生肖文化的起源，有許多種說法。比較流行的說法是我國的民間故事講，軒轅黃帝要選十二種動物擔任宮廷侍衛。貓托老鼠報名，老鼠給忘了，結果貓沒選上，從此與老鼠結為冤家。大象也來報名，被老鼠鑽進象鼻子裡，把大象趕跑了。剩下十二種動物，原本推舉牛居首位，老鼠跳到牛背上，豬跟著起哄，結果老鼠排第一，豬排為倒數第一。龍和老虎也不服，被封為海中之王和山中之王，排在了老鼠和牛的後面。兔子不服，與龍賽跑，這樣兔子又排在了龍的前面。狗在旁邊看著不服氣，就咬了兔子尾巴一口，結果狗被罰到了後面，而兔子的尾巴從此就變短了。蛇、馬、羊、猴、雞也經過一番較量，才一一排定了先後位置。
這個民間故事，可能不完全是虛構的（許多民間故事都記錄著遠古文化信息，例如牛郎織女描述的實際上是先夏時期黃帝族與炎帝族通婚的故事）。在我國先秦典籍裡，就提到黃帝驅使各種野獸作戰，《山海經》裡也記錄著許多部落“使四鳥（虎、豹、熊、羆）”，這些所謂的“野獸”實際上是遠古部落或氏族的圖騰動物。因此，民間故事說黃帝選十二種動物為侍衛，也可以理解為黃帝部落聯盟裡面有十二個主要的部落成員。
除了中國有十二生肖之外，其它國家也有生肖。緬甸人有八大生肖，星期一出生的人屬虎，星期二出生的人屬獅子，星期三上午出生的人屬雙牙象，星期三下午出生的人屬無牙象，先秦四出生的人屬老鼠，星期五出生的人屬天竺鼠，星期六出生的人屬龍，星期日出生的人屬妙翅鳥。
墨西哥的十二生肖與中國的生肖文化相同，其中虎、兔、龍、猴、犬、豬與中國完全相同，其餘六種則是當地的常見動物或古代常見動物。因此，我們有理由推測，墨西哥的生肖文化，是從中國傳去的，並結合當地動物情況進行了調整。
埃及、希臘、巴比倫的十二生肖動物（十二獸歷）基本相同，它們是牡牛、山羊、獅子、毛驢、蟹、蛇、犬、貓、鱷魚、紅鶴、猿、鷹（巴比倫生肖裡沒有蟹，而是有蟑螂）。這些國家或民族的生肖動物與中國的生肖動物相比，獅子相當老虎，毛驢相當馬，貓取代了兔，鷹取代了雞，鱷取代了龍，蟹和紅鶴更換了老鼠和豬。
接下來的問題是，古巴比倫人的十二獸歷與中國的十二生肖在文化內涵上又有什麼不同呢？簡潔地說，中國的十二生肖文化的內涵比十二獸歷更豐富。這是因為，十二生肖文化包涵著十二獸歷，而十二獸歷未必能夠形成十二生肖文化。具體來說，十二獸歷僅僅是用12種動物來紀年，而十二生肖文化不僅是在用12種動物紀年，還認為不同年份出生的人應該模仿該動物紀年的動物的習性（所謂“肖”就是模仿和相似）。
此外，印度也有十二生肖，根據印度神話《阿婆縛紗》的記載，十二生肖動物原為十二個神的駕獸，它們分別是招杜羅神的鼠，毗羯羅神的牛，宮毗羅神的獅，伐折羅神的兔，迷立羅神的龍，安底羅神的蛇，安彌羅神的馬，珊底羅神的羊，因達羅神的猴，波夷羅神的金翅鳥，摩虎羅神的狗，和真達羅神的豬。不難看出，印度十二生肖的獅子相當於中國的老虎，金翅鳥相當於中國的雞（原本為鳳凰），也就是說印度的十二生肖與中國的幾乎完全相同。
那麼，究竟是中國人還是印度人發明的十二生肖呢？發明十二生肖（十二獸歷）的原因又是什麼呢？
我們知道，十二獸歷顧名思義就是用12種動物分別紀十二年。換句話說，古人是因為發現不同年份更適宜某種動物的生存，才會用這種動物作為這個年份的象徵動物。至於為什麼存在著12年的週期輪迴，因此只能是12種動物，而不是10種動物或14種動物，這又涉及到天文生物學的問題。
眾所周知，對地球上的生物影響最大的天體是太陽、月亮和五大行星，以及彗星、隕石等。其中，與12年週期循環變化最接近的天體現象，一是木星繞太陽一周的時間為12年（近現代測定為11·8年），二是太陽黑子活動週期平均為11年。有鑒於此，我們有理由認為十二生肖的起源與木星12年繞太陽一周的運動有關。也就是說，木星在繞太陽旋轉的週期中，它在太陽系的不同位置，對地球的氣候產生了不同的作用，從而影響到不同動物的生存活力。
值得注意的是，在世界各文明古國裡，唯有中國的典籍明確記載了木星週期運動對地球氣候的影響。《玉函山房輯佚書》收有《計倪子》一書，該書記有：“太陰三歲處金則穰，三歲處水則毀，三歲處木則康，三歲處火則旱。故散有時，積糴有時，領則決萬物，不過三歲而發矣。以智論之，以決斷之，以道佐之，斷長續短。一歲再倍，其次一倍，其次而反。水則資車，旱則資舟，物之理也。天下六歲一穰，六歲一康，凡十二歲一饑，是以民相離也。故聖人早知天地之反，為之預備。”計倪子又名計然，春秋時越國大夫，范蠡曾拜計倪子為師。
《計倪子》的上述觀點，從今天的角度來說，屬於天文環境經濟學，他研究的是天體位置對地球自然環境變化的規律，以及這種規律變化對社會經濟的作用。所謂太陰，實質上說的就是木星，意思是：當木星三年位於“金”的方位時，農作物豐收；當木星三年位於“水”的方位時，將發生水澇災害，農作物減產；當木星三年位於“木”的方位時，農業收成好，人們生活安康；當木星三年位於“火”的方位時，將出現旱災，農業收成不好（在五行裡，金代表西方，水代表北方，木代表東方，火代表南方）。人們只要掌握了這種規律，就可以提前作好準備，並由此而獲得豐厚的經濟利益。
《計倪子》的上述一番言論，又與十二生肖有什麼關係呢？筆者在十幾年前撰寫《神妙的生肖文化與遊戲》一書時，注意到十二生肖動物的排列也存在著三年一組的規律性，以及食草動物與食肉動物的交替性。具體來說，鼠年、牛年適宜食草動物生長，食草動物多了又適宜食肉動物（虎年）的生長；因此，鼠、牛、虎這三年相當於木星位於“金”的三年，是風調雨順的好時光。食肉動物多了，食草動物就少了，就到了兔年；龍是水族類代表動物，蛇性喜潮濕，表明這幾年雨澇洪水頻仍，相當於木星位於“水”的方位。馬年、羊年又適宜食草類動物生長，猴喜吃樹上的果子，看來這幾年又是雨順風調，正好對應木星位於“木”的方位上的情況。雞是鳥類的代表性動物，鳥類的主要食物是昆蟲，而昆蟲在天旱時往往得到大發展（這正是旱年鬧蝗蟲的原因），因此雞年表示旱災嚴重；狗和豬都屬於雜食性動物，它們在天旱情況下的生存能力特別強；也就是說雞、狗、豬這三年是旱災年，相當於木星位於“火”的方位時的自然環境狀況。
至於《計倪子》所說的“一歲再倍，其次一倍，其次而反”，則是一種對自然變化的更細微的觀察。筆者是這樣理解的，即在風調雨順的三年裡，第一年氣候最好，第二年次之，到了第三年氣候條件就開始發生了逆轉。同理，在水災的三年裡、雨順風調的三年裡、旱災的三年裡，同樣存在著上述程度的變化。不過，對於動物的適宜程度而言，還存在著滯後現象；這種情況類似一天裡最熱的時間並不是正午，而是午後一個時辰（即下午兩點）。
綜上所述，我們有充分的理由認為，是中國人最先發現了木星繞日運動週期對地球生物圈的作用。這也從一個側面揭示，遠古時曾經有一段相當長的時期，木星繞日的週期非常接近12年，而且當時的木星可能比今天更明亮，對地球生物圈的影響更顯著。
與此同時，中國人也是最先觀察太陽黑子的民族，所謂太陽裡面有三足烏，正是對太陽黑子的形象化。在遠古的時候，太陽黑子的活動週期也可能曾經非常接近12年，而且太陽黑子的活動也可能更強烈，這也會對地球生物圈產生明顯的影響。因此，遠古木星運動週期對地球生物圈的作用，有可能疊加了太陽黑子週期變化對地球生物圈的影響（太陽黑子的活動週期，可能與木星的運動週期有關，因為木星是太陽系裡僅次於太陽的天體）。
事實上，中國人在非常早的時期就發現了木星的運動規律。根據《經典圖讀山海經》，我國古代天文學非常發達，並出現過許多天文學家。例如，《大荒西經》的日月山就是一座著名的天文台，天文台長名叫噓，又名噎，他的職責就是“行日月星辰之行次”，即觀測太陽、月亮和五大行星的運動規律。噎又名噎鳴，《海內經》稱“噎鳴生歲十有二”，意思是說噎鳴發現了木星十二年繞太陽一周的規律，並為每一年的木星分別起了名稱。據此，我們可以說噎鳴（顓頊的後裔或炎帝的後裔）是十二獸歷和生肖文化的開山鼻祖。
從這個角度來說，生肖文化實際上是一種星宿文化，或者是星宿文化的一部分。為此，我們這裡有必要簡潔地介紹一下二十八星宿。二十八星宿是分佈在黃道附近的28個星座，它們是月亮和土星在太陽系運行的留宿地（從地球的角度來看的視運動軌跡）。有趣的是，我國古代也將二十八星宿與28種動物掛鉤，其中就有十二生肖動物。
具體來說，東方青龍七宿，角（蛟）、亢（龍）、氐（貉）、房（兔）、心（狐）、尾（虎）、箕（豹）；北方玄武七宿，斗（獬）、牛（牛）、女（蝙）、虛（鼠）、危（燕）、室（豬）、壁（蝓）；西方白虎七宿，奎（狼）、婁（狗）、胃（雉）、昴（雞）、畢（鳥）、觜（猴）、三（猿）；南方朱雀七宿，井（犴）、鬼（羊）、柳（獐）、星（馬）、張（鹿）、翼（蛇）、軫（蚓）。
不難看出，二十八星宿動物是以龍為首，這與十二生肖動物以鼠為首明顯不同。但是，如果仔細看，可以發現兩者仍然有著排序上的相同規律，只是前者被分成了兩段，即二十八星宿的動物，若從虛宿的鼠開始，向前追溯則依次為牛、虎、兔、龍；然後，再接著軫宿的蛇，向前追溯則依次為馬、羊、猴、雞、狗、豬。
那麼，二十八星宿的動物排列法，與十二生肖動物的排列法，孰先孰後呢？這個問題專家學者也沒有定論。不過，一般來說，人們認識世界多半是從簡單到複雜，因此十二生肖動物排列法的出現可能先於二十八星宿動物排列法的形成。