圍棋藝術起源於中國，日本圍棋亦由中國傳入並將其發揚光大，可以說圍棋是亞洲人的專長，更有人說「中國是圍棋的生母，而日本則是它的養母」。那麼日本圍棋與中國圍棋有什麼不一樣的地方呢?
日本圍棋發展史
初傳日本
圍棋何時傳到日本，迄今為止仍無公認的準確答案。在日本民間曾流行一種說法，認為最早是由日本古代著名學者吉備真備(694—775)在唐留學二十年後，於公元735年帶回日本的。但據信史所載，公元685年天武天皇就曾召公卿上殿手談。繼而又有689年持統天皇禁止圍棋和701年文武天皇解除禁令的記錄。爾後日本現存最早史書712年完成的《古事記》中，也多次出現以「其石」字做地名、人名的例子。另外718年公佈的「僧尼令」中亦云：懲罰博戲，獨優弈其石。這些記載都早於吉備真備歸國的735年。顯而易見，「吉備最先傳入說」是不能成立的。比以上日本人的記錄還要早的是636年完成的我國正史之一《隋書·倭國傳》中提到的倭人「好棋博、握槊、樗蒲之戲。」據此，與以上日文材料相印證，可以說在七世紀圍棋已被日本人所接受，這是一種比較穩妥的說法。此外1980年版《大日本百科事典》更認為，遠在公元一——四世紀間，圍棋就由中國經朝鮮傳入日本，至大和時代(公元四—七世紀)已經流行於統治階級之間了。但此說系據推考而來，並無確鑿證據。
圍棋盛行
到奈良時代(公元710—794)，圍棋在日本宮廷盛行起來。專門保存古物的奈良正倉院就存有聖武天皇(724—948)使用過的棋局。日本史書《續日本紀》中也有如下記載：公元738年宮中有二人名曰大伴宿彌和連東人者，於政務之閒對弈，爭論中宿彌以刀砍殺東人。值得一提的是，此時已出現職業棋師，並出入於宮中了。759年編纂的日本和歌總集《萬葉集》中就收錄了兩首棋師的作品。
公元848年，在近代以前的中日圍棋史上留下一段兩國國手正式棋枰對坐的佳話。對此，唐代蘇顎所編《杜陽雜編·卷下》有精彩的描述：「大中中，日本國王子來朝，上設百戲珍饌以禮焉。王子善圍棋，上敕顧師言待詔(即棋待詔，宮中棋師)為對手。及師言與之敵手，至三十三下，勝負未決。師言懼辱君命，而汗手凝思，方敢落指，則謂之鎮神頭，乃解兩征勢也。王子瞪目縮臂，已伏不勝。回語鴻臚曰：待詔第幾手耶，鴻臚詭對曰：第三手。師言實第一國手矣。王子曰：願見第一。曰：王子勝第三方可見第二，勝第二，方得見第一。今欲躁見第一，其可得乎。王子掩局而吁曰：小國之一，不如大國之三，信矣。今好事者尚有顧師言三十三鎮神頭圖。」對這段記述一些日本圍棋史家出於「圍棋上國」意識而不願承認，但《舊唐書·宣宗本紀》也有所記載：「(大中二年，公元848年)三月已酉，日本國王子入朝，貢方物，王子善棋，帝令待詔顧師言與之對手。」這是迄今為止古代中日圍棋國手對弈的唯一記錄。以後數百年間日本在圍棋規制上基本遵循中國傳統下法，中國的《玄玄棋經》一直是日本棋手必讀的權威之作。
進入平安時代(794—1185)以後，圍棋倍受上流社會婦女的青睞，對此，在十一世紀問世的《源氏物語·竹河》等章中，有相當細緻的描寫。到鐮倉時代(1185—1333)，圍棋在習慣於戰場生活的武士中也逐漸傳播開來，即使在緊張的戰爭空隙之際，武士們仍迷戀於黑白之間。這大概是由於圍棋的思維方法與實際戰爭中的戰略戰術相通的緣故吧。與此同時，圍棋也進入了僧侶的生活，1199年日本棋聖玄尊法師編《圍棋式》一卷，淺近易懂，為圍棋在日本的普及開闢了道路。
四家角逐
日本專業棋手兼圍棋史專家中山典之，根據賴山陽所著《日本外史》統計，戰國武將中有30%—50%為圍棋愛好者，三大梟雄織田信長、豐臣秀吉、德川家康都具有相當的棋力。此時，終於出現了寂光寺僧人名曰日海(1558—1623)的圍棋大家，他先後仕奉於織田信長、豐臣秀吉和德川家康。織田信長館覽日海精湛的棋藝後，譽稱其為「名人」;豐臣秀吉曾舉行棋會，賜予天下無敵的日海每年二百石的俸祿;秀吉死後，德川家康召日海去江戶，任初代名人棋所。
所謂「棋所」，是德川幕府賜予圍棋最強手的榮譽稱號。其職責是總理圍棋事務，指導將軍弈棋，壟斷圍棋等級證書的頒發權等。德川家康每年還支付給日海祿米五百石。日海將寂光寺堂宇號為「本因坊」，自己改名稱算砂，是為本因坊鼻祖。這就是流傳至今的本因坊名勝的由來。當時因棋藝高超而享有祿米的還有另外三個嫡派，即安井家、井上家、林家，加上本因坊，合稱「棋所四家」。
在當時戰亂中的日本，統治者認識到棋枰如戰場，因而酷好圍棋並對棋手大力扶植。這樣，圍棋不但沒有因戰亂而衰落，反而出現了日海這樣名垂後世的大師和四大門派爭先的圍棋盛世。1644年幕府建立了「御城棋」制度，出戰者有「棋所四家」和其它的六段棋手。名門望族也可破格參加。參加「御城棋」被看作與武士們在將軍面前比武同等高尚。不久，各家圍繞「棋所」頭銜展開了反覆激烈的爭奪戰。這一時期是日本圍棋史上的重要里程碑。 奪取「棋所」的最初爭霸戰是本因坊二世算悅與安井二世算知的對局。從1645年至1653年的九年間，分先對戰六局，結果是3：3成為和局。由於雙方相持不下，因而都沒能就任「棋所」。按規定，就任「棋所」需符合下列條件：
１以棋藝超群而由「四家」一致推薦;
２並在比賽中取勝;
３得到官命。
算悅死後，算知依靠官場勢力，於1668年被官命為「棋所」。然而本因坊三世道悅提出異議，要求爭棋。至1675年止，雙方酣戰二十局，結果算知負十二局、勝四局、和四局而慘敗，1676年交回「棋所」。道悅將本因坊傳給弟子道策掌門，自己隱退了。這次爭棋是日本圍棋史是最激烈的對抗戰之一。1677年本因坊四世道策被推舉為「名人棋所」。使各家皆無可挑剔而被推舉為名人的只有道策，可謂空前絕後。道策被公認為「棋聖」，他一反傳統的偏於力戰的著法，開創了延續至今的重視全局協調的近代佈局理論。1682年道策授四子與訪日的琉球第一名手、王子親雲上濱比賀對局，這是日本人與外國人對弈，道策精彩地大敗對手，顯示了當時日本棋壇的高水平。在日本一般認為，由此時開始，日本圍棋水平已經超過中國，但現代棋界泰斗吳清源先生指出：當時的日本圍棋著作《發揚論》、《棋經眾妙》、《死活機妙》等書，大多取材於中國的《玄玄棋經》，並認為，中國在乾隆年間是圍棋發展史上的最高峰。日本著名作家川端康成曾問過吳清源先生，乾隆年間名手的實力相當於日本的幾段，吳氏答曰：已相當高了，大致不遜於日本的「名人」吧。繼道策之後，井上四世道節、本因坊五世道知先後任「名人棋所」。1727年道知去世，這以後「棋所」長期空位。因無出類拔萃之強手，棋壇曾一度蕭條。
1766年開始了本因坊九世察元與井上六世春碩的棋爭，翌年察元以五勝一和的壓倒優勢戰勝對手，即為名人，1770年被批准出任棋所。此後棋界逐步復甦，十九世紀初葉至中葉，圍棋活動步入全盛時期。此時，本因坊十一世元丈和安井八世知得棋技相當，皆難居尊，軒此二人平分秋色，同居八段准名人地位，被譽為棋界的雙璧時代。這期間還經歷了本因坊十二世丈和與井上十一世因碩就「棋所」位置而明爭暗鬥的時代。據文獻記載，1841年在日本有棋手七段以上8人，六段6人，五段10人，五段以下257人。弘化(1844—1848年)年間見於記載的棋手共有431人。
近代發展
1853年美國艦隊兵臨日本，要扣關登陸，整個日本朝野震動，形勢告急。圍棋界也因此而趨向衰落。先是1862年終止了「御城棋」制度。其次本因坊十四世秀和的繼承人被稱為棋聖的秀策，在這一年染流行病夭逝。加上明治維新廢除了「棋所」制度，各家交還俸祿，棋士的生活驟然貧困。
1879年本因坊十八世村瀨秀甫聯合本因坊十二世丈和第三子中川龜三郎和東京的棋—58—士，結成了日本第一圍棋團體方圓社，致力於圍棋的復興。另一方面，去林家當養子的秀和之子本軒坊十七世秀榮目睹本因坊門的困境，便再次繼承本軒坊名號，與方圓社對峙，雙方一起推動了棋界的繁榮。黃遵憲在《日本國志》中曾記述了當時日本圍棋普及的情況，「圍棋最多高手，豪富子弟風雅士夫無不習之者，良朋夜宴酒酣興豪則楸枰羅列矣。」在《日本雜事詩》中也有詩為據「醉吸瓊漿數百杯，手攜楸局上霞台，爛柯莫管人間事，且賭瀛洲玉襪來。」而此時的中國棋界自鴉片戰爭以來，國勢衰微，棋運不振。至本世紀初日本六段棋手高部道平來華，使中國一流棋手紛紛落馬，日本圍棋水平已超過了中國。
棋院成立
這以後湧現出一批圍棋結社，如裨聖會、中央棋院、六華會等。經多次分化組合，終於在1925年春，整個棋界合為一體，成立了日本棋院。棋院本部設在東京，並在各地設若干分院。棋院發行圍棋雜誌、書籍，培養棋手並確立了段位制度。日本棋院的成立，結束了少數世家壟斷棋壇的圍棋門閥體系，鼓勵棋手們自由爭鋒，有力地促進了棋藝的提高。這是日本圍棋史上具有劃時代意義的事件。不久若干名手退出棋院，推雁金准一為盟主，結成棋正社，並說服《讀賣新聞》社，向日本棋院提出挑戰。本因坊二十一世秀哉為棋院一方與雁金准一的決戰，使全國的圍棋愛好者欣喜若狂。以此為契機大大刺激了圍棋界，使之進一步興旺起來。廝殺結果，秀哉獲勝。其他的對戰也因棋院有一批以木谷實為首的年富力強的新秀，致使棋正社敗北。1927年《朝日新聞》社登載了大手合(日本棋院的升段賽)比賽情況，其它報紙也紛紛開設了圍棋專欄。圍棋在日本一步步扎根於一般群眾之中，確立了穩固的地位，迎來了黃金時代。
清源時代
1928年只有14歲的吳清源東渡日本，1933年與59歲的秀哉名人較藝，破天荒使用了第一、三、五手下在「三三」、「星」、「天元」的新佈局，這是對道策以來日本傳統佈局理論的一次挑戰。這場頗有中日對抗氣氛的惡戰歷時三個月，在日本轟動一時。結果因種種非技術的原因，吳清源以一子之差負於名人。但是，除本因坊一門外，大多棋手公認吳清源應該是真正的勝者。此外吳清源打破了日本傳統圍棋理論的束縛，成為當代圍棋理論的開拓者。1937年秀哉名人引退，把本軒坊名號轉讓給《每日新聞》社，《每日新聞》社又決定捐助日本棋院，設立由全體棋手參加以實力爭奪本因坊稱號的冠軍賽。這就是現在每年一度的本因坊戰。
1939年《讀賣新聞》社籌備的「打入制十局棋」，也以木谷實與吳清源的交鋒開始了。出人意料，吳清源在第六局就以5：1一邊倒的成績擊敗了木谷實。所謂「打入制十局棋」就是雙方積分相差4時(如4：0、5：1、6：2)即使不滿十局，比賽也算結束，積分高者為勝，敗者要降低棋份。1941年雁金准一出戰吳清源，吳氏以4：1領先，到關鍵的第六局時，比賽因故中止了。
1943年當時執黑無敗績的後起之秀籐澤庫之助(後改名為籐澤朋齋)定先與吳清源對壘。輿論預料不及十局吳清源就要敗陣，但出乎意料，到第七局，吳竟然以4：3領先，後三局籐澤連勝。當時以十局棋總比分戰勝吳清源的只有以定先6：4取勝的籐澤。第二次世界大戰中的1945年5月，日本棋院被美軍炸毀，戰敗初期的棋手們再次陷入了苦難時代。
戰後的日本棋壇
第二次世界大戰後，隨著日本經濟的復興，圍棋人口不斷增加，新聞棋(由報社舉辦的棋賽)也得到了恢復，逐漸迎來了日本圍棋的鼎盛時期。1949年籐澤庫之助在大手合中成績優異，第一個晉陞為九段。吳清源以十局棋破橋本宇太郎和巖本熏，1950年由日本棋院贈與九段。同年9月橋本退出日本棋院，創立了關西棋院。1951年10月圍棋界盼望已久的吳清源與籐澤的十局棋為棋迷們所矚目。吳清源依然很強，以7勝、2負、1和的比分擊潰籐澤。1954年阪田榮男先相先前來討戰，結果吳氏以6：2獲勝。1956年吳氏又以擊敗當時日本的一流棋手，在日本棋壇佔居絕對優勢。有人說：「吳清源如能參加本因坊戰(因國籍問題吳氏不參加本因坊戰)肯定穩操勝券」。吳氏每年要與應屆本軒坊冠軍下三局棋，這幾乎成為定例，而且總是吳氏取勝。吳清源成為高居於日本棋壇之上的超級棋士。
圍棋事業的發展
隨著圍棋事業的蓬勃發展，每年一屆的本軒坊戰已遠遠不能滿足棋手們的奪魁慾望。在這種形勢下，為選拔空位已久的「名人」，1962年《讀賣新聞》社舉辦了首屆由職業棋手參加的「名人戰」。這是與本因坊同等級的冠軍賽。其它職業棋手賽還有《產經新聞》社主辦、1963年開始的「十段戰」和新聞三社聯合主辦、1975年創設的「天元戰」。1977年《讀賣新聞》社又創立了獎金規格最高、薈萃群星的「棋聖戰」。再加五十年代開始的「王座戰」，1976年開始的「碁聖戰」(為區別於「棋聖」，中國一般稱其為小棋聖)，合稱為日本七大頭銜。
中國圍棋和日本圍棋的區別
實際上，日本圍棋與現在中國圍棋還有一些細微差異，也是反映了中國唐朝圍棋的特點，比方說黑先。明清以來中國圍棋的習慣是白先，但是從《忘憂清樂集》中的棋譜來看，唐宋圍棋以黑先為主。還有「目」這個字應該也並不是日本自創，中國的古籍中也有「目」。漢桓譚《新論》中說到圍棋時有「下者，則守邊隅，趨作目」(也有作『罫』與目同義);梁武帝《圍棋賦》中有「方目無斜，直道不曲」，用「目」表示一個方格是中文中常見的，如「綱舉目張」。現在口語上還常常習慣把數叫做數目，目即數，點目即點數。另外，「目」和「道」、「路」一樣都是中國古代的軍事單位，「目」是最小一級軍事單位，古代軍隊中所謂的「頭目」即是「目」這個單位的頭。圍棋模仿戰爭.以軍隊的名稱借用是很正常的。
唐以前多用「道」，宋以後通用「路」，唐朝時大約多用「目」和「枰」，日本圍棋傳自唐，因此不用中國在宋以後才流行的「路」。另外我們應該可以注意到《敦煌棋經》中棋寫作「碁」，而宋朝的《忘憂清樂集》中是「碁」，現代為「棋」。日本用「碁」正表明了它傳入時的特徵。
中國大陸採用數子法，吳清源老先生認為這是世界上最科學的方法。中國台灣省採用數點法，目前只在台灣島上使用這種規則，極為麻煩。日韓均採用數目法，也是目前爭議較大的方法，存在許多不合理性。目前通行的方法是：在哪個地方比賽，就採取哪個地方的規則。在中國大陸比賽時就採用數子法，黑棋貼7.5目，在日韓比賽就採取數目法，黑棋貼6.5目。
規則是黑貼二又四分之三子 但是日本規則規定，勝負是以「地」的多少來決定的。中國規則則是以生存於棋盤的總子數。其中包括「雙活棋」的子數的多少來定。因此，計算同一盤棋的勝負，用不同的規則就可能產生相反的結果。另外值得一提的是，在局面相當細微並且只存有一個「單片劫」時，日本規則是只要打贏該劫便可多得一目「地」,單官與最後計算「地」的多少無直接關係。中國規則由於是以總的活棋子數來定勝負(包括單官)。