明朝嘉靖年間重錄《永樂大典》後，有關大典的記載就很少見了，特別是永樂正本的下落更是人云亦云、變得撲朔迷離。有人認為大典正本毀於戰亂或火災，早已蕩然無存。有人卻認定大典應該是被殉葬了，還有重現於世的希望，要不然怎麼會突然間杳無音訊的呢?以歷史記載詳實而著稱的中國，怎麼會連這樣大的一部重要典籍的下落都沒有記載呢?實在匪夷所思!正本究竟遭受了何等命運?如何亡佚的?至今還是歷史上的一大懸案。
毀於明末說
根據史書記載，永樂年間曾經考慮過將新編就的《永樂大典》付梓，但因工費浩繁而罷。嘉靖副本重錄30年後，又有南京國子祭酒陸可教曾上書建議刊刻大典，因為同樣的原因未被採納。更有太史令李維楨批評《大典》「冗濫可厭，殊不足觀」，說明在明朝萬曆年間，《永樂大典》仍然存世。可到了明末，學者談遷和顧炎武卻認為大典在萬曆末年間就毀於大火了。熟悉明末宮闈舊事的宦官劉若愚寫的《酌中志》也說：「舊《永樂大典》二部，今又見貯於何處也?」真是一點線索也沒有。所以《四庫全書總目》就下了個結論，說「明祚既傾，南京原本和皇史宬副本並毀」，還說嘉靖錄副時，實際上是抄了正、副二本，錄副後，永樂原本歸還南京去了，一併毀於明末戰亂。這些說法看來並沒有明確的歷史依據。
毀於嘉慶乾清宮大火說
清朝康熙年間，學者徐乾學和高士奇等人在皇史宬中發現了《永樂大典》副本，已有殘缺。雍正間，這部副本被運到翰林院保存了起來。學者全祖望猜測永樂正本應該還在乾清宮中，希望能用正本來配補遺失的副本。清末的繆荃孫也執相同看法，並且明確說，正本是在嘉慶年間乾清宮大火中被焚燬了。可是乾隆間編纂《天祿琳琅書目》時並沒有記載正本的存在。而且乾隆皇帝在編纂《四庫全書》時，還尋找過丟失的副本，負責輯佚《永樂大典》的館臣們也沒有見過正本。所以正本毀於乾清宮大火的說法應該是靠不住的。
殉葬說
20世紀60年代，位於北京十三陵的明神宗(萬曆皇帝)的陵墓定陵的大門被緩緩打開。定陵的挖掘是當時考古界和史學界的一件大事，報刊一時紛紛報道。但定陵的挖掘還有著一層不為人所知的背景，就是以郭沫若為首的一些史學家論證《永樂大典》的正本被殉葬在定陵中，結果當然讓人有些失望。可是《永樂大典》殉葬說卻被很多學者所採納，他們從最喜愛《永樂大典》的明世宗的下葬時間和《永樂大典》錄副的進度來比較，以及從《永樂大典》正本突然失蹤的情況來判斷，猜測《永樂大典》的正本極有可能是殉葬在明世宗的陵墓──永陵中去了。殉葬說並不意味著我們尚可以找到完整無損的《永樂大典》正本，可是這部資料價值極高而又歷經磨難的類書的命運又一次牽動了人們的神經，而被廣泛地關注和報道。《永樂大典》的命運已經成為人們心中永遠解不開的結。