何休作為一個學識淵博的今文經學家，他治學的態度嚴謹、認真。他倣傚古文經學的註解法著《春秋公羊解詁》，與那些引章斷句的博士文有很大的差別，這就是嚴整縝密，系統性強。他所注經書，雖也不能挽救今文經學的崩潰，但影響卻頗大，以至成為今文經學方面的領袖人物。
今文經學是有其思想淵源和歷史淵源的。
漢朝立國以後，自從漢武帝時代的董仲舒創立陰陽五行化的《公羊》學以後，所有的今文經學都朝著這個方面發展，也都陰陽五行化了。當時的發展方向表現在兩個方面：繁瑣與迷信。
所謂繁瑣，指今文經學家抓不住要領，去支離蔓衍地解說經文，一部經的經說，解釋起來，動輒數十萬言甚至多至百餘萬字，並名之曰「章句小儒，破碎大道」，把浮辭繁多、蔓衍無際當作學問，並津津樂道。
所謂迷信，指孔子不談神怪，所以，迷信成分在原來的儒家著作中不佔主導地位，儒學中還很少神秘主義的東西，而自從董仲舒用陰陽五行學說附會經義，蔓加解釋，提出「天人感應」的學說後，今文經學家便增加了迷信成份，另外選擇了一個談神說怪的孔子，把妖言妄語說成是孔子所謂書中固有的，稱為「緯書」或「秘經」，總稱「讖緯」，並將此看作「內學」，董仲舒《春秋繁露》裡就載有求雨的辦法。
今文經學與古文經學相對，而且是官學，為當時的統治階級所重視。許慎、賈逵等人，在當時都是有名的古文經學大師。班固的學生馬融注《孝經》、《論語》、《周易》、《三禮》、《尚書》，賈逵本人注《左傳》，使古文經學達到了完全成熟的程度。馬融的徒眾在當時達千餘人，像鄭玄、盧植等，都是他的學生，因而使當時的古文經學壓倒了今文經學。
當時的鄭玄，就是古文經學的大師。何休與鄭玄恰好同時。當時，何休是今文經學的集大成者，鄭玄是古文經學的集大成者。二人如同二水分流，各不相讓，各有千秋，各揚所長。何休的今文經學，就是在這種背景下發展成長起來的。因此，何休在今文經學方面的功績是巨大的。
何休作為一個大學問家，他精研古今諸經，前後花費了整整17年的功夫，以巨大的忍耐力和自信心寫成了《春秋公羊解詁》。在寫作這部著作時，他廢除了繁瑣和迷信為特點的章句之儒的俗學，仿古代《春秋》五十凡例，為公羊《春秋》制定了凡例。
他在《文謚例》中說：「新周，故宋，以《春秋》當新王，此一科三旨也。所見異詞，所聞異詞，所傳聞異詞，此二科六旨也。內其國而外諸夏，內諸夏而外四夷，此三科九旨也。」三科九旨以外，又有五始、七等、六輔、二類。依據這些凡例，公羊《春秋》才成為有條理的一種經學理論。從這個意義上說，繼董仲舒以後，何休是最大的公羊《春秋》學者，而且，他又是今文經學的集大成者。
在東漢時代，以鄭玄為代表的古文經學家和以何休為代表的今文經學家的派別之爭，似一種隱微的折光，今文經學反映出了統治階級內部一部分人在政治上的得勢，古文經學反映出一部分人企圖在政治上得勢。鬥爭的結果，古文經學推倒了今文經學，表現了不同政治勢力的彼此消長。當時在這一點上，何休是個失敗者。但從後世長遠影響來看，何休是成功的，董仲舒、何休的經學又被冠以董何之學，上承孔孟，下啟程朱，即先秦子學、漢唐經學、宋明理學一脈相承，是中國哲學、文化的主流，尤其影響了近代思想乃至政治。
個人著作
何休的著作，除了《春秋公羊解詁》外，又作《公羊墨守》、《左氏膏肓》及《谷梁廢疾》，以《左氏》及《谷梁》2傳，影響到後世。原作已佚，有清人王謨的輯本。
何休另撰有《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁廢疾》等。三書均佚，清人王謨的《漢魏遺書鈔》輯有各一卷。所謂「墨守」，言《公羊傳》義理深遠，不可駁難，就像墨子守城一樣。所謂「膏盲」、「廢疾」，則喻《左氏傳》和《谷梁傳》之疾不可為也。對此，鄭玄曾與他有過辯難。何休還注訓過《孝經》、《論語》等，對漢代史事亦頗有研究，「又以《春秋》駁漢事六百餘條，妙得《公羊》本意」(《後漢書·儒林列傳》)。