從歷史上看，達賴與班禪互為師徒，即在世的達賴/班禪是新任班禪/達賴的師傅。就班禪方面而言：一世班禪為一世達賴之師;四世班禪為四世、五世達賴之師;五世班禪為六世、七世達賴之師;六世班禪為八世達賴之師;七世班禪為九世、十世、十一世達賴之師;八世班禪為十三世達賴之師。就達賴方面而言：五世達賴為五世班禪之師;七世達賴為六世班禪之師;八世達賴為七世班禪之師;十三世達賴為九世班禪之師。
達賴轉世制度始自三世達賴，班禪轉世制度始自四世班禪。一世達賴根敦珠巴和一世班禪克珠傑同為藏傳佛教格魯派創始人宗喀巴的親傳弟子。作為師兄，克珠傑在宗喀巴去世後還曾指導過小師弟根敦珠巴的學業。他們師徒三人對黃教在藏區的興起和發展居功至偉，被藏民虔誠地稱為「師徒三尊」。在廣袤的雪域高原，「天上的太陽、月亮，地上的達賴、班禪」這一民諺深入人心。
或問：達賴和班禪究竟哪個大?究竟誰管誰?答曰：其宗教、政治地位是平等的，沒有高低上下之分。但傳統的說法認為，達賴是觀世音菩薩在人間的化身，班禪是阿彌陀佛(或其變身無量光佛)在人間的化身。阿彌陀佛是觀世音的師尊，因此班禪的宗教地位顯然更高一些。
十一世班禪
但據說阿彌陀佛行事超脫懶散，專心修行，把塵世間的一切都交給了弟子觀世音來打理，因此徒弟的知名度反而比師父還高。反觀達賴和班禪的為人處事也確實如此：班禪很少干預西藏的政治事務，即使歷代班禪中最有政治作為的羅桑曲結，也曾放棄代替當時被禁止轉世的達賴擔任黃教教主這樣一個唾手可得的機會。康雍乾時期，蒙古準噶爾部佔領了西藏，朝廷屢次出兵進剿。
平定准部後，鑒於達賴權勢過熾，尾大不掉，清政府遂有意將西藏一分為二，交由達賴、班禪分頭治理，以便互相牽制，但卻被五世班禪婉言謝絕。在清廷固請之下，他最後只答應接受後藏的拉孜、昂仁、彭措林三宗做為領地。明清以來，達賴一直統領全局，是事實上的西藏之主;而班禪則遠離塵世，影響力主要在後藏地區，聲望明顯不如前者。達賴的駐錫之地在拉薩布達拉宮，而班禪則偏安一隅，下榻日喀則的扎什倫布寺。達賴領有十分之九的人口，班禪僅僅控制著十分之一。
另外，有清一代黃教四大活佛並立：達賴主前藏、班禪主後藏、章嘉主內蒙、哲布尊丹巴主外蒙。他們各自的的政治地位大致相當，轉世靈童都須經朝廷金瓶掣簽來最後裁定。
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