元朝時，土族地區歸元廷封授的土官管轄。明朝統治者繼承元朝「封土司民」的政策，對他們「待之以禮、授之以官」，命其 「各統其部落，以聽徵調、守衛、朝貢、保塞之令」(《明史·職官志》)。
清滅明後，土族地區的各土司先後率部歸附於清朝，清承明制，發給其號紙印敕，准其照舊承襲，是為土司。清順治十二年(1655年)，又授予東李土司李化龍之弟李化鰲世襲百戶之職，是為小李土司。據清代部分史志記載，清代甘、青土族地區的土司共有十八家之多，其中青海土族地區十六家，即：東祁土司、西祁土司、東李土司、西李土司、吉土司、納土司、陳土司、趙土司、辛土司、阿土司、冶土司、甘土司、朱土司、喇土司、汪土司、小李土司(李南哥後代)。甘肅卓尼勺哇土族原共有三大部落，藏文史籍中稱為勺哇三族。明、清至解放前夕，勺哇土族屬楊土司管轄，為上治三旗的勺哇旗，由力吾、拉代、的力、匯十那、薩迪、拉叭等七族組成。
清代自雍正、乾隆以後，土司權威有所削弱。到了清末，土司已處在名存實亡的境地。明、清時期，藏傳佛教格魯派傳入土族地區後，青海互助土族地區出現了一種與封建土司制度並存的土官制度，這是西藏地方政教合一制度在青海互助土族地區的延續和發展。
明、清時期，土族的經濟、生產有了較快的發展。土族已從一個主要從事畜牧經濟的民族，發展成了一個以農業經濟為主，兼營畜牧業、手工業的民族。由於河湟一帶原有的農業基礎較好，加之中原先進耕作技術的不斷傳入，促進了該地區土族農業經濟及與之相伴隨的手工業(如釀酒、紡織等)的發展。明、清時期是土族社會發展史上的一個重要時期，為以后土族社會的進一步發展奠定了基礎。
辛亥革命以後，隨著甘、青地區馬家軍閥勢力的不斷擴大和發展，除一少部分土族仍歸封建土司統治外，大部分土族則由馬家軍閥所控制。
1929年元月，青海建省。1930年，青海土族聚居的民和、互助、門源等地相繼設縣，該地區的土族始歸由縣府管理。1931年8月，南京國民政府下令廢除土司制度(互助土族地區政教合一的土官制度已於1930年廢除)。這樣，延續300餘年的土官制度被徹底廢除。
1938年，土族各村編組實行保甲制度。當時充任區長、保長、甲長者，仍以舊時的土司、土官或具有權勢的上層分子佔絕大多數。這一時期，由於馬家軍閥實行民族壓迫和歧視政策，迫使土族人民或隱瞞自己的民族身份，或流落他鄉，土族人口因此銳減。此外，自明、清以來，藏傳佛教格魯派在土族地區的廣泛傳播和發展，土族群眾篤信佛教，多送子弟入寺為僧，這也影響了土族人口的正常增長。據有關調查顯示，1930年以前，青海土族地區各土司所轄人口僅38,000餘人。1933年，青海土族僅有30,000餘人，其中互助縣約1,000餘戶、近7,000人，民和縣約2,000餘戶、10,000餘人，樂都縣312戶、6,300人，大通縣約5,000餘人，共和縣24戶、89人(丘向魯《青海各民族移入的溯源及其分佈之現狀》，載《新亞細亞》1933年5卷3期)。到1949年，互助、民和、天祝、大通等地的土族共有4萬人左右。
為擺脫馬家軍閥統治，土族人民進行了不屈不撓的鬥爭。1945年，一些土族士兵參加了反抗馬步芳統治的樂家灣兵變。
1949年9月5日，中國人民解放軍解放了西寧市，統治青海各族人民近40年的馬家軍閥政權徹底覆滅。
1954年2月17日，經中華人民共和國國務院批准，成立了土族地區第一個自治政權——互助土族自治區。1955年，改為互助土族自治縣。1985年11月6日，根據青海土族人民的居住特點，經國務院批准，撤銷了青海省民和縣建制，設立了民和回族土族自治縣;撤銷了青海省大通縣建制，設立了大通回族土族自治縣。至此，實現區域自治的土族人民約占總人口的71%左右。另外，在一些土族居住比較集中，但人口少的地區也設立了土族鄉
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