土族基本上全民信仰藏傳佛教(格魯派)。早期的土族，主要信仰原始的薩滿教。元末明初，藏傳佛教傳入土族地區並得到迅速發展，特別是藏傳佛教格魯派的發展尤為迅速，土族地區出現了許多格魯派寺院，主要有：互助的佑寧寺、華嚴寺、金剛寺、曼頭寺、章嘉寺、天門寺、松番寺、曲隆寺、吉藏寺、卻藏寺，大通的廣惠寺、平安寺、松布尕寺、祁家寺、諾木齊寺，民和的朱家寺、文家寺、卡的喀寺、趙木川寺、白家寺、趙家寺，樂都的金角寺、扎的寺、山城溝寺，同仁的吳屯寺、年都乎寺和甘肅天祝的天堂寺等，其中以佑寧寺最大，號稱「湟北諸寺之母」(青海湟水北部地區)。
歷史上，互助、大通、樂都一帶的寺院大都為佑寧寺的分支屬寺。佑寧寺建成前兩年，今互助一帶的「扎的」、「浪加」、「陰加」、「火日」、「華仁」、「覺查」等十三個尕爾哇選出十三個代表，去西藏請求四世達賴喇嘛在這個地區修建寺院，四世達賴雲丹嘉措答應修寺，並於萬曆三十二年派佛子端約曲吉嘉措到互助建寺。
因寺在郭隆、故稱郭隆寺，當時，只有參尼扎倉，嗣後，一世章嘉、一世土觀、嘉木樣加巴多爾吉又建居巴扎倉，遂成顯密雙備之寺。
據說在明末清初，此寺院的喇嘛曾一度增加到六千人，成為青海著名寺院之一。清雍正元年，因寺中喇嘛支持蒙古貴族羅卜藏丹津反清，次年鎮壓羅卜藏丹津事件中被清軍焚燬，活佛及喇嘛多人被殺，致使僧伽恐懼，盡易俗服，逃散各地。至雍正十年，清廷頒令重建並賜名為「佑寧寺」。