傳說在四千六百多年以前的上古時期，黃帝的部落(以黃河流域為主)跟蚩尤的部落大戰於涿鹿之野，雙方打了一年多，不分勝負。黃帝苦悶填心，憂心如焚。一天夜裡，忽然夢到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘對他說：你要戰勝蚩尤，必須找到九星運轉時倒映於地上的奇點和吉門。用背孤擊虛之法，可大獲全勝。九天玄女娘娘在教給他一些秘訣後，便飄然離去。黃帝醒來，馬上將這些秘訣整理成書，就是《奇門遁甲》，又選了一個吉日良辰，修了一個很大的高台，於台上致祭，正式啟用「奇門遁甲」。祭祀完後，黃帝就用「奇門遁甲」之方法，對蚩尤進行全面反攻。交戰中蚩尤作法興起了漫天大霧，企圖利用大霧的幫助來消滅黃帝。而黃帝在「奇門遁甲」的指導下，馬上辨清了方向，又用背孤擊虛之法，從生門打向死門一舉戰勝蚩尤。
此後黃帝把「奇門遁甲」視為至寶，為了長久保存，便命風後把它刻到甲骨上。這風後也是知天文，曉地理，通算術，明陰陽的行家。她在太極生兩儀，兩儀生四象(春、夏、秋、冬)的啟發下，將黃帝的一時一局改為了四時一局。她用四個時辰來象徵一年中的四個季節，把四千三百二十局，刪成了一千零八十局。一千零八十局中，又分為陽遁五百四十局和陰遁五百四十局。這就是「奇門遁甲」歷史上的第一次改革。
到了商朝末年，有一個叫姜子牙的人於崑崙山上學得此術，下山後看到商朝天子紂王無道，塗炭生靈，殘害百姓，人民生活在水深火熱之中，而周室興隆之氣漸現，於是就用「奇門遁甲」去輔佐周室武王。他運用星門變換、踏罡步斗和神遁法門(九天、丙、生門)等方法，幻化時空，改死為生，從而達到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在「奇門遁甲」的運用中，覺得一千零八十局還太繁鎖，於是又把它跟一年中的七十二侯聯繫起來，改一千零八十局為七十二局，這就是「奇門遁甲」歷史上的第二次改革。
到了秦朝末年，一個叫張良的青年人，有一次經過下邳的圯上，遇一老者坐於其上，而鞋子卻掉到橋下去了，老者很不禮貌的對張良說：「小子，快給我把鞋子撿起來!」張良待要發怒，見是一老者，只得把怒氣忍了下去，怏怏地走到橋下幫老人撿起了鞋。老者又傲慢地對他說：「穿上!」張良再一次強忍著不平之氣為其穿上。老者起身揚長而去，但去不數步，卻又折轉身來對張良說：「後五日平明在此等我。」五日後的平明張良趕到約會地點，老者已先到了。老者見張良晚於他，非常生氣地說：「與老人約會，為什麼滯後?五日後再會。」五日後雞尚未鳴，張良便來到了約會地點，可老者又先到了。老者再次生氣地說：「這一次又晚於我，為什麼?後五日再會!」這次還沒到半夜，張良就趕到了約會地點。老者也隨之趕到，並從懷中取出一本書來送給張良說：「讀了此書，可以作帝王之師;可以幫助有帝王氣概的人建立新的朝代……」這本書就是「奇門遁甲」。
張良憑著自己的刻苦精神和聰明才智，很快就把「奇門遁甲」的原理弄通了。他感到「奇門遁甲」局數雖多，卻跳不出洛書九宮之數，因此也對「奇門遁甲」進行了一次刪改。他把姜子牙的七十二局減到了十八局，在十八局中再分陰九局和陽九局，使「奇門遁甲」的佈局更為精當，這就是「奇門遁甲」歷史上的第三次改革。張良後來在幫助漢高祖劉邦推翻秦朝、平定諸侯、戰勝項羽的過程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇並進之方法。
三國時，曹操率百萬大軍攻打東吳，雙方戰艦分列於長江兩岸。東吳大將軍周瑜想用「火」來攻克對方，而用火攻就必須要有東南風，隆冬之時，又哪裡有東南風呢?因此周瑜憂慮成疾一病不起。諸葛亮前來探病，對周瑜說：「亮雖不才，曾遇異人，傳授奇門遁甲天書，可以呼風喚雨。都督若要東南風時，可於南屏山建一台，名曰七星壇……。」周瑜聽完隨即病好，火速於南屏山上建起一台。此台高九尺，作三層。諸葛亮用一百二十名士兵守護，於台上按二十八宿的方位屬性樹起青、紅、白、黑二十八面旌旗，又布以八門、八卦、九星，然後踏罡步鬥，仗劍唸咒，趨使六丁六甲，終於幫周瑜借來了東南大風，使其順利的戰勝了曹操的百萬雄兵……。諸葛亮一生貫用「奇門遁甲」，到死之時還想用「奇門遁甲」借壽，不料被魏延撞翻了七星燈而未成。
中國的先人用「奇門遁甲」建邦立國的例子太多了，如：唐朝的徐茂公，明朝的劉伯溫等等…… 都是用「奇門遁甲」來行兵打仗奪取江山的，所以「奇門遁甲」倍受帝王喜愛，並珍藏而暗習之，「奇門遁甲」也因此被稱作帝王之學。
在中國幾千年的歷史長河中，「奇門遁甲」術在選擇傳人時非常地慎重和嚴謹，一般是單傳和秘傳。有的師傅把此書藏於山洞之中，待百年後的有緣人得而習之。社會上流傳的「奇門遁甲」訛本較多，真本難得，少數真本也是錯誤百出，使學者難登堂奧，只得望洋興歎!
「奇門遁甲」開始主要用於行兵打仗，即如何布奇門以打敗敵軍;如何在遇到強大不可抵抗的敵軍時，隱遁保全自己的部隊;如何呼風喚雨為我所用;如何對世間的事物進行預測……
解放戰爭初期，閻錫山的部隊大舉進攻延安，毛澤東只好帶著他的中央機關轉移(逃跑)。當毛澤東跑到一個歧路口時，便指揮部隊走東邊的一條路，並於路邊立了一塊：「毛澤東由此向東」的牌子，看到牌子，追上來的敵兵一下子不知所措了，毛澤東也就順利地擺脫了敵人的追擊。後來聽人們說，毛澤東身邊有懂「奇門遁甲」的人。毛澤東所走的那條路，剛好上臨丙奇與九天，下臨生門，時間、空間的交匯形成了一個盲點。在盲點上人們容易產生視而不見之狀況，好像大腦思維突然停滯了一樣。
「奇門遁甲」以九星二十八宿的運轉來體現時間場和空間場的變換及其相互之間的關係與規律。它以八卦來體現空間場的作用;以八門來體現人事的代謝和社會的變遷;以八神來體現虛性波狀(虛子)世界的神秘物質的力量和價值。總的來說，它是以天盤來模擬天道;地盤來模擬地道;人盤來模擬人道;神盤來模擬神道;它是中國古代聖人對宇宙運動變化的模擬圖。