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起居注是我國古代記錄帝王起居生活的錄本，自漢朝之後，基本上每一朝代的帝王都有起居注，但是因其一般不外傳，流傳下來的很少，只有在撰修國史的時候作為基本材料查閱。
在我國歷史上，傳說漢武帝時的《禁中起居注》是最早的起居注，但這本起居注並非專職專人編寫的，實際上直到晉代才設起居令，起居郎等專職人員來編寫起居注，之後儘管有波折，還是一直延續到了清朝。但是朝代變遷，戰亂衝突的影響很多都沒能保存下來，這是極其可惜的一點。
負責修起居注的官員，也就是起居郎，他們會跟隨在皇帝左右參與各種公開的活動，記錄的內容除去皇帝私生活外包容萬象，編撰也有一定的規則方式，先是記載諸如祭天等禮儀方面的重大活動，然後按事情輕重的順序記錄下帝王的聖旨內容，中央各部門的奏折，最後到地方官員的奏折。
年代較為靠近的原因，清代的起居注保存較為完整。明神宗的《萬曆起居注》是明代保存相對較為完整的一本記錄帝王起居生活的起居注了，原本本來應該被嚴密封存，不對外洩露的，然而在撰寫明實錄的過程中，出於史料使用的需要，還是有撰寫官員接觸並有了將其謄抄的機會，因此有很多抄本。根據學者考據，現在能看到的萬曆起居注，至少有九種版本。
南開大學的南炳文教授總結了以下幾種;
天津明抄本
這是學界最熟悉的一版本，他是1908天津圖書館建立後採購入館的，是明人所抄，內容較為詳細，文字訛誤較少，被學界視為較好的一個版本的《萬曆起居注》。
日本藏抄本
該藏本是唯一一個存在於國外的，其內容和文字和天津藏抄本相似，並非單獨存在，而是被收錄在「皇明實錄」中，有極大的研究價值。
傅氏藏抄本
北大元年明抄本
北大影印本
北大抄天本
定陵抄天本
台灣舊抄本
北大五年即六年抄本
天津元年民國抄本
以上這些版本具體年份內容有所差異，所處年代也不同，但是都是極具研究價值的。