柯爾克孜人對祖先的崇拜。這種習俗起源於其長期信仰薩滿教「靈魂不滅」的觀念。薩滿教認為，人死後靈魂脫離肉體，遊蕩於空間之中，一旦靈魂附體，人又可以復生。這種觀念導致了祖先崇拜。柯爾克孜人的祖先崇拜，首先表現在葬儀上。古代柯爾克孜人實行土葬，並有各種各樣的殉葬品。在葉尼塞河流域古柯爾克孜族人的墓葬中發現，死者的殉葬品中有牛、馬匹，還隨葬有各種生活用品。對祖先的崇拜還表現在對死者的祭典上。在祭典儀式上一般都要宰殺牛羊馬匹，為死者準備豐盛的食物。在《瑪納斯》的「闊克托依的祭典」一節中，描寫了哈薩克、柯爾克孜族人祭典最盛大的場面。
對祖先的崇拜往往也是對英雄的崇拜，崇拜的祖先大都是本民族的英雄。瑪納斯被柯爾克孜族人視為全民族的祖先，因而崇拜最集中的表現是對英雄瑪納斯的崇拜。不僅在《瑪納斯》和民間文學中是這樣，在現代生活中，直到今日，柯爾克孜族人依然將瑪納斯作為他們崇拜的對象，遇事依然祈求瑪納斯的庇護。人們在發誓時往往用「如果我違背諾言，讓瑪納斯的靈魂懲罰我，讓瑪納斯的墳墓懲罰我，讓瑪納斯的威力懲罰我」。這是將祖先崇拜與英雄崇拜緊緊地給合在一起了。
柯爾克孜族人的祖先崇拜晚於自然崇拜，這是隨著社會發展在意識上的一個重大轉變和進步。隨著祖先崇拜的出現，柯爾克孜人逐步認識了人的力量、人的作用、人的個性，逐步增強了人類戰勝自然、改造自然的信心和勇氣，逐步由自然主宰人類命運向人類自己主宰命運進化。這是認識觀念上的一次飛躍。
薩滿文化在柯爾克孜人生活中留下的種種痕跡，至今仍隨處可見。直至今日，即便是早已信仰伊斯蘭教的柯爾克孜人，依然認為「騰格裡」(蒼天)是至高至尊的，將「騰格裡」與「胡達」(真主)並論，遇事往往祈求「騰格裡」保佑等等。現在柯爾克孜人過傳統節日「諾肉孜」的全部活動，都是薩滿文化留下來的古習，即便在伊斯蘭教節日古爾邦節時跳的狂歡舞，依然是薩滿舞。在柯爾克孜族的民間文學作品中，到處可見薩滿文化的遺俗。薩滿文化在柯爾克孜英雄史詩《瑪納斯》中反映更是十分普遍。可以說，薩滿文化為柯爾克孜族文化打下了堅實的基礎，它對柯爾克孜人的影響是不可低估的。
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