文諫
時柄國者悉忠賢遺黨，疏入，以論奏不當責之。於是維垣復疏駁元璐。元璐再疏曰：臣前疏原為維垣發也。陛下明旨曰：「分別門戶，已非治征」，曰「化異為同」，曰「天下為公」，而維垣則倡為孫黨、趙黨、熊黨、鄒黨之說。是陛下於方隅無不化，而維垣實未化;陛下於正氣無不伸，而維垣不肯伸。
維垣怪臣盛稱東林，以東林嘗推李三才而護熊廷弼也。抑知東林有力擊魏忠賢之楊漣，首劾崔呈秀之高攀龍乎!忠賢窮凶極惡，維垣猶尊稱之曰「廠臣公」、「廠臣不愛錢」、「廠臣知為國為民」，而何責乎三才?五彪五虎之罪，刑官僅擬削奪，維垣不駁正，又何誅乎廷弼?維垣又怪臣盛稱韓爌。夫捨爌昭然忤璫之大節，而加以罔利莫須有之事，已為失平。至廷弼行賄之說，乃忠賢藉以誣陷清流，為楊、左諸人追贓地耳，天下誰不知，維垣猶守是說乎?維垣又怪臣盛稱文震孟。夫震孟忤璫削奪，其破帽策蹇傲蟒玉馳驛語，何可非?維垣試觀數年來破帽策蹇之輩，較超階躐級之儔，孰為榮辱。自此義不明，畏破帽策蹇者，相率而頌德建祠，希蟒玉馳驛者呼父、呼九千歲而不怍，可勝歎哉!維垣又怪臣盛稱鄒元標。夫謂都門聚講為非則可，謂元標講學有他腸則不可。當日忠賢驅逐諸人，毀廢書院者，正欲箝學士大夫之口，恣行不義耳。自元標以偽學見驅，而逆璫遂以真儒自命，學宮之內，儼然揖先聖為平交。使元標諸人在，豈遂至此!維垣又駁臣假借矯激。夫當崔、魏之世，人皆任真率性，頌德建祠。使有一人假借矯激，而不頌不建，豈不猶賴是人哉!維垣以為真小人，待其貫滿可攻去之，臣以為非計也。必待其貫滿，其敗壞天下事已不可勝言，雖攻去之，不已晚乎!即如崔、魏，貫滿久矣，不遇聖明，誰攻去之?維垣終以無可奈何為頌德建祠者解，臣以為非訓也。假令呈秀一人舞蹈稱臣於逆璫，諸臣亦以為無可奈何而從之乎?又令逆璫以兵劫諸臣使從叛逆，諸臣亦靡然從之，以為無可奈何而然乎?維垣又言「今日之忠直，不當以崔、魏為對案」，臣謂正當以崔、魏為對案也。夫人品試之崔、魏而定矣，故有東林之人，為崔、魏所恨其牴觸、畏其才望而必欲殺之逐之者，此正人也。有攻東林之人，雖為崔、魏所借，而勁節不阿，或遠或逐者，亦正人也。以崔、魏定邪正，猶以明鏡別妍媸。維垣不取證於此，而安取證哉!
論功
總之東林之取憎於逆璫獨深，其得禍獨酷。在今日當曲原其被抑之苦，不當毛舉其尺寸之瑕。乃歸逆璫以首功，代逆璫而分謗，斯亦不善立論者矣。
疏入，柄國者以互相詆訾兩解之。當是時，元兇雖殛，其徒黨猶盛，無敢頌言東林者。自元璐疏出，清議漸明，而善類亦稍登進矣。
請毀三朝要典
元璐尋進侍講。其年四月，請毀《三朝要典》，言：「梃擊、紅丸、移宮三議，哄於清流，而《三朝要典》一書，成於逆豎。其議可兼行，其書必當速毀。蓋當事起議興，盈廷互訟。主梃擊者力護東宮，爭梃擊者計安神祖。主紅丸者仗義之言，爭紅丸者原情之論。主移宮者弭變於幾先，爭移宮者持平於事後。數者各有其是，不可偏非。總在逆璫未用之先，雖甚水火，不害塤篪，此一局也。既而楊漣二十四罪之疏發，魏廣微此輩門戶之說興，於是逆璫殺人則借三案，群小求富貴則借三案。經此二借，而三案全非矣。故凡推慈歸孝於先皇，正其頌德稱功於義父，又一局也。網已密而猶疑有遺鱗，勢已重而或憂其翻局。崔、魏諸奸始創立私編，標題《要典》，以之批根今日，則眾正之黨碑;以之免死他年，即上公之鐵券。又一局也。由此而觀，三案者，天下之公議;《要典》者，魏氏之私書。三案自三案，《要典》自《要典》也。今為金石不刊之論者，誠未深思。臣謂翻即紛囂，改亦多事，惟有毀之而已。」帝命禮部會詞臣詳議。議上，遂焚其板。侍講孫之獬，忠賢黨也，聞之，詣閣大哭，天下笑之。
官職陞遷
元璐歷遷南京司業、右中允。四年，進右諭德，充日講官，進右庶子。上制實八策：曰間插部，曰繕京邑，曰優守兵，曰靖降人，曰益寇餉，曰儲邊才，曰奠輦轂，曰嚴教育。又上制虛八策：曰端政本，曰伸公議，曰宣義問，曰一條教，曰慮久遠，曰昭激勸，曰勵名節，曰假體貌。其端政本，悉規切溫體仁;其伸公議，則詆張捷薦呂純如謀翻逆案事。捷大怒，上疏力攻，元璐疏辨，帝俱不問。八年，遷國子祭酒。
元璐雅負時望，位漸通顯。帝意向之，深為體仁所忌。一日，帝手書其名下閣，令以履歷進，體仁益恐。會誠意伯劉孔昭謀掌戎政，體仁餌孔昭使攻元璐，言其妻陳尚存，而妾王冒繼配復封，敗禮亂法。詔下吏部核奏，其同裡尚書姜逢元，侍郎王業浩、劉宗周及其從兄御史元珙，鹹言陳氏以過被出，繼娶王非妾，體仁意沮。會部議行撫按勘奏，即擬旨云：「登科錄二氏並列，罪跡顯然，何待行勘。」遂落職閒住。孔昭京營不可得，遂以南京操江償之。
兵部右侍郎兼侍讀學士
十五年九月，詔起兵部右侍郎兼侍讀學士。明年春抵都，陳制敵機宜，帝喜。五月，超拜戶部尚書兼翰林院學士，仍充日講官。祖制，浙人不得官戶部。元璐辭，不許。帝眷元璐甚，五日三賜對。因奏：「陛下誠用臣，臣請得參兵部謀。」帝曰：「已諭樞臣，令與卿協計。」當是時，馮元飆為兵部，與元璐同志，鉤考兵食，中外想望治平。惟帝亦以用兩人晚，而時事益不可為，左支右詘，既已無可奈何。故事，諸邊餉司悉中差，元璐請改為大差，兼兵部銜，令清核軍伍，不稱職者即遣人代之。先是，屢遣科臣出督四方租賦，元璐以為擾民無益，罷之，而專責撫按。戶部侍郎莊祖誨督剿寇餉，憂為盜劫，遠避之長沙、衡州。元璐請令督撫自催，毋煩朝使。自軍興以來，正供之外，有邊餉，有新餉，有練餉，款目多，黠吏易為奸，元璐請合為一。帝皆報可。時國用益詘，而災傷蠲免又多。元璐計無所出，請開贖罪例，且令到官滿歲者，得輸貲給封誥，帝亦從之。
數請解職
先是，有崇明人沈廷揚者，獻海運策，元璐奏聞。命試行，乃以廟灣船六艘聽運進。月餘，廷揚見元璐，元璐驚曰：「我已奏聞上，謂公去矣，何在此?」廷揚曰：「已去復來矣，運已至。」元璐又驚喜聞上。上亦喜，命酌議。乃議歲糧艘，漕與海各相半行焉。十月，命兼攝吏部事。陳演忌元璐，風魏藻德言於帝曰：「元璐書生，不習錢谷。」元璐亦數請解職。
為大明殉節
在袁可立的門生中，黃道周、倪元璐和劉理順皆為國殉，名垂千秋。其中元璐素負時望，亦漸獲重用， 思宗頗欲用之，然卻因此深遭小人所忌，而蒙讒言罷歸。元璐自此深知朝政不可為，從此絕意仕途。崇禎十五年(1642)聞清兵入至北京，北京震動，求救兵於天下，元璐毅然盡鬻家產以徵兵，募得死士數百人，馳赴北京。並向思宗陳述制敵之法，思宗拜為戶部尚書，深恨不能早日用之。十七年二月，命以原官專直日講。逾月，李自成陷北京。城陷之日，元璐整衣冠拜闕，大書幾上曰：「以死謝國，乃分內之事。死後勿葬，必暴我屍於外，聊表內心之哀痛。」遂南向坐，取帛自縊而死。
與黃道周
「黃、倪二人是袁可立的得意弟子，又同朝為官，更重要的是二人在書法字畫等共同志趣方面最為契合。······在得知倪元璐因袁可立辭官自己也要請辭後，黃道周和陳彥升、陳子龍等人，來倪元璐家中勸阻。」(閩南師範大學 王翔《黃道周詩歌研究》)