古人本命觀念的蛻變，一再給十二生肖注入生機與活力。在圖騰動物崇拜的晚期，不知哪一天，古人忽然對自己生命的由來和命運的奧秘大徹大悟：原來如此！難怪這樣！於是，人們將圖騰動物崇拜性質的十二生肖，作為本命神靈供奉在廟堂之上，虔誠地頂禮膜拜。這種民間信仰至今猶存。在舊時的北京一帶，每年正月初八這一天是“順星節”，屆時人們成群結伙地來到道觀，去給“本命星君”燒香磕頭，祈求它們保佑自己或家人在一年中平安順利。“順星節”的祭拜儀軌，已經成為道教齋醮儀軌的重要內容。
人們對生肖本命神的信仰，導致了有關生肖的巫術。直到今天，那些身值本命年的人，仍會從正月初一開始，紮起紅腰帶，穿上紅背心、紅褲衩，或者戴上帶有生肖形象的玉珮、桃木雕之類，說是可以辟邪禳災，開運改運。台灣有一類以巫術為業的人，多為女性，稱為紅姨，經常用有關生肖的巫術替人們消災解厄。台灣20世紀50年代的《基隆縣志》記載：
愚昧的市民，以為人生病或遇災，是由於有妖魔鬼怪作祟。紅姨先問病人生肖，如子年肖鼠，寅年肖虎，各剪紙作鼠形或虎形，與桃枝或柳枝一起，用紙錢包好，用黃色解厄紙捲起來，藏在病人的床下。再依照紅姨指示的方向和地點把它們燒掉，這樣疾病和災難就會消滅了。
這類巫術在各原始民族普遍流行。居住於雲南境內的納西族，用十二生肖占病，通過對十二生肖之靈的祭送來治病。納西人認為，不同日時生病，是不同生肖的鬼靈作祟的緣故，必須選擇相應的時間和方位去祭送。比如羊日生病，是羊鬼來家裡找飯吃，祛除方法是給鬼獻飯和藥；鼠日生病，是鼠鬼作祟，必須到北方驅鬼。納西人的經典《東巴經;病因卜》還說：東方發白的屬兔時分生病，要用一尊面偶到太陽升起的方向去祭送；白天屬馬時分生病，要到南方去祭送；太陽偏西的屬猴時分生病，要到西南方向去祭送。
十二生肖還有一項重要的功能，即用於命運的預測和生活中的擇吉。1975年，湖北省雲夢縣睡虎地十一號秦墓出土了一批竹簡，這批竹簡中的《日書》甲種《盜者》章，內容是用十二生肖來占卜盜賊。《盜者》寫道：
子為鼠，偷盜者尖嘴巴，稀鬍鬚，善於捉弄，手是黑的，臉上也有黑色，瑕疵在耳部。藏在牆內的糞堆雜草中。名字中多用鼠、鼷、孔、午、郢字樣。
丑為牛，偷盜者大鼻子，長脖頸，前身闊大，背微駝，瑕疵在眼睛。……名字中多用徐、善、、以、未字樣。
寅為虎，偷盜者稀鬍鬚，臉上有黑色。身體不圓滿，有大的瑕疵在上臂。藏身在瓦器間，白天閉藏，夜晚於西方開啟。名字中多用虎、、、豹、申字樣。
據考證，《盜者》下葬於秦始皇三十年(公元前217年)，距今已經2200多年了，其中有關十二生肖的內容，在歷史上的系統記載中是最早的。這篇文獻是用來捕盜的，說明十二生肖很可能從一開始就與占卜活動有關。而且它的內容非常具體，涉及地支、屬相、偷盜者的體貌特徵、藏身地點和名字，似乎據以捕盜有十足的把握。
生肖算命術與擇吉術貫徹到了生活的各個方面。民間常常根據生肖來推論人的性格和命運，在婚喪嫁娶和合作交友中有許多生肖禁忌，還有本命年凶多吉少、生肖逢沖之年破財等說法，都屬於生肖算命術和擇吉術的範疇。在這些預測術中，生肖相當於八字算命術中的“日主”，是推斷吉凶禍福、選擇吉日良辰的依據。
把十二生肖用於算命和擇吉，同樣是各民族的普遍傳統。生活在四川涼山地區的彝族，就把十二獸歷與五行結合起來用於占卜吉凶。這部分彝族人認為，人的命運與木、火、土、鐵、水五種基本元素關係密切，都處於公母配合成的十種命運之中，即“木公”、“木母”、“火公”、“火母”、“土公”、“土母”、“鐵公”、“鐵母”、“水公”、“水母”。這十種命運是和諧的陰陽配屬，人只有與之和諧統一，才能得到天賦的命運。他們還將十種命運與十二生肖相配，以六十年週期來推算人的命運。這與漢族用陰陽五行、十干十二支、六十甲子來推算命運的做法，實際上並無不同。
納西族也用十二生肖占卜。他們有一種從遠祖一代代傳下來的神秘圖式，叫作“巴格圖”，上面有十二生肖、時間、方位、五行等內容，與漢族標有天干地支的八卦圖有相通之處。納西族居民凡有重要的事情，如人的生老病死、家庭的起房遷居、部落的祭祀等，都要依圖推算，以趨吉避凶。
無論作為巫術還是作為算命術、擇吉術，生肖文化既有很深的文化淵源，又有濃厚的神秘色彩和迷信色彩。科學與神學相兼，理性與迷信雜糅，生肖文化的複雜之處就在這裡