獨」提到了很高的地位。他認為「君子之學，慎獨而已矣」，「學問吃緊工夫，全在慎獨，人能慎獨，便為天地間完人。」?那麼什麼是「獨」?劉宗周的學生陳確解釋說：「獨者，本心之謂，良知是也。」「獨」即是本心，即是良知，是人具有的一種主觀道德能力，「慎獨」則是一種內省的道德修養功夫。劉宗周把「獨」提升到本體論高度，而把「慎獨」說成是最重要的修養方法：「獨之外別無本體，慎獨之外別無功夫。」「獨即天命之性所藏精處，而慎獨即盡性之學。」所以，「獨」是「至善之所統會」，所謂「致知在格物，格此而已。」「獨者，物之本，而慎獨者，格之始事也。」這裡，不僅宇宙中的萬事萬物，而且人類的一切道德準則都統攝在「獨」(或者叫本心、良知)之中：「獨中具有喜、怒、哀、樂。四者，即仁、義、禮、智之別名。」
既然「獨」相當於王陽明所說的「良知」，「慎獨」的功夫相當於「致良知」，那麼為何劉宗周還要立異呢?他本人對此有所解釋：
千古相傳只慎獨二字要訣，先生(指王陽明)言致良知，正指此。但此獨字換良字，覺於學者好易下手耳他認為「良知」說不如「慎獨」說簡易明白，後者更便於學者下手。而且「良知」說還有流於禪學的危險。
「慎獨」說是劉宗周的道德修養論。他在當時歷史條件下提出「慎獨」，主要是針對當時的士風，希望通過內省的功夫，收拾人心，使人人向善，躋於道德之域，以解救「世道之禍」。因此，他高度概括了「慎獨」的重要性：
君子由慎獨以致吾中和，而天地萬物無所不本、無所不達矣。達於天地，天地有不位乎?達於萬物，萬物有不育乎?天地此中和，萬物此中和，吾心此中和，致則俱致，一體無間。
人心與天地、萬物關係極大，通過「慎獨」的功夫治心，心為天地萬物之本，本正則天地萬物悉正，以此為出發點，齊家則家齊，治國則國治，天下太平則易如反掌。這裡，體現出劉宗周思想的心學特徵。「誠意」與「慎獨」密切相關。如果說「慎獨」是劉宗周全部學說的宗旨，那麼「誠意」則是他的全部學說的根基。這裡，先要理解什麼是「意」。劉宗周說：
意者，心之所以為心也。止言心，則心只是徑寸虛體耳，著個意字，方見下了定盤針，有子午可指。
心之主宰日意，故意為心本。不是以意生心故曰本，猶身裡言心，心為身本也。
因此，「意」是「心」之本體，是人心中超越的價值，是「至善」，是「道心」，是「至善之所上」。劉宗周還特別指出，「意」是「有而未始滯於有，無而未始淪於無，蓋妙於有無之間而不可以有無言者」，也就是說，「意」合攝了一切價值但又不表現為任何具體的價值規定，具一切相而不落於任何實相。所以「意為心之所存，非所發」，為未發之中。
「意」既然不是現實的活動，而只是一種超越的潛存，那麼它就不可能是「動念」，而是「至靜」。劉宗周與弟子的一段對話說：
問：「一念不起時，意在何處?」
先生曰：「一念不起時，意恰在正當處也。念有起滅，意無起滅也。」
又曰：「事過應寂後，意歸何處?」
先生曰：「意淵然在中，動而未嘗動，所以靜而未嘗靜也。」
在關於「未發之中」這一點上，劉宗周揭出「意」這一個重要範疇，指出「意無所為善惡，但好善惡惡而已」，也就是說，「意」只是善必好，惡必惡的一種潛在意向，不是好善惡惡的具體活動。由此出發，他對朱熹、陸九淵、王陽明等人都進行了批評：
朱子惑於禪而辟禪，故其失也支;陸子入於禪而避禪，故其失也粗;文成(即王陽明)似禪而非禪，故不妨用禪，其失也玄。
劉宗周所說的一意」既然如此，那麼如何「誠意」呢?他說：
意根最微，誠體本天。本天者，至善者也。以其至善還之至微，乃見真止;定靜安慮，次第俱到。
也就是說，通過「定靜安慮」的功夫，使意「以其至善還之至微」，以實現對超驗價值本體的還原。《中庸》說「誠者，天之道也;誠之者，人之道也」，《孟子》說「誠者，天之道也;思誠者，人之道也」，「誠意」就是要以「思誠」的人道踐履實現天道的本誠。劉宗周說：「誠意雲者，即思誠一點歸宿工夫也。」正因為「誠意」是一點歸宿功夫，故正心先誠意，這是「由末以之本」，因為「誠以體言，正以用言」，誠意是體，正心是用。「誠意」的功夫就是「慎獨」。劉宗周說：
《大學》之道，誠意而已矣。誠意之功，」慎獨而已矣。意也者，至善歸宿之地，其為物不二，故曰獨。其為物不二，而生物不測，所謂物有本末也。格物致知，總為誠意而設，亦總為慎獨而設也。非誠意之先，又有所謂致知之功也。故誠意者《大學》之專義也，前此不必在格物，後此不必在正心也。亦《大學》之了義也，後此無正心之功，並無修治平之功也。
這樣，誠意、慎獨與致知、正心實際上是合一的，沒有先後之分，格物致知的目的就是誠意。在《學言》中，劉宗周又說：
《大學》之教只要人知本。天下國家之本在身，身之本在心，心之本在意。意者，至善之所止也，而工夫則從格致始。正致其知本之知，而格其物有本末之物，歸於止至善雲耳。格致者，誠意之功。功夫結在主意中，方為真功夫。如離卻意根一步，亦更無格致可言。故格致與誠意，二而一，一而二者也。
可見，格致是誠意的手段或方式(功夫)，誠意則是格致的目的或歸宿。通過「格物致知」這樣的經驗性方式，去體認人心中的超越的至善本體——意。因此，格致與誠意是二而一、一而二的。
牟宗三先生將劉宗周這種「誠意」、「慎獨」的學說概括為「以心著性」、「歸顯於密」。的確，誠意、慎獨的內傾性極為明顯。劉宗周希望通過對內在超越的道德本體的探求，找到一個現實道德實踐的理論基礎，然後再向外展開，去尋求這種超驗本體的實現方式，達到本體與功夫的合一，由誠意而正心、修身、齊家、治國、平天下。
學術成就
劉宗周被革職後，閒居講學達四年之久。在這一時期，明代閉禍達到頂峰。東林、首善等講學書院被毀，並榜東林黨人姓名於天下。很多士大夫被削籍為民、逮捕入獄甚至被處死，知識界遭受到空前浩劫。天啟五年(1625年)七月，楊漣、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章等「六君子」先後被魏忠賢掠殺於鎮撫司獄中。這六人之中，有好幾位都是劉宗周的密友。劉宗周知道他們的死訊，以悲憤的心情寫了一篇《吊六君子賦》。隨後，密友高攀龍自沉於止水，黃尊素也被殺害。劉宗周本人也被列入了黑名單。不久熹宗崩，信王朱由檢嗣位，改元崇禎，大赦天下，解除了黨禁，斥逐閹黨，為死難者恢復名譽，給還削籍諸臣官誥。
劉宗周才倖免於難，被起用為順天府尹。崇禎即位之初，即欲改弦更張，勵精圖治，朝政出現了一些新氣象，明朝的社稷似乎有了一線新希望。劉宗周飽含熱情，來到北京，上《面恩預矢責難之義以致君堯舜疏》，希望崇禎「超然遠覽，以堯舜之學，行堯舜之道」，崇禎認為這是迂闊之言。崇禎求治心急，人才、餉糧、流寇、邊患等常縈繞在心，希望群臣能拿出一些行之有效的具體措施。劉宗周卻認為這些都是刑名之術，近於功利，人主應以仁義為本。因議論不合，他只作了一年順天府尹，就告病回鄉，與陶爽齡成立「證人社」，會集同志講學。會期定於每月的三日這天，辰集午散。劉宗周撰定《證人社約》，分為學撤、會儀、約言、約戒四部分，作為證人社的章程。後來劉宗周將證人社歷次會講編為《證人社語錄》。
這以後，劉宗周又獨自講學，先後著《第一義》等說，輯《鄉約小相編》、《劉氏宗約》、《聖學宗要》，著《證人小譜》，又輯《孔孟合壁》、《五子連珠》等書，一方面對程朱陸王的學說進行篩選，另一方面繼續自己獨立的思考和學術活動，完善自己的哲學思想。
崇禎九年(1636年)，朝廷詔升劉宗周為工部左侍郎。此時東北滿洲已建國號為清，日益強大;明王朝內部人民起義已經如火如荼，江山已搖搖欲墜，崇禎求治的希望化為泡影。劉宗周多年賦閒，對明王朝的痼疾瞭解得很清楚。冰凍三日，非一日之寒，急功近利，是無法解決國家的根本問題的。他希望能從皇帝本人做起，先修德治心，親近儒臣，這才是為治的根本。他向崇禎上《痛切時艱直陳轉亂為治之機以仰紓宵旰疏》，歷數從前弊政，請崇禎帝更調化瑟。他說：
抑臣聞之，有天德者然後可以語王道，其要在於懼獨。故聖人之道，非事事而求之也。臣願皇上視朝之暇，時近儒臣，聽政之餘，益被經史，日講求二帝三王之學，求其獨體而慎之，則中和位育，庶幾不遠於此而得之。
劉宗周向崇禎推銷自己的「慎獨」之學，崇禎帝當然不會感興趣。這位後來的亡國之君急求嚮往的是如果打退清兵，平息內亂，如何籌集軍餉，解決財政危機。他認為劉宗周的話是迂闊無用的陳詞濫調。疏中劉宗周對他的所作所為加以批評，這位剛愎自用的皇帝不想再聽逆耳之言，龍顏大怒，傳諭內閣，想加以重處。後來他又想，劉宗周素有清名，不妨放他一馬，我也樂得一個能容直言的名聲。劉宗周才得以平安過關。
也許作名儒比作名臣容易一些，劉宗周入朝後，很有些勉為其難。他在給兒子劉伯的信中說：
勉強拜命，真如牽羊人屠肆耳。及既拜命，則不便再容易抽身，只得以老病之身許之君父，意欲得當以報君恩，以了生平耿耿之懷，是以有前日之疏。
既然入了朝廷;食了君家的俸祿，就要為朝廷分憂。但犯顏直言吧，人家認為迂闊，不高興，不說吧，又對不起自己作為孔孟之徒的良心。劉宗周就是以這種心情，勉強入仕。他始終認為，人心為禍之烈，皇帝躬親庶務之非，必須自去其聰明，慎獨用賢，昭世教以正人心，崇儒重道，始可救衰亡於萬一。但他對國家大事的關切，得不到皇帝的賞識。這時有人上疏說「劉宗周才謂不足而道學有餘，主治未獲經綸之益，甄士殊多砥礪之功」，於是劉宗周再次告病求歸。行至德州，上《微臣身切時艱敢因去國之轍恭申慰悃兼附芻蕘之獻疏》，極言賢奸顛倒，任用匪人之禍，崇禎大怒，降旨：「劉宗周明系比私敵政，顛倒是非，姑著革職為民!」
政治上的失意，卻換來了學術上的豐收。劉宗周從宦海漩渦之中解脫出來，將更多的時間投入講學與著述之中。在他的學術主張中，「誠意」、「慎獨」始終佔據了重要地位。但直到這時，他才把自己關於《大學》「誠意」、《中庸》「已發」、「未發」的學說向學者系統地公開，劉宗周的哲學思想已臻於定型。
崇禎十一年(1638)，劉宗周完成了《陽明先生傳信錄》一書的刪定。他做這項工作的目的，是要糾正王學末流之弊，故選錄他認為功夫最切近、最合於王陽明早年篤實精神的部分，並加了按語，反覆辨析，澄清混亂。早在天啟六、七年間，劉宗周就輯過《皇明道統錄》一書，共七卷，體裁仿朱熹《名臣言行錄》，首記平生行履，次抄語錄，末附斷語，褒貶俱出獨見。該書對當世推為大儒的薛(王宣)、陳獻章、羅欽順、王畿等人都有貶詞，而對曹端、胡居仁、陳選、蔡清、王守仁、呂(木冉)諸人無間言。當時他特別推崇王陽明，說：
先生承絕學於詞章訓治之後，一反求諸心而得其所性之覺日良知，因示人以求端用力之要日致良知。良知為知，見知不囿於聞見;致良知為行，見行不滯於方隅。即知即行，即心即物，即靜即動，即體即用，即功夫，即本體，即上即下，無之不一，以救學者支離眩騖務華而絕根之病，可謂震霆啟寐，烈耀破迷，自孔孟以來，未有若此之深切著明者也。
但是，因王陽明的學說與朱熹之說不無抵牾，且極力表章陸九淵，故有人疑「良知」之說或出於禪。劉宗周雖然承認陽明之學「從《五經》中印證過來，其為廓然聖路無疑」，但又說：「特其急於明道，往往將向上一幾，輕於指點，啟後學躐等之弊有之」。由於王陽明語焉不詳，後學之人曲解了他的意思流入禪學，這在陽明弟子王畿(龍溪)那裡表現得尤為明顯。劉宗周批評說：「至龍溪直把良知作佛性看，懸空期個悟，終成玩弄光景，雖謂之操戈入室可也。」操戈入室，指入禪門之室。如關於有名的「四句教」，劉宗周認為考之《陽明集》中並不經見，為陽明的未定之見，平日雖曾說過這樣的話，但未敢筆於書以滋學者之惑。至王畿始云「四有之說，猥犯支離」，勢必進之四無而後快。劉宗周批評說：
既無善惡，又何有心意知物?終必進之無心無意無知無物而後玄。如此，則致良知三字著在何處?
王畿「四無」說，認為「心是無善無惡的心，意是無善無惡的意」，將心中本來具有的「意」的至善品格抹殺了，只剩下一個空寂虛無的心，這樣，就墮入了禪學，使「致良知」三字沒有了著落。
劉宗周雖然沒有過多地對王陽明進行正面批評，但他認為王陽明在有些問題上語焉不詳可能導致後學者誤入歧途。因此，他極力辨解王陽明「似禪而非禪」。王陽明主張「看喜怒哀樂未發前氣象」本身沒有錯，這正是儒家修養的正途，錯的是他不知先天有止，卻叫人在念起念滅時用為善去惡之力，終非究竟一著，故失之粗。
對於「四句教」，劉宗周認為其根本錯誤在於對「意」的理解上。他多次說過。「陽明將意字認壞」，「先生解《大學》，於意字看不清楚」。如第一句「無善無噁心之體」，劉宗周認為應該改為「有善無噁心之體」。因為「意」為心體，是人類具有的一種先天性的好善惡惡的潛能，應該是純粹的善。第二句「有善有惡意之動」則錯得更遠。因為「意」是超越動靜的「至靜」，它是不動的，是「未發」，動的是「念」。第三句「知善知惡是良知」第四句「為善去惡是格物」雖然沒有大錯，但因大本已失，所謂「良知」，所謂「格物」也就徒勞無功。所以劉宗周總結說：
若心體果是無善無惡，則有善有惡之意又從何處來?知善知惡之知又從何處來?為善去惡之功又從何處起?無乃語語斷流絕港乎!
王畿從王陽明「四句教」中推論出「四無說」，就與禪學沒有什麼區別了。因此劉宗周又對禪學進行了批評。他說：
釋氏之學本心，吾儒之學亦本心，但吾儒自心而推之意與知，其功夫實地卻在格物，所以心與天通。釋氏言心便言覺，合下遺卻意，無意則無知，無知則無物，其所謂覺，亦只是虛空圓寂之覺，與吾儒盡物之心不同。
對禪學的批評實際上就是對王畿等人的批評。他認為禪學、儒學雖然都在談「本心」，但禪學之「本心」沒有任何內容，是虛寂，而儒學之「本心」中有「意」這種超越的至善存在。所以兩家在認識心的本體上有很大差別。不僅如此，在功夫上也是截然不同的。禪學的功夫是覺，通過頓悟去覺此心之空，萬事皆空;儒家則強調「格物」的功夫，由格物而有三綱領八條目。王畿的「四無說」，以黨育性，一覺無餘事，是率天下都是禪，因而背離了儒學，甚至也不合王陽明的原意。劉宗周主張將「四無說」改為「四有說」，即：「心是有善無惡的心，則意亦是有善無惡之意，知亦是有善無惡之知，物亦是有善無惡之物。」這樣，就解決了本體與功夫之間的關係問題，劃清了儒與禪間的界線。
除《陽明先生傳信錄》外，劉宗周還撰定了《經籍考》、 《古學經》，輯《古小學集記》、《古小學通記》，並著《原旨》、《治念說》。這些學術活動的目的，都是與他的學術主張密切相關的。