這其實已經失傳了，古代失傳的東西一直很多，二郎神為什麼會有三隻眼，其實上已經無從可知，不過大家都知道功能，天眼，就像上天的眼睛一般，邪惡無法可逃。不過二郎神並不是神話裡有天眼的，比如，馬王爺也有。
在中國歷史上，三隻眼其實也有深刻的文化內涵。在道教中，天眼其實是天神之眼;在佛教中，天眼也是五眼之一;文學用語中天眼在古人時有日、月乃天之眼睛之說。它指天神之眼，歸屬道教。《兒女英雄傳》第二四回：玉帝天眼一看，果然便向那人道：「似你這等的功行，便是我這裡也無天條可引。」
氐族之神 開天眼習俗
天眼是二郎神的標誌，也稱天目。在民間，關於二郎神天眼由來的傳說非常多，有一種說法是二郎神乃氐族之神。
氐族先民最早生活在我國西北部，一直保持有「黥(黥)額為天」的習俗，即用刀在額上刻上痕跡，然後在傷口塗上墨，使長入肉中，形成永久的痕跡，看上去像一個豎起來的眼睛，即所謂「天眼」——這就是二郎神有三隻眼的來歷。
東漢以還，氐人由今隴南擴散到川北、西康，這一帶不僅二郎神的廟很多，以「二郎」名山者也很多，最著名的便是西康的二郎山。
《邛崍縣志》卷三記「蜀中古廟多藍面神像……頭上額中有縱目」，反映了氐人宗教的遺存。唐以後，氐人逐漸融合於漢族和藏族，氐族的三目祖先神即二郎神也隨之成了大一統中華民族神仙世界中的成員。
佛教五眼之一 透視四面八方
此外，天眼也是佛教所說五眼之一。又稱天趣眼，能透視六道、遠近、上下、前後、內外及未來等。
《大智度論》卷五：「於眼，得色界四大造清淨色，是名天眼。天眼所見，自地及下地六道中眾生諸物，若近，若遠，若粗，若細，諸色無不能照。」南朝徐陵《東陽雙林寺傅大士碑》：「大士天眼所照，預睹未來。」唐代王維《夏日過青龍寺謁操禪師》詩：「山河天眼裡，世界法身中。」
馬王爺三隻眼 或是親戚關係
馬王爺即馬神，一般俗稱馬王爺，全名叫「水草馬明王」。道教的神明，全稱「靈官馬元帥」。是中國民間信奉的神仙之一。傳說長有三隻眼，又稱「三眼靈光」、「三眼靈曜」。在中國民間關於馬王爺傳說很多。據說，馬王爺的現實原型是漢武帝時候的大臣、匈奴王子金日磾。
雖然金日磾是兩眼，後來成為神後就有了「三隻眼」了。那第三隻眼還是魯班的呢。河北有個傳說，張果老、後周的柴王爺和趙匡胤，三個分別挑著太陽、月亮和幾座大山，走過才造好的趙州橋;當時壓得橋搖搖欲倒，魯班只好自己下去托著，總算抗住了。魯班痛心自己的技術不夠精，就自挖一目，作為懲罰。他的眼睛正好扔到馬王爺的前面，就撿起來給自己安上了。
關於是不是與二郎神有無親戚關係，已經不得而知。但還有就是馬王爺也有叫「華光」的，二郎的外甥「沉香」劈山救母，那華光也「劈過山」，人們把華光與沉香兩人弄混了。