據文獻記載，明洪武四年1371年，在今青海省同仁縣保安城的西山曾建立保安堡。「保安」是由地名演變為族名的。一般認為該族是元、明時期以信仰伊斯蘭教的一支蒙古族為主，在長期的歷史發展中，吸收了一部分回族、藏族、土族等而逐漸形成。也有人認為保安族是以四川、陝西等地遷至青海同仁一帶的「回回」人為主發展而來。他們原以駐軍墾牧形式住在同仁境內隆務河兩岸。長期與當地東鄉、撒拉、藏等族交往、通婚，而逐步形成發展為保安族。
明末清初，保安族社會發展，人口增加，當時保安城內「番回」達百餘家，城外有四屯，一干余戶，由土干戶統治。雍正七年1729土千戶王喇夫違抗清朝，川陝總督岳鍾琪派兵進剿，將保安堡原募「番兵」遣散，改設「把總」，改屬西寧鎮統轄。乾隆二十七年1762又隸屬循化營，由蘭州府管轄。同治初年，保安族因受當地喇嘛教隆務寺封建主欺壓，被迫東遷。先在循化居住數年，後又轉徙今甘肅積石山下大河家、劉集一帶定居下來，他們居住的大墩、甘梅、高李等村莊，仍被習慣地稱為「保安三莊」。從清末至中華民國時期一直處在地方軍閥馬安良、馬步芳等統治下。1930年起，國民黨政府推行保甲制，將該地劃為「兩保」。
演變
同治十一年二月，保安人民與回、東鄉、撒拉等民族人民一起起義，反抗清王朝的統治，在河州太子寺南面的新路坡，打敗了清軍，但由於領導這起義的馬占鰲最後向左宗堂投降，使得這次起義以失敗而告終。
保安族的族稱來源於原居住地保安城，保安族原居住在青海省同仁縣隆務河邊的保安城、下莊、尕沙日一帶，這裡原來居住的都是藏族。大約從元代開始，蒙古人進入西北藏族地區。
公元1227年成吉思汗攻取西夏五城興慶府，奪得積石州後，連河州也相繼變成了蒙軍的重要據點。
公元1247年，西藏薩班會冗蒙古太子闊瑞後，蒙古軍在西藏地區的往來也相當頻繁，保安一帶已成為兵家必爭的交通要道。明萬曆年間曾在青海省同仁地區設置保安營，修建了保安城。明末清初以來，保安地區已形成了有藏、漢、蒙古、回、土、撒拉等多民族大雜居小聚居的「四寨子」——尕撒爾、年都乎、吳屯、保安。清咸豐、同治年間遷徙到甘肅省積石山。1952年根據本民族的意願，由國家正式定名為保安族，並成立了以「保安三莊」區域為主的保安族自治鄉。
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