自1840年鴉片戰爭以來，面對外國侵略者對新疆地區的蠶食鯨吞，柯爾克孜族人民與新疆各族人民一道，進行了保家衛國的英勇鬥爭。1856年沙俄入侵伊塞克湖地區，遭到柯爾克孜人民的堅決抵抗。1865年柯爾克孜族人民舉行了抗擊阿古柏匪幫入侵的武裝鬥爭。1877年在清軍收復失地的過程中，得到了柯爾克孜族人民的密切配合。1878年清朝軍隊收復失地後，西布魯特14個部落重申歸屬清朝，清政府委派千戶長、百戶長管理帕米爾高原地區，並增設了卡倫。柯爾克孜族牧民承擔了卡倫的稽查、偵探、修路等任務。1895年英俄兩國彼此勾結，背著中國政府私自瓜分了帕米爾地區，該地的柯爾克孜族與塔吉克族組織了「綏遠回隊」，為此做了不屈不撓的鬥爭。
1933年11月，受英帝國主義支持的民族分裂政權「東突厥斯坦伊斯蘭共和國」粉墨登場。與此同時，受蘇聯十月革命影響的柯爾克孜族先進分子伊斯哈克拜克，在烏恰山區組織柯爾克孜騎兵武裝進行反分裂鬥爭。1934年，這支武裝力量殲滅了逃入烏恰的「東突厥斯坦伊斯蘭共和國」的殘部。1937年後，伊斯哈克拜克率部進駐喀什，擔負著從喀喇崑崙到帕米爾高原一帶的邊卡駐防任務，維護了祖國的統一和邊境的安全。
1944年9月，新疆爆發了三區革命。1945年4月，伊斯哈克拜克擔任了三區民族軍總司令。在三區革命的影響下，1945年8月南疆爆發了蒲犁革命。柯爾克孜、塔吉克等族人民組織了武裝起義隊伍，建立了革命政權，有力地配合了三區革命。
1949年，柯爾克孜族人民與新疆各族人民一道迎來了新疆的和平解放。1954年，克孜勒蘇柯爾克孜自治州成立。半個世紀以來，柯爾克孜族人民在各個方面都取得了輝煌成績。
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