劉裕是南朝劉宋開國皇帝，他的做法比較奇特，不像曹操那樣挾天子以令諸侯，曹丕稱帝后對待沒落的漢室子孫依舊是高規格。而司馬懿篡奪曹魏政權後，子孫後代對待曹氏也算是仁義為主，然而到了劉裕，他登上皇位之後，直接將司馬家族趕盡殺絕，作為一個皇帝，這樣的做法自然是有失民心，那麼劉裕為何還要這樣做?
司馬家的皇族原本是司馬師這一系流傳，可是司馬師無子，死後傳給司馬昭，司馬昭有九個兒子，但大多早亡，只有長子司馬炎和次子司馬攸活得長些，司馬昭的長子司馬炎開創晉朝，司馬炎更是不得了，他生了18個兒子，除了8個早夭外，還有10個兒子。司馬炎死後，傳位給傻子兒子司馬衷，由此引發賈後亂政和八王之亂，也是西晉走向滅亡的開始，西晉一共4位皇帝，分別是晉武帝司馬炎、晉惠帝司馬衷、晉懷帝司馬熾、晉愍帝司馬鄴，西晉一共存在了51年就滅亡了。
高平陵事件後，司馬家族誅殺了曹爽一族，控制了朝政。司馬師接掌家族以後，更是多番凌辱曹家孤兒寡母，先後廢掉了曹芳、殺掉了曹髦。這樣一個大張旗鼓無恥篡位的家族，早就被天下人所不齒了。再者司馬家族建立晉朝以後，一事無成也就算了，還引發了八王之亂、五胡亂華這樣禍害百姓的戰事。俗話講得民心者得天下，劉裕屠殺司馬家族也許是因為司馬家族不得人心。
劉裕繼位後，也下令屠殺劉宋境內的東晉皇族。原因在於東晉時期的政治格局為皇室與士族門閥共治天下，因此造成了皇權不振，國內政治鬥爭不斷。為了穩定劉宋的江山，劉裕大肆任用寒門子弟掌政，以此消除士族門閥對皇權的影響。在劉裕改朝換代的路上，劉裕依靠皇帝的名義提升寒門子弟的政治地位。然而當劉裕篡位成君後，擺在自己面前最大的士族門閥就變成了皇族司馬氏，因此司馬氏成為劉宋政權內最不安定的因素。況且劉裕篡位時已經年邁，太子劉義符年幼，所以劉裕最需要的就是消滅司馬氏。