10世紀初期契丹興起。931年黠戛斯臣服契丹。947年契丹建遼，於黠戛斯地設「轄戛斯國王府」，委任黠戛斯首領為王府大王，同時派遼國官員進行控制。1125年女真建金，稱其為「紇裡迄斯」。
12世紀末、13世紀初成吉思汗一統蒙古而稱雄於世。1199年鐵木真征服了乞兒吉思，在葉尼塞河地區設謙謙州進行管轄。乞兒吉思除仍以遊牧的畜牧經濟為主外，農業、手工業也因蒙古汗國的屯田籌餉、移民設局等措施而得以發展。其實，乞兒吉思人仍主要分佈在葉尼塞河上游一帶，也有一部分遊牧在杭愛山與天山之間。
明朝時期漠兆蒙古瓦剌部興起，乞兒吉思不堪受其壓迫而大批西遷楚河、塔拉斯河地區。明末清初，留在葉尼塞河上游地區的乞兒吉思曾一度節制於喀爾喀蒙古札薩可圖汗，後隸屬於準噶爾蒙古。
17世紀初沙俄的勢力侵入葉尼塞河上游的乞兒吉思人的地區，遭到了乞兒吉思人的激烈反抗。1702年準噶爾策旺阿拉布坦汗為避免其屬民同沙俄繼續發生武裝衝突，派軍隊強令乞兒吉思人從葉尼塞河上游地區遷往天山伊塞克湖地區。其後，又有部分乞兒吉思人為擺脫準噶爾部的統治，分別遷至塔什干、費爾干納和帕米爾高原、喀喇崑崙山一帶。他們與原來遊牧在這些地區的操突厥語的牧民融合，逐漸成為現代柯爾克孜族。
清代稱柯爾克孜族為「布魯特」。天山以南的稱為西布魯特，天山以北的稱為東布魯特。清朝統一新疆前後，為維護祖國的統一，布魯特人做出了應有的貢獻。
1757年布魯特協助清政府平定了準噶爾貴族的叛亂，東布魯特歸附清朝;1759年在平定大小和卓之亂的過程中，布魯特希布察克部落的頭領阿奇木比曾率兵攻破大小和卓控制的喀什噶爾，起到了牽制作用。西布魯特歸附清朝。柯爾克孜族歸附清朝後，由清政府委任本民族首領統治，享有原地放牧不收土地稅、貿易稅率減少三分之一等優惠政策，使柯爾克孜族社會得以休養生息。
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