自漢朝以來，九州合一、四海一統。漢廷輕徭薄賦、剪除藩國、王霸雜用、權歸中央。政治局勢趨於平靜，則思想控制應運而生。春秋諸子百家，各執一詞，諸侯林立、擇適而從，故思想多元、百家爭鳴，然其於國家，亦有淆亂民心、扇竟異端之效。故漢至武帝，已臻郅治，必然消除眾說，定於一尊。董仲舒因時擇世，倡言一統，其登上歷史舞台，乃所謂時勢造英雄也。
漢武以來，罷黜百家、獨尊儒術，儒生之學，非僅為通經致用，更有立身士林，廁於廟堂，貴顯身價、光耀本族之功效。故門派森嚴、家法林立，各執己見，以為奇貨。時人諺語曰：「黃金滿盈，不如遺子一經。」則此狀真實寫照。沿及東漢，昔日經生博士，頗有歷輩為官，盤根朝野，數世公台，享有盛名者。故儒生亦以朝局為己任，糾弊刺邪，諷諫不法。何休受辟陳蕃，得罪黨禍，錮弊之際，著書立說，流傳後世，乃所謂有感而發也。
漢家定儒術獨尊，董仲舒所倡實乃《春秋公羊傳》一支，之後綿延不絕、瓜蔓相尋，遂留變為今文經學派。其授受線索、清晰可循，何休作《春秋公羊解詁》，亦承繼此風，一脈相傳。董、何二人，皆我國經學史巨擘，其說流被後世、影響極廣。二者雖懸隔兩代、相差百年，但所發明、所闡述，既有因循，又有發覆，欲明經學，便須精研詳查，知二人之同異。
二者所同
發揚今文，所重公羊
經學之成經學，在於數代儒生前仆後繼，發揚闡述。而五經肇始，傳授各異，門派之鱉源此而生。董仲舒即春秋學之初傳者。《史記》載：「及今上即位，趙綰、王臧之屬明儒學，而上亦鄉之，於是招方正賢良文學之士。自是之後，言詩於魯則申培公，於齊則轅固生，於燕則韓太傅。言尚書自濟南伏生。言禮自魯高堂生。言易自菑川田生。言春秋於齊魯自胡毋生，於趙自董仲舒。」其所傳，即春秋公羊傳。「公孫弘治春秋不如董仲舒，而弘希世用事，位至公卿。董仲舒以弘為從諛。弘疾之，乃言上曰：「獨董仲舒可使相繆西王。」膠西王素聞董仲舒有行，亦善待之。董仲舒恐久獲罪，疾免居家。至卒，終不治產業，以修學著書為事。故漢興至於五世之間，唯董仲舒名為明於春秋，其傳公羊氏也。」公孫弘白衣而起，治學以至公卿，尚不及董仲舒精熟。而董仲舒興滅繼絕，休學著書，篳路藍縷，以啟山林，春秋公羊學由此而生。
何休精研六經，尤好公羊，「時任城何休好《公羊》學，遂著 《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《榖梁廢疾》。」《公羊墨守》者，謂公羊傳如墨翟之善守，結構嚴整、固若金湯，外來攻擊難以撼動。而左傳猶病入膏肓，難以醫治，榖梁如廢疾已久，不可再用。其推崇公羊，可見一斑。其著作散佚已久，《四庫全書總目》僅存《春秋公羊解詁》，何休畢生治學心血，盡在此書。
其自序云：「至使賈逵緣隙奮筆，以為《公羊》可奪，《左氏》可興。恨先師觀聽不決，多隨二創。此世之餘事，斯豈非守文、持論、敗績、失據之過哉!余竊悲之久矣。往者略依胡毌生《條例》，故遂隱括使就繩墨」彼時今文經學瀕於式微，古文經學臻於極盛。馬融、鄭玄、許慎等人相繼而起，大有取而代之、重整綱維之意。何休獨立支撐，完成此著，今文經學不至土崩瓦解，何休與今文之功可謂大矣。其與董仲舒，首尾呼應、前後相照。觀其二人，自可見今文經學由無到有、自盛而衰之發展軌跡。
倡言一統，維護漢廷
《春秋公羊傳》開篇則曰：「元年春王正月。元年者何?君之始年也。春者何?歲之始也。王者孰謂?謂文王也。曷為先言王而後言正月?王正月也。何言乎王正月?據定公有王無正月，大一統也。」何休注大一統曰：「統者，始也，總系之辭。夫王者，始受命改制，布政施教於天下，自公侯至於庶人，自山川至於草木昆蟲，莫不一一繫於正月，故雲政教之始。」
公羊春秋，開宗明義，後世學人，奉為圭臬。董仲舒元光對策，三策知名，其所悉心籌劃、克盡全功者，唯在漢家正朔，不可撼動，故此於大一統，仲舒視之為萬世基石，堅不可摧，是以罷黜百家、獨尊儒術，皆出於一統之需：「《春秋》大一統者，天地之常經，古今之通誼也。今師異道，人異論，百家殊方，指意不同，是以上亡以持一統;法制數變，下不知所守。臣愚以為諸不在六藝之科孔子之術者，皆絕其道，勿使並進。邪辟之說滅息，然後統紀可一而法度可明，民知所從矣。」
何休生當末世，朝政凌遲，外企閹宦，交替專權。正人君子不得列於朝堂，佞幸小人悉數竊據高位。故其借古諷今，冀復君臣之道以清明;借經言事，企書心中憤懣於筆端。是以其注公羊，極言君王之權，痛斥不臣僭妄。其注「文公即位」云：「即位者，一國之始，政莫大於正始，故《春秋》以元之氣，正天之端;以天之端，正王之政;以王之政，正諸侯之即位;以諸侯之即位，正竟內之治。諸侯不上奉王之政，則不得即位，故先言正月，而後言即位。政不由王出，則不得為政，故先言王，而後言正月也。王者不承天以制號令，則無法，故先言春，而後言王。天不深正其元，則不能成其化，故先言元，而後言春。五者同日並見，相須成體，乃天人之大本，萬物之所繫，不可不察也」
通經致用，不為腐儒
漢世崇儒，在於利祿，高官顯爵，通經得作。人挾一經，以為重寶，修習揣摩，視之秘術。故門派林立、不相往來，久而久之，流弊愈熾。致使舞文弄墨、極盡刻碎之能事，穿鑿附會，曲解經傳之本意。孔子曾云：「女為君子儒，無為小人儒」。小人儒者，即上述之類，而君子大儒，心懷家國，放眼天下，通經致用，不泥章句。《論語》謂：「誦詩三百，授之以政，不達;使於四方，不能專對，雖多，亦奚以為?」可治春秋大儒，習經在於能用，非埋首書齋，皓首窮經也。
董仲舒身當朝職，以為學通春秋，自當致用，史載「仲舒治國，以《春秋》災異之變推陰陽所以錯行，故求雨，閉諸陽，縱諸陰，其止雨反是;行之一國，未嘗不得所欲。中廢為中大夫。先是遼東高廟、長陵高園殿災，仲舒居家推說其意，草稿未上，主父偃候仲舒，私見，嫉之，竊其書而奏焉。上召視諸儒，仲舒弟子呂步舒不知其師書，以為大愚。於是下仲舒吏，當死，詔赦之，仲舒遂不敢復言災異。」而其所為，更開漢朝以春秋斷獄之例。以今人眼光，此事不免虛妄，然取法陰陽，施之當世，彼時看來，自有可取之處。
何休受禍黨錮，不得位列朝班，但其思想，須臾未離當世。其注「末不亦樂乎堯、舜之知君子也?」謂「末不亦樂後有聖漢，受命而王，德如堯、舜之知孔子為製作。」徐彥疏云「孔子之道，既與堯、舜雅合，故得與堯、舜相對為首末，然則指孔子言不亦也。堯、舜之時，預知有己而制道術，預知有己而為君子而慕之，已亦預制《春秋》授劉帝，是孔子亦愛慕堯、舜之知君子而效之。」注「制《春秋》之義以俟後聖」更直書「待聖漢之王以為法。」足見其身在江湖，心憂天下。
漢承正朔，三統歸一
統者，漢儒以為施政之秩序，天明之所歸也。三統者，黑、白、赤，分別以象天、地、人。乃上古三代夏、商、周所承。董仲舒釋之為：
「春秋曰：「王正月。」傳曰：「王者庸謂?謂文王也。曷為先言王而後言正月?王正月也。何以謂之王正月?曰：王者必受命而後王，王者必改正朔，易服色，制禮樂，一統於天下，所以明易姓非繼人，通以己受之於天也。……故湯受命而王，應天變夏，作殷號，時正白統，親夏、故虞，絀唐，謂之帝堯，以神農為赤帝，作宮邑於下洛之陽，名相官曰尹，作濩樂、制質禮以奉天。文王受命而王，應天變殷，作周號，時正赤統，親殷、故夏，絀虞，謂之帝舜，以軒轅為黃帝，推神農以為九皇，作宮邑於豐，名相官曰宰，作武樂、制文禮以奉天。武王受命，作宮邑於鄗，制爵五等，作象樂，繼文以奉天。周公輔成王受命，作宮邑於洛陽，成文武之制，作汋樂以奉天。殷湯之後稱邑，示天之變反命，故天子命無常，唯命是德慶。故春秋應天作新王之事，時正黑統，王魯，尚黑，絀夏、親周、故宋，樂宜親招武，故以虞錄親，樂制宜商，合伯子男為一等。」
何休釋之為：「『三年，春，王二月。』二月三月皆有王者，二月，殷之正月也;三月，夏之正月也。王者存二王之後，使統其正朔，服其服色，行其禮樂，所以尊先聖，通三統，師法之義，恭讓之禮，於是可得而觀之。」[15]又，「王者受命，必徙居處，改正朔，易服色，殊徽號，變犧牲，異器械，明受之於天，不受之於人。夏以斗建寅之月為正，平旦為朔，法物見，色尚黑;殷以斗建丑之月為正，雞鳴為朔，法物牙，色尚白;周以斗建子之月為正，夜半為朔，法物萌，色尚赤。」徐彥疏「《書傳略說》云：「周以至動，殷以萌，夏以牙」，注云「謂三王之正也。至動，冬日至物始動也。物有三變，故正色有三;天有三生三死，故土有三王，生特一生死，是故周人以日至為正，殷人以日至三十日為正，夏以日至六十日為正。是故三統三王，若循連環，周則又始，窮則反本」是也。」
徐彥疏解三統之說，認為週而復始，循環輪替。如陰陽五行、相生相剋。實則三統之別，在於得天命不同，天時、地利、人和之別。三者互為關切，各有通聯。所異唯在時歷、服色、輿馬、儀仗，故何休言「明受之於天，不受之於人。」故三者決非輪替可知。要之，董、何皆以商夏相代、湯武革命，非諸侯兵亂、弒主篡位。而為天命有異，時運歸之。絕不可與亂臣賊子同日而語。如此則知受於天、受於人根本之別在於斯。二人眼中：漢家天下，運數有自，興隆旺盛，不減上古。則重建正朔，三統歸一，自然之理。倘三統互為輪替，絕無關聯，言漢家承襲一統即可，又何來通三統之說?三統說肇建，根本目的為宣揚漢德大道，融合三世，上古聖王，難以匹敵。此通三統之真諦矣。
二者所異
綜述
二者所異，根本為關注點、出發點不同。董仲舒致畢生之力，在於明晰天人關係，洞達天命所歸。故其構建天人感應、天道相應學說。由之推演三綱五常、天不變，道亦不變，通明三統等重要思想。以今日學科論，其所涉足，多為哲學層面。何休耗一世之功，在於古為今用，故推衍春秋，有「張三世」、「三科九旨」之說。以今日學科論，其所關注，偏重於政治、社會學。下詳分析：
董仲舒：天人感應說
董仲舒所謂天人之道，重在天與人之對應關係，認為人有作為，則天有感應。《易》所謂「天垂象、見吉凶」。斯之謂也。故其舉例曰：
「桀紂皆聖王之後，驕溢妄行，侈宮室，廣苑囿，窮五采之變，極飭材之工，困野獸之足，竭山澤之利，食類惡之獸，奪民財食，高雕文刻鏤之觀，盡金玉骨象之工，盛羽旄之飾，窮白黑之變，深刑妄殺以陵下，聽鄭衛之音，充傾宮之志，靈虎兕文采之獸，以希見之意，賞佞賜讒，以糟為邱，以酒為池，孤貧不養，殺聖賢而剖其心，生燔人，聞其臭，剔孕婦，見其化，斮朝涉之足，察其拇，殺梅伯以為醢，刑鬼侯之女，取其環。誅求無已，天下空虛，群臣畏恐，莫敢盡忠，紂愈自賢，周發兵，不期會於孟津者，八百諸侯，共誅紂，大亡天下，春秋以為戒，曰蒲社災。周衰，天子微弱，諸侯力政，大夫專國，士專邑，不能行度製法文之禮，諸侯背叛，莫修貢聘，奉獻天子，臣弒其君，子弒其父，孽殺其宗，不能統理，更相伐銼以廣地，以強相脅，不能制屬，強奄弱，眾暴寡，富使貧，並兼無已，臣下上僭，不能禁止，日為之食，星霣如雨，雨螽，沙鹿崩，夏大雨水，冬大雨雪，霣石於宋五，六鷁退飛，霣霜不殺草，李梅實，正月不雨，至於秋七月，地震，梁山崩，壅河，三日不流，畫晦，彗星見於東方，孛於大辰，鸛鵒來巢，春秋異之，以此見悖亂之征。孔子明得失，差貴賤，反王道之本，譏天王以致太平，刺惡譏微，不遺小大，善無細而不舉，惡無細而不去，進善誅惡，絕諸本而已矣。」
董仲舒以為，災異之興，乃天怒，天怒必有人怨，天子有失德之處，朝政有不明之象。故其天人之「人」，首重天子。天子上承天命，下掌民情。其治天下之法統原出於天。故「天不變，道亦不變」，亦即指明天命不變，則天子之統緒不可變。然《書》云：「天命無親，惟德是輔。」若天子無道，天以災異示警，倘其怙惡不悛、我行我素，天命改弦，人世更張。故可明其所謂「道」，非指天子之統，而指天命之統。天子之統建諸天命有歸，此道萬古恆常，雖三代更替，無非「革命」而已，決非道變。所謂神道設教，蓋指此類。故其云：
「臣聞夫樂而不亂復而不厭者謂之道;道者萬世之弊，弊者道之失也。先王之道必有偏而不起之處，故政有眊而不行，舉其偏者以補其弊而已矣。三王之道所祖不同，非其相反，將以救溢扶衰，所遭之變然也。故孔子曰：「亡為而治者，其舜乎!」改正朔，易服色，以順天命而已;其餘盡循堯道，何更為哉!故王者有改制之名，亡變道之實。然夏上忠，殷上敬，周上文者，所繼之救，當用此也。孔子曰：「殷因於夏禮，所損益可知也;周因於殷禮，所損益可知也;其或繼周者，雖百世可知也。」此言百王之用，以此三者矣。夏因於虞，而獨不言所損益者，其道如一而所上同也。道之大原出於天，天不變，道亦不變，是以禹繼舜，舜繼堯，三聖相受而守一道，亡救弊之政也，故不言其所損益也。繇是觀之，繼治世者其道同，繼亂世者其道變。今漢繼大亂之後，若宜少損周之文致，用夏之忠者。」
大一統說：
其大一統之說，亦本於天道觀。漢初重視黃老，崇尚無為，以老子《道德經》為思想本源。《道德經》有云：「道生一，一生二，二生三，三生萬物。」認為一元之始，萬象之新。《春秋繁露》言：「謂一元者，大始也。知元年志者，大人之所重，小人之所輕。是故治國之端在正名，名之正，興五世，五傳之外，美惡乃形，可謂得其真矣，非子路之所能見。惟聖人能屬萬物於一，而系之元也，終不及本所從來而承之，不能遂其功。是以春秋變一謂之元，元猶原也，其義以隨天地終始也。」其思想本源，於此恐有借鑒之處。
又言：「臣謹案《春秋》謂一元之意，一者萬物之所從始也，元者辭之所謂大也。謂一為元者，視大始而欲正本也。《春秋》深探其本，而反自貴者始。故為人君者，正心以正朝廷，正朝廷以正百官，正百官以正萬民，正萬民以正四方。四方正，遠近莫敢不壹於正，而亡有邪氣奸其間者。是以陰陽調而風雨時，群生和而萬民殖，五穀孰而草木茂，天地之間被潤澤而大豐美，四海之內聞盛德而皆徠臣，諸福之物，可致之祥，莫不畢至，而王道終矣。」
謂王者施政，以自身論，當正心為先，漸次以正萬民，如此方可政通人和。以天道論，天以一為嚆矢，萬物由此而生，故君王當秉承天意，符合天理，自始而起。始正則本正，本正則不離天道。天道不移，天子不廢，天子不廢，漢廷永存。而其借春秋言君王應行之大道曰：
「春秋之道，奉天而法古。是故雖有巧手，弗修規矩，不能正方圓;雖有察耳，不吹六律，不能定五音;雖有知心，不覽先王，不能平天下;然則先王之遺道，亦天下之規矩六律已!故聖者法天，賢者法聖，此其大數也;得大數而治，失大數而亂，此治亂之分也;所聞天下無二道，故聖人異治同理也，古今通達，故先賢傳其法於後世也。」
君王若能及此，為法天行道，天數在斯。由是上追三世，遠溯萬古。返璞歸真，重回直道。道家者言：天地初判之時，惟道獨存。渾然如一，未加剖判。故上古郅治，以一統為合乎天數之理。
借道興孔，乃學說有異，門派不同。不妨其匯流百川，以為己用。其思想體系之中堅，在於「天」之構建。而天人感應、大一統等順理成章、演繹而出。隨時政不同，各取所需。然其學說所重，在於哲學，可了然無疑義也。
三科九旨
三科九旨，為何休詮釋《公羊傳》之根本法則。徐彥疏：「何氏之意，以為三科九旨正是一物，若總言之，謂之三科，科者，段也;若析而言之，謂之九旨，旨者，意也。言三個科段之內，有此九種之意。故何氏作《文謚例》云「三科九旨者，新周故宋，以《春秋》當新王」，此一科三旨也;又云「所見異辭，所聞異辭，所傳聞異辭」，二科六旨也;又「內其國而外諸夏，內諸夏而外夷狄」，是三科九旨也。」
其三科者，所關注點各有不同。一科三旨，在於正時歷，據正朔。以今文家言，孔子身居魯國，見亂臣賊子而作春秋。魯國，西周姬姓之後，受封公爵，承周之朔。故孔子據魯、新周。宋為微子封國，乃殷之後。湯武革命，殷商已為故跡，故有「故宋」之說。而何休之世，圖讖大行，緯書倍出。今文經學家據之而言，引《春秋緯·演孔圖》，放言孔子之母，受孕黑龍，孔子其人，黑帝之後。時運不濟，不得為王，隱居著書，微言大義。其言辭足以為後世法，其德行足以為百代師。故漢儒視之，猶如天子。比之以文王，號之以「素封」。孔子「素王」之說，興起於此。何休秉承舊例，發揚學說，故一科第三旨謂孔子以春秋當新王，狂妄之說，卻見一科正朔之意。
二科三旨，在於明倫理，知大義。其言本出《公羊傳》之《隱公元年》，董仲舒已有發明，云：
「春秋分十二世以為三等：有見、有聞、有傳聞。有見三世，有聞四世，有傳聞五世。故哀、定、昭，君子之所見也，襄、成、文、宣，君子之所聞也，僖、閔、莊、桓、隱，君子之所傳聞也。所見六十一年，所聞八十五年，所傳聞九十六年。於所見，微其辭，於所聞，痛其禍，於傳聞，殺其恩，與情俱也。」
董仲舒之說，尚止於斷代考實，微言大義，所言失之簡略，難見三者究系何別。及至何休注之，旁徵博引，細稽詳核，更易知之。其云：
「所見者，謂昭、定、哀、已與父時事也。所聞者，謂文、宣、成、襄，王父時事也;所傳聞者，謂隱、桓、莊、閔、僖，高祖曾祖時事也。異辭者，見恩有厚薄，義有深淺，時恩衰義缺，將將以理人倫，序人類，因制治亂之法，故於所見之世，恩巳與父之臣尤深，大夫卒，有罪無罪，皆日錄之，「丙申，季孫隱如卒」是也。於所聞之世，王父之臣恩少殺，大夫卒，無罪者日錄，有罪者不日略之，「叔孫得臣卒」是也。於所傳聞之世，高祖曾祖之臣恩淺，大夫卒，有罪無罪皆不日略之也，公子益師、無駭卒是也。於所傳聞之世，見治起於衰亂之中，用心尚粗觕，故內其國而外諸夏，先詳內而後治外，錄大略小，內小惡書，外小惡不書，大國有大夫，小國略稱人，內離會書，外離會不書是也。於所聞之世，見治昇平，內諸夏而外夷狄，書外離會，小國有大夫，宣十一年「秋，晉侯會狄於攢函」，襄二十三年「邾婁劓我來奔」是也。至所見之世，著治大平，夷狄進至於爵，天下遠近小大若一，用心尤深而詳，故崇仁義，譏二名，晉魏曼多、仲孫何忌是也。所以三世者，禮為父母三年，為祖父母期，為曾祖父母齊衰三月，立愛自親始，故《春秋》據哀錄隱，上治祖禰。所以二百四十二年者，取法十二公，天數備足，著治法式，又因周道始壞絕於惠、隱之際。主所以卒大夫者，明君當隱痛之也。君敬臣則臣自重，君愛臣則臣自盡。公子者，氏也。益師者，名也。諸侯之子稱公子，公子之子稱公孫。」
古儒謂春秋大義，在於一字褒貶，故無法則，難以明晰。何休言及人倫、禮法、書法、制度，博觀約取，厚積勃發。詳分三者之別，流布後世，為公羊家不易之例。
三科九旨，在於夷夏防、名分具。原文見於《成公十五年》，何休注曰：
「內其國者，假魯以為京師也。諸夏，外士諸侯也。謂之夏者，大總下土言之辭也。不殊楚者，楚始見所傳聞世，尚外諸夏，未得殊也。至於所聞世可得殊，又卓然有君子之行。吳似夷狄差醇，而適見於可殊之時，故獨殊吳。」
今文學家既以孔子為素王，則王者之制，必不可少。孔子生而居魯，魯乃孔子之根本。外土皆為諸侯封地，除宋為殷後，其爵為公，餘者皆難同日而語。楚地僻遠，殊離中土，楚子僭越，自立為王。吳地險阻，異域殊方，亦不為中原大國所認同。故何休之言，以孔子為受命於天，謂天下君王皆需師法孔子，立道率教。言行尋孔子之道者，則為諸夏所納，索隱行怪者，則為中原不齒。如此作為則名正，名正則言順，言順則事成。
總此三科九旨，即為何休中心思想，其實孔子為萬世之表率，不獨道德，亦且政治。董仲舒所言，重思辨、重體系，重推演，何休所倡，重道德、重名教、重現實。董之於漢武帝，為尋求一統，破除異己之理論根據。何休之於《公羊》，為因文立意，借題發揮之現實關懷。故董仲舒所言陰陽五行、三統並存，諸般學說，學理重於施政。何休所言大一統、三科九旨，知今多於論古。以今人看來，前者頗似哲學學者，後者更類政治學家。推本溯源，在於二者旨趣大異，立身不同故爾。