李贄在現代被認為是一位偉大的思想家，而當時他是因為思想是「異端邪說」而被捕入獄，所以被稱之為明朝第一思想犯。《李贄：明朝第一思想犯》是一篇介紹講述李贄一生的文章，在網上頗為有名，還被多家媒體轉載過。作者名叫彭勇，是中央民族大學的教授，研究方向是明清的歷史。文章標題就把李贄評價為明朝第一思想犯，內容裡更是在小標題上依次評價他為傲慢清官、學術和尚以及剃刀下的亡魂，分別講述李贄為官時、寓居研究學術時以及最後被捕入獄時的經歷。
文章最為出彩的地方就是作者詼諧幽默的文風，彷彿他不需要顧及歷史的嚴肅性。文中對李贄以及他人的調侃和諷刺無處不在，比如他說李贄出暢銷書是大眾偶像，說顧炎武嫉妒得說話酸溜溜，說李贄不要天上掉下的餡餅等。此外，作者在文章裡用詞也十分現代還有不少網絡用語，他用「小樣」、「粉絲」、「幸福像花兒一樣」等。《李贄：明朝第一思想犯》不是一篇正統的歷史文章，更像是故事小品文。雖然作者戲謔李贄，但他仍保持底子裡對他的尊敬，真正諷刺的對象是明朝的朝廷與社會。這從文末最後一句話可知，李贄用剃刀自刎追求了他的自由，他的死「宣告了明末思想界的沉寂，宣告了自由時代的遙遙無期，也宣告了對封建朝廷無聲的蔑視」。李贄是明代著名的思想家，他提出的許多主張，現在大多被現認為是進步的。他的哲學思想與當時正統的理學不同，偏向於主觀唯心主義，這跟他信奉心學和佛家有不少關係。李贄強調「真心」，認為世間萬事都只存在於一顆真心之中，這和王陽明的主張可謂一脈相承。
李贄的思想主張極具批判性，和傳統不符甚至相對，這也是他常被認為離經叛道以及最後被捕入獄的原因。他批判的對象有：一，儒家學說。他貶低甚至否定孔子和孟子的聖人地位，認為人人都可以成為聖人，所以不用向聖人學習，更加沒有必要以他們的是非觀作為自己的標準。這一主張本質上就是在崇尚個性。二，封建禮教。他抨擊封建禮教對思想的禁錮，尤其為受壓迫的婦女鳴不平。為此，他時常痛斥那些維護封建禮教的人，指責他們是假道學，是偽君子。三，封建統治。李贄著有一本《藏書》，對許多歷史人物進行了評價。他揭露封建統治者的殘暴、朝廷的腐敗，這是他在表達對現實政治的不滿。四，重農抑商。他主張功利主義，強調商業的重要性。這些主張在當時形成了軒然大波，被當時以及後來明清的許多文人狠狠地批判。
在文學上，李贄提出了「童心說」。他主張寫文作詩不能弄虛作假，而要表達個人內心的真實的感情和想法。他的這一主張，是在反對當時社會上流行的復古的文風。萬曆三十年(1602年)，李贄在通州好友馬經綸的家中被捕。李贄在55歲辭官後就在湖北寓居，先是住在好友耿定理家中，後來一個人住在麻城芝佛院。期間讀書、著書，時常還會進行講學。據說在他講學時，來聽的人有數千人，而且中間還有一些女子，可見李贄的學說在當時當地很受人歡迎。馬經綸也是因為仰慕李贄之名，後來來麻城找他。不過當時，李贄正被麻城的官府以及當地的衛道士們抨擊，說他是異端邪說。雖然李贄渾然不懼，他們還是毀了他的住所，把他驅逐除了麻城。於是，之後馬經綸就把李贄帶到了通州。此後一年，兩人亦師亦友，一起讀書做學問直到李贄被捕。李贄被捕時已是76歲，不僅年老體衰而且疾病纏身。
據說，李贄被捕時多次勸馬經綸自己走，之後又有家人和好友來勸，可他還是毅然決然地陪著李贄去了京城。李贄在獄中時，他也想方設法照料並為他辯解。在李贄自刎死後，也是馬經綸按照他的遺言將他安葬在通州。李贄被捕是在通州，最後安葬也是在通州，具體在通州北門外迎福寺側。之後，李贄的好友和晚輩都為他立下墓碑，可惜還是遭人破壞。李贄的墓地多次被迫遷移，如今位於北京通州西海子公園內，也保留了一塊萬曆年間的墓碑，另外還有東西兩塊搬遷時立的新碑。李贄墓現在是北京的文物保護單位。
李贄死後雖然明清兩朝的人對他毀譽參半，但到了近現代他思想主張的進步性得到了肯定，他的地位也隨之提高，他少年時居住的地方現在也成了李贄故居。李贄故居現在位於福建泉州的鯉城區南門萬壽路。李贄當年就出生在這裡，他家雖然是回族人，但祖上在明初就搬遷到此，據記載是永樂年間。而當時李贄家族十分富裕，尤其泉州又以港口商貿聞名，所以故居所在的地方那時候是一片商業區。不過等到李贄出生，家道已經中落，舊屋也遭焚燬，所以這房子是李贄後來重建的，在他死後更是有所擴建。即使如此，故居也只是一座普通的民房，兩邊都是人家和小店。保留至今的只有一個廳堂，現在已經修復作為紀念堂。
故居的院子中央，擺放的是李贄的半身塑像，書生裝扮，面目蒼老，眉頭緊鎖。塑像下是個四四方方的大理石，正面刻著李贄的生平簡介，寥寥百來個字。院子裡面就是僅剩的廳堂，廳堂門上掛著「李贄故居」的橫匾，兩側各一個紅色燈籠。而在左邊的牆上，豎掛這一塊木匾，上面也是「李贄故居」四字。而在窄小的廳堂裡，擺放著一個全身像和幾個展櫃，展櫃裡是李贄的著作和一些歷史資料。牆上刻的則是現代書法家寫的對聯。此外，故居從前曾經出土過兩枚李贄印章如今，李贄故居已經被列為福建省的重點文物保護單位。
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