雕經
明神宗萬曆初年，紫柏至大雲寺參訪雲谷禪師，在場的法本法師談起袁了凡居士慨歎梵夾本大藏經，卷帙重多，不易流傳，希望改為方冊，俾使藏經得以廣為流通，紫柏當下贊同，發願作刻藏的旗鼓，同時撰「刻藏緣起」，陳說刻藏的利益，鼓勵募刻全藏，得到陸光祖、馮夢禎、曾同亨及瞿汝稷等人的熱心贊助。
紫柏命道開負責開雕方冊藏經事宜，法本協助參與刻藏工作，並於萬曆十四年，與道開東訪僻居東海牢山海印寺的德清大師，德清特由京城回訪，二人相見恨晚，暢談達旦。為刻藏之事，兩人曾多次出入京城竭力奔走，當慈聖皇太后得知刻藏之舉，本欲發內帑下令詔刻，紫柏卻不願接受，表示「宜令率土沾恩」，言明此事應讓全國民眾共同出資營辦，普沾法益。
方冊藏經的開雕，歷經多年辛苦籌備，終於在萬曆十七年創刻於山西五台山妙德庵，以明代北藏為基本，對校明代南藏，由紫柏門人如奇法師等主持。後因山中苦寒，不便刻經工作，再加以地處偏僻，材料運送十分費事，四年後即南移至浙江杭州徑山寂照庵續刻，故以「徑山藏」(明藏萬曆版)稱之。其後又在嘉興、金壇等處開刊。門人吳用先修復徑山下院化城寺，作為貯存經版之處，並施資刻經數百卷。後因各版皆在嘉興楞嚴寺印行，故又名為「嘉興藏」。
德清
萬曆二十年，紫柏五十歲，北遊房山雲居寺，朝禮隋代高僧靜琬和尚所刻石經，於石經山雷音洞佛座下得和尚所藏佛舍利三枚。慈聖皇太后得知紫柏已至京城，命近侍陳儒備辦齋供，供養僧伽黎。紫柏辭謝道：「自慚貧骨難披紫，施與高人福更增。」太后遂恭請佛陀舍利入宮供養三日，並賜內帑造大石函，將舍利重藏於石窟。
靜琬和尚刻石藏經處，像設擁蔽，石經薄蝕，而琬公塔院也早已被寺僧所賣，紫柏於是以太后所施齋銀將塔贖回。適巧德清來訪，二人便共往石經山禮讚，紫柏請德清為舍利的發現及琬公塔院的復興，撰寫<復涿州石經山琬公塔院記>及<涿州石經山雷音堀舍利記>，紫柏則撰寫<房山縣天開骨香庵記>。
其後，紫柏與德清兩人在都門西郊相對暢談四十晝夜，共議復修明朝《傳燈錄》，並相約前往曹溪，復興法脈。萬曆二十三年，紫柏在廬山等候德清一同前往曹溪時，卻獲知德清弘法致難的消息，於是獨自先行。紫柏行至京師，才知德清被謫戍雷州，便在江滸之地等待。時值嚴冬，兩人相見於下關旅泊庵，紫柏握著德清的手說：「公不生還，吾不有生日!」並發願為德清誦《法華經》百遍，祈求佛力加被。
蒙冤
明太祖的佛教政策，對於明朝的佛教發展起了決定性的影響。明太祖規定所有的僧侶分為禪、教、講三類，除了從事瑜珈事業的教僧之外，禪、講諸僧只能在叢林中專事於禪修與經教的研習，使得僧侶多被限制於山林之內，斷絕了與世俗之間的來往。這應該也是明中葉以前，歷史上極少有高僧住世之相關記載的主要原因。
這種嚴格的僧俗隔絕規定，也是在妖書事件發生時，真可被詢以「如何不在山中修行」的主要原因。這種「離群索居」、「經懺佛教」的佛教型態，與明太祖的佛教政策有著極大的關係。明成祖永樂因受僧人的幫助篡奪帝位，一改太祖對佛教嚴統的態度。成祖對佛教的尊崇，帶動了以後各朝的佛教發展。各朝的帝王，幾乎都好佛。由於帝王對於佛教的崇信，無論是在藏經的刻印，寺院的興建，都有很大的幫助。王室支持的態度，對於明末僧人佛教事業的推動有極正面的影響。如紫柏真可與憨山德清在復寺與刻經的事業上，就都得到曾慈聖皇太后的贊助。然而帝王的崇信佛教，對於教團的發展也絕非只是正面的影響。朝廷錯誤的宗教政策，使得僧團過度的發展，導致僧侶素質的低落，這也是造成明末佛門衰敗的最主要原因之一。
萬曆二十八年，朝廷徵收礦稅，宦官乘機擾民，南康知府吳寶秀拒不執行徵稅命令而被逮捕，夫人憤死。紫柏多方調護，授以毘捨浮佛偈予吳寶秀：「假借四大以為身，心本無生因境有;前境若無心亦無，罪福如幻起亦滅。」諄囑其誦十萬頌，當可出獄。紫柏憂心忡忡地感歎道：「老憨不歸，則我出世一大負;礦稅不止，則我救世一大負;《傳燈》未續，則我慧命一大負。」
紫柏慷慨激昂的言論，終於引起朝廷的側目，門下弟子與德清等人皆力勸他盡速離京。不久，謗言四起，忌者乘機誣陷他濫用公帑，乃朝廷內部傾軋，匿名「妖書」的造作人，紫柏遂蒙冤被捕下獄。
萬曆三十一年十二月，執政法司定罪論死，紫柏以世法如此，久住何為?即說偈云：「一笑由來別有因，那知大塊不容塵。從茲收拾娘生足，鐵橛花開不待春。」言畢，端坐安然而逝，世壽六十一，法臘四十一。遺骸浮葬於西郊慈慧寺外，後移龕至浙江餘杭徑山寂照庵，萬曆四十四年於開山前文殊台荼毘立塔。