有種說法認為九天玄女由「天女魃」衍化而來。《山海經·大荒北經》曰：「有人衣青衣，名曰黃帝女魃。蚩尤作兵伐黃帝，黃帝乃令應龍攻之冀州之野。應龍蓄水。蚩尤請風伯、雨師縱大風雨。黃帝乃下天女魃，雨止，遂殺蚩尤。」這個天女魃是由黃帝請下來的。專門對付蚩尤所請的風伯、雨師。原來大約屬於早期女魃神，後來就變成了人身鳥首的玄女。
據《雲笈七簽》和《墉城集仙錄》記載：神農是一位有功於華夏民族的古帝王，但至其孫子榆治世時國政就連連失道，諸侯相互侵吞，戰火不斷。強盛者各據城邑，自僭五行而自為帝號者有太昊後裔青帝，神農後裔赤帝，共工氏後裔白帝，葛天氏後裔黑帝，有熊氏部落首領黃帝。到了蚩尤時，不效先人之德，以安民心，反而依恃銅首鐵臂，興兵作亂，侵吞各邦，人民深受其害。蚩尤長相令人十分可怕，一般認為是「獸身人語，銅頭鐵額，食沙石子」，或曰：「牛蹄，四目六手，耳鬢如劊戟，頭有角。」
時黃帝即位二十二年，禮賢下士，修身積德。為了拯救人民，奮起討伐蚩尤，大戰於涿鹿之野。但蚩尤憑借妖術，黃帝雖得風後和力牧二聖賢幫助，但仍九戰而不勝。於是黃帝虔誠祈禱於泰山，終使西王母深受感動。西王母遣使先授真符給黃帝佩戴，再命玄女降臨，傳授三宮五意，陰陽之略，太乙遁甲、六壬步斗之術，陰符之機，靈寶五符五勝之文，以及兵符印劍。且為黃帝製造夔牛鼓八十面，遂使黃帝與蚩尤決戰勝利而平定四方。故唐朝文學家王勃《乾元殿頌》說：「帝座聞鼙，玄女薦龍庭之策。」至此玄女已完全脫離了動物的痕跡，成為了一位扶助應命英雄的上界女仙。
春秋時，吳王無道，玉帝遣玄女降臨凡間助越亡吳。玄女化身為南山處女，受聘越國為國師，教練六千君子軍。在吳越戰爭中，六千猛士所向披靡，但南山處女功成身退，不知所終。越王統治江東後，思念玄女前功，遣使尋訪，毫無蹤跡，即建仙女祠於南山之上，歲時祭祀。是時玄女游雲夢之地，見山中有白雲洞，仙氣締繞，遂往暫息。洞中白猿化身為袁公，向玄女虔恭朝拜，終日摘花獻果，加以供奉，玄女見他小心謹慎，修持養道，遂盡傳劍術予他。功成攜白猿同上天庭朝見天顏，玉帝見之甚喜，封袁公為白雲洞君，敕他掌九天秘書。
據《隋書》記載，玄女曾向黃帝解答男女俯仰升降盈虛之術，表明玄女還是頗精養生之道的女仙。