有人說，司馬遷寫《史記》，由於批評了漢武帝的窮兵黷武，所以惹惱了他，但是漢武帝又不能明裡阻止，所以就用除死刑外最殘酷的刑罰來懲罰他，打擊他的精神和意志，打擊他獨立進行歷史評判的價值追求。這是封建帝王的慣用術，不僅閹割肉體，而且閹割精神。
作為封建帝王，漢武帝有鉗制思想的動機，也有鉗制思想的劣跡，但是說他因此而閹割司馬遷，還是有些冤枉了他。
讓我們還是回到公元前99年，來回顧一下這件事的來龍去脈吧。這一年，李陵攻打匈奴戰敗的消息傳來，漢武帝極為鬱悶，責問大臣，陳步樂無奈自殺，公卿隨後都將戰敗的責任推到李陵身上。司馬遷不以為然。司馬遷不以為然，漢武帝應該是不知道的。司馬遷的地位不高，他也不敢主動發言，但是這個場合他在場，在伴君如伴虎的時代裡，這種情形也就是多了一份危險。
漢武帝突然點名讓他說說看法，是他不以為然的表情讓漢武帝有所洞察，還是僅僅一個偶然，這已經不能夠被復原了。總之，漢武帝讓司馬遷發言，而司馬遷也想發言，於是，他就慷慨陳詞起來，中心意思就是替李陵辯護。這一下子，突然，皇帝就惱了，認為他是在詆毀李廣利。李廣利是這次討伐的主力，而李陵不過是個協助。為什麼一涉及到李廣利，漢武帝就那樣敏感呢?因為這涉及到他的用人路線，李廣利是他的寵妃李夫人的哥哥，而他的用人路線是不允許被懷疑的。
皇帝發怒，這事就不太好辦了。皇帝也沒有直接就處置司馬遷，而是將他交給了廷尉審理，審理的最終結果是誣上。案情並不複雜，司馬遷被判死刑。但是司馬遷不想死，不能死，原因我們知道，這就是他在寫作《史記》，他在進行著中國文化史上的一樁偉業，因此，他想繼續活下去。然而，由於得罪了皇上，活下去的想法要實現也就很難。
在當時，基本有三種途徑可以免死。第一種途徑，祖上有功於國家，有先皇頒發的丹書鐵券，這時候拿出來，可以免死。比如蕭何的子孫曾經多次犯罪，就拿出了漢高祖發給蕭家的東西，得到了赦免。第二種途徑，家裡有錢，可以多捐，然後免死。這是漢武帝時期的特殊政策。由於對外戰爭消耗巨大，國家財政緊張，犯人交錢免罪成為一項增加財政收入的重要措施。第三種途徑，就是接受宮刑，可以代替死罪。但是這樣做，終生抬不起頭來，讓人覺得為了求生而自甘低賤。
司馬遷的祖上沒有功勞，家裡也沒有那麼多的錢，他只有第三條道路可走，就是接受宮刑，交出一個男人最重要的東西。
當然，這也需要膽量。因為，在當時的醫療條件下，宮刑的死亡率很高。在接受宮刑之後，司馬遷能不能存活下來，這個也是個未知數。但是他別無選擇，除非他放棄《史記》的寫作。
接受宮刑，又叫做下蠶室，也就是行刑後，要將受刑人像蠶一樣的養起來，以提高受刑人存活的機率。司馬遷就有幸活了下來。
於以宮刑免死的細節，司馬遷並不願意多說。但是他在著名的《報任安書》中其實是透露了實情的。他說：「假令仆伏法受誅，若九牛亡一毛，與螻蟻何以異?」由此，我們也就明白了他的那句非常有名的名言的語境。他說「人固有一死，死，或重於泰山，或輕於鴻毛。」他如果伏法受誅，其實就是輕於鴻毛，他不想這樣去死，即便受到世人的輕賤和非議也要活著。
司馬遷活下來的目的成功了，《史記》名傳千古，他又奪回了自己的話語權，儘管是在許多年以後。人們都說漢武帝以宮刑這種下作的手段懲罰他，而不願深究他當初甘受宮刑的痛苦選擇。
在這一點上，漢武帝確實受了冤枉。首先，具體的處罰措施並不是他確定的，而是廷尉審理的結果。其次，判的是死刑而不是宮刑。但是，他的這點冤枉如果與司馬遷的驚世奇冤相比根本就算不了什麼。
圍線此事的最可笑的一種看法是，漢武帝顧及歷史評價，不敢處死史官，只能對司馬遷進行羞辱。所謂不敢處死史官，無非是怕未來的輿論報應。
這種看法為什麼可笑呢，因為在《紅樓夢》中，王熙鳳曾說過一句話，她說，我是從來不信陰司報應的。一個大戶人家的管家奶奶都不怕的事，雄才大略的漢武帝會怕，那又怎麼可能呢?