十二生肖為什麼會被尊為神靈？是誰賦予了它們執掌人們生死和命運的權力？這要從十二生肖的起源和本命觀念的蛻變說起。
十二生肖是從動物崇拜和圖騰崇拜演變來的。在原始社會生產力和認識自然的能力極低的情況下，人們對馬、牛、羊、雞、犬等與自己生活息息相關的動物產生依賴感，對虎、蛇等危害自身安全的動物產生恐懼感，對嗅覺發達的狗、善於奔走的馬等動物產生崇敬感，都是很自然的事情。
動物崇拜使原始人產生了萬物有靈觀念。在萬物有靈觀念的作用下，原始人認為他們所崇拜的動物之所以這樣了不起，是他們部族祖先的靈魂附在了這些動物身上的緣故。於是這些動物就成了他們部族的圖騰。殷商甲骨文記載的“馬方”、“虎方”，都是與商王朝並存的國家；《列子》一書在談到黃帝和炎帝的戰爭的時候，提到黃帝“帥熊、羆、狼、豹、、虎為前驅，雕、、鷹、鳶為旗幟”，具有圖騰崇拜的顯著特徵；還有古書所記載的“伏羲鱗身，女媧蛇軀”、炎帝“人身牛首”、舜帝“狀如雞，鳴似鳳”等，也可以用圖騰崇拜來解釋。正是附在圖騰動物身上的祖先之靈，演變成了後來的生肖本命神。
有了本命神，必有本命觀念。本命觀念使古人把對圖騰動物的崇拜心理投射到天文星相上去，用動物的名稱去給星座命名。環列周天的二十八宿，就被經過一番劃分組合，而命名為東方蒼龍、南方朱雀、西方白虎、北方玄武（龜蛇）。在同樣的心理支配下，人們用一些動物來標識古天文曆法概念，也是非常自然的事情。
許多學者認為，生肖與地支同源，可以追溯到史前的傳說時代。《史記》所謂黃帝“造甲子以命歲”、“大撓作甲子”，就是這類說法的反映。這裡所說的“甲子”指十二生肖。就是說，當初用來指代歲星在周天黃道的具體位置的，既不是星紀、玄枵、訾、降婁等十二次，也不是子、丑、寅、卯等十二支，而是鼠、牛、虎、兔等十二生肖。所謂“造甲子”，是實行干支紀年紀月以後的說法。
民族學家劉堯漢先生對少數民族十二獸歷的研究，得出了與此相類似的結論。劉先生指出，居住於四川大涼山地區的彝族居民，其十二生肖與漢族完全一樣，而這十二生肖與他們的十二獸紀日和十月曆法有關。所謂十二獸紀日和十月曆法，即今日為鼠日，明日為牛日，以此類推，三輪為一個月，計３６天，一年為１０個月。劉堯漢先生在所著《彝族社會歷史調查研究文集》中認為，在漢族的歷史上，這種以十二生肖紀日的十月曆法產生於夏禹時代，十二生肖屬於這種遠古曆法的遺留。這種看法在學術界得到了越來越普遍的認同。
古人總是試圖從日月運行、斗轉星移中，探索出“天”與“天道”的奧秘，中國古代哲學的形成和發展，在很大程度上是以古天文曆法為基礎的。於是，通過古天文曆法這座橋樑，十二生肖逐漸融入了陰陽